Genomics Viewer
Просмотр последовательностей и аннотаций NGS
Описание
Приложение Genomics Viewer позволяет вам просматривать и исследовать интегрированные геномные данные со встроенной версией [1][2] Integrative Genomics Viewer (IGV). Геномные данные включают выравнивания чтения NGS, варианты генома и сегментированные данные о числе копий.
Используя приложение, вы можете:
Визуализируйте данные с коротким чтением (
.BAMили.CRAM) выровнен по ссылочной последовательности и сравнить несколько наборов данных, выровненных по общей ссылочной последовательности.Просмотрите покрытие различных областей ссылки последовательности.
Исследуйте качество и другие детали выровненных показаний.
Отобразите количественные аннотации генома (
.BED,.GFF,.GFF3, и.GTF).Загрузка вариантов конструкции (
.VCF) и визуализируют генетические изменения, такие как вставки и делеции.Просмотр сегментированных данных о номере копирования (
.SEG) и количественные геномные данные (.WIG,.BIGWIG, и.BEDGRAPH), такие как достигать максимума ChIP и покрытие выравнивания.
Приложение требует подключения к Интернету.
Откройте приложение Genomics Viewer
MATLAB® Панель инструментов: На вкладке Apps, в разделе Computational Biology, нажмите значок приложения.
Командная строка MATLAB: Ввод
genomicsViewer.
Ссылки
[1] Robinson, J., H. Thorvaldsdóttir, W. Wincler, M. Guttman, E. Lander, G. Getz, J. Mesirov. 2011. Integrative Genomics Viewer. Биотехнология природы. 29:24–26.
[2] Thorvaldsdóttir, H., J. Robinson, J. Mesirov. 2013. Integrative Genomics Viewer (IGV): Высокопроизводительная визуализация и исследования данных геномики. Брифинги по биоинформатике. 14:178–192.