Genomics Viewer

Просмотр последовательностей и аннотаций NGS

Описание

Приложение Genomics Viewer позволяет вам просматривать и исследовать интегрированные геномные данные со встроенной версией [1][2] Integrative Genomics Viewer (IGV). Геномные данные включают выравнивания чтения NGS, варианты генома и сегментированные данные о числе копий.

Используя приложение, вы можете:

  • Визуализируйте данные с коротким чтением (.BAM или .CRAM) выровнен по ссылочной последовательности и сравнить несколько наборов данных, выровненных по общей ссылочной последовательности.

  • Просмотрите покрытие различных областей ссылки последовательности.

  • Исследуйте качество и другие детали выровненных показаний.

  • Отобразите количественные аннотации генома (.BED, .GFF, .GFF3, и .GTF).

  • Загрузка вариантов конструкции (.VCF) и визуализируют генетические изменения, такие как вставки и делеции.

  • Просмотр сегментированных данных о номере копирования (.SEG) и количественные геномные данные (.WIG, .BIGWIG, и .BEDGRAPH), такие как достигать максимума ChIP и покрытие выравнивания.

Приложение требует подключения к Интернету.

Genomics Viewer app

Откройте приложение Genomics Viewer

  • MATLAB® Панель инструментов: На вкладке Apps, в разделе Computational Biology, нажмите значок приложения.

  • Командная строка MATLAB: Ввод genomicsViewer.

Ссылки

[1] Robinson, J., H. Thorvaldsdóttir, W. Wincler, M. Guttman, E. Lander, G. Getz, J. Mesirov. 2011. Integrative Genomics Viewer. Биотехнология природы. 29:24–26.

[2] Thorvaldsdóttir, H., J. Robinson, J. Mesirov. 2013. Integrative Genomics Viewer (IGV): Высокопроизводительная визуализация и исследования данных геномики. Брифинги по биоинформатике. 14:178–192.

См. также

Приложения

Введенный в R2019b