Извлечение данных филогенетического дерева из базы данных PFAM
Tree = gethmmtree(PFAMName)
Tree = gethmmtree(PFAMAccessionNumber)
Tree = gethmmtree(PFAMNumber)
Tree = gethmmtree(...'ToFile', ToFileValue,
...)
Tree = gethmmtree(...'TimeOut',TimeOutValue)
PFAMName | Вектор символов, задающий имя семейства белков (уникальный идентификатор) записи профиля HMM в базе данных PFAM. Для примера, '7tm_2'. |
PFAMAccessionNumber | Вектор символов, задающий номер доступа семейства белков к записи профиля HMM в базе данных PFAM. Для примера, 'PF00002'. |
PFAMNumber | Целое число, указывающее номер семейства белков записи профиля HMM в базе данных PFAM. Для примера, 2 - номер семейства белков для семейства белков PF0002. |
ToFileValue | Свойство для задания местоположения и имени файла для сохранения данных. Введите имя файла или путь и имя файла, поддерживаемые вашей системой (текстовый файл ASCII). |
TimeOutValue | Тайм-аут подключения в секундах, задается как положительная скалярная величина. Значение по умолчанию является 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь. |
Tree | Объект, содержащий филогенетическое дерево, представляющее семейство белков. |
Tree = gethmmtree(PFAMName)PFAMName, имя семейства белков, извлекает информацию и возвращает Treeобъект, содержащий филогенетическое дерево, представляющее семейство белков.
Tree = gethmmtree(PFAMAccessionNumber)PFAMAccessionNumber, номер присоединения семейства белков, извлекает информацию и возвращает Treeобъект, содержащий филогенетическое дерево, представляющее семейство белков.
Tree = gethmmtree(PFAMNumber)PFAMNumberцелое число, ищет в базе данных PFAM связанную запись, извлекает информацию и возвращает Treeобъект, содержащий филогенетическое дерево, представляющее семейство белков.
Tree = gethmmtree (... 'PropertyName', PropertyValue, ...)gethmmtree с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
сохраняет данные, возвращенные из базы данных PFAM, в файле Tree = gethmmtree(...'ToFile', ToFileValue,
...)ToFileValue.
Совет
Загрузка 'seed' дерево, использование gethmmtree без дополнительных входных параметров. Чтобы получить 'full' дерево, вы можете использовать gethmmalignment функция для загрузки 'full' выравнивание и построение дерева с помощью seqpdist и seqneighjoin функции, как показано в следующем примере.
Tree = gethmmtree(...'TimeOut',TimeOutValue)
Найдите филогенетическое дерево, созданное из многоуровневых последовательностей, используемых для обучения модели профиля HMM для глобального выравнивания. Номер присоединения PFAM PF00002 предназначен для белка 7-трансмембранного рецептора в семействе секретинов.
tree = gethmmtree('PF00002');
Восстановление 'full' дерево для того же семейства путем загрузки полного выравнивания нескольких последовательностей и создания дерева с помощью seqdist и seqneighjoin функций. Для подсчета дерева для многодетных семейств может потребоваться значительное время.
seqs = gethmmalignment('PF00002','type','full'); dis = seqpdist(seqs); tree = seqneighjoin(dis,'equivar',seqs);