Sequence Alignment

Визуализация и редактирование нескольких выравниваний последовательности

развернуть все на странице

Описание

Приложение Sequence Alignment позволяет вам визуализировать и отредактировать несколько выравнивания последовательности.

Вы можете:

  • Осмотрите выравнивание последовательности и внесите ручные корректировки.

  • Просмотрите информацию о последовательности последствий и экспортируйте ее в файл или MATLAB® рабочей области.

  • Сгенерируйте филогенетическое дерево из выровненных последовательностей.

Sequence Alignment app

Откройте приложение Sequence Alignment

  • MATLAB Toolstrip: На вкладке Apps, в разделе Computational Biology, щелкните значок приложения.

  • Командная строка MATLAB: Ввод seqalignviewer.

Примеры

расширить все

Открыть Live Script

Загрузка и просмотр файла выравнивания нескольких последовательностей.

seqalignviewer('aagag.aln')

Figure Biological Sequence Alignment - 1 contains 3 axes and other objects of type uipanel, uitoolbar, uimenu. Axes 1 contains 2 objects of type text, patch. Axes 2 contains 5 objects of type image, text, patch. Axes 3 contains 6 objects of type image, patch, text.

Также можно щелкнуть Последовательная трасса (Sequence Alignment) на вкладке Приложения (Apps), чтобы открыть приложение и просмотреть данные выравнивания.

Можно также сгенерировать филогенетическое дерево из выровненных последовательностей из приложения. Выберите отображение > View Tree.

Похожие примеры

Программное использование

расширить все

seqalignviewer открывает приложение Sequence Alignment.

seqalignviewer(Alignment) загружает несколько данных выравнивания последовательности Alignment в приложение. Alignment может быть одним из следующих:

  • Структура MATLAB, содержащая Sequence поле, такое как возвращенное fastaread, gethmmalignment, multialign, или multialignread

  • MATLAB- символьного массива, содержащий данные MSA, такие как возвращенные multialign

  • Строка, указывающая файл или URL, содержащий данные MSA

  • А 3-by-N символьный массив, показывающее парное выравнивание двух последовательностей, таких как массив, возвращенный nwalign или swalign.

seqalignviewer('close') закрывает приложение.

См. также

Приложения

Функции

Введенный в R2012b

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте