Извлечение выравнивания нескольких последовательностей, сопоставленного со скрытым профилем модели Маркова (HMM), из базы данных PFAM
AlignStruct = gethmmalignment(PFAMName)
AlignStruct = gethmmalignment(PFAMAccessNumber)
AlignStruct = gethmmalignment(PFAMNumber)
AlignStruct = gethmmalignment(...,
'ToFile', ToFileValue, ...)
AlignStruct = gethmmalignment(...,
'Type', TypeValue, ...)
AlignStruct = gethmmalignment(...,
'IgnoreGaps', IgnoreGaps, ...)
AlignStruct = gethmmalignment(...,
'TimeOut', TimeOutValue, ...)
PFAMName | Вектор символов, задающий имя семейства белков (уникальный идентификатор) записи профиля HMM в базе данных PFAM. Для примера, '7tm_2'. |
PFAMAccessNumber | Вектор символов, задающий номер доступа семейства белков к записи профиля HMM в базе данных PFAM. Для примера, 'PF00002'. |
PFAMNumber | Целое число, указывающее номер семейства белков записи профиля HMM в базе данных PFAM. Для примера, 2 - номер семейства белков для семейства белков PF00002. |
ToFileValue | Вектор символов имя файла или путь и имя файла для сохранения данных. Если вы задаете только имя файла, этот файл будет сохранен в MATLAB® Текущая папка. |
TypeValue | Вектор символов, задающий набор возвращённых выравниваний. Варианты:
|
IgnoreGapsValue | Управляет удалением символов - и . из последовательности. Варианты true или false (по умолчанию). |
TimeOutValue | Тайм-аут подключения в секундах, задается как положительная скалярная величина. Значение по умолчанию является 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь. |
AlignStruct | Массив структуры MATLAB, содержащий выравнивание нескольких последовательностей, связанное с профилем HMM. |
AlignStruct = gethmmalignment(PFAMName)PFAMName, имя семейства белков, извлекает выравнивание нескольких последовательностей, связанное с профилем HMM, и возвращает AlignStruct, массив структуры MATLAB с каждой структурой, содержащей следующие поля:
| Область | Описание |
|---|---|
Header | Имя белка |
Sequence | Белковая последовательность |
AlignStruct = gethmmalignment(PFAMAccessNumber)PFAMAccessNumber, номер присоединения семейства белков, извлекает выравнивание нескольких последовательностей, связанное с профилем HMM, и возвращает AlignStruct, массив структур MATLAB.
AlignStruct = gethmmalignment(PFAMNumber)PFAMNumberцелое число, ищет в базе данных PFAM связанную запись профиля HMM, извлекает выравнивание нескольких последовательностей, связанное с профилем HMM, и возвращает AlignStruct, массив структур MATLAB.
AlignStruct = gethmmalignment (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...)gethmmalignment с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
сохраняет данные, возвращенные из базы данных PFAM, в файл, заданный как AlignStruct = gethmmalignment(...,
'ToFile', ToFileValue, ...)ToFileValue.
Примечание
Вы можете прочитать файл в формате FASTA, содержащий данные PFAM, обратно в программное обеспечение MATLAB, используя fastaread функция.
AlignStruct = gethmmalignment(...,
'Type', TypeValue, ...)
'full' - По умолчанию. Возвращает все последовательности, которые соответствуют профилю HMM.
'seed' - Возвращает только последовательности, используемые для генерации профиля HMM.
AlignStruct = gethmmalignment(...,
'IgnoreGaps', IgnoreGaps, ...)- и . из последовательности. Варианты true или false (по умолчанию).
AlignStruct = gethmmalignment(...,
'TimeOut', TimeOutValue, ...)
Чтобы извлечь множественное выравнивание последовательностей, используемых для обучения профиля HMM для глобального выравнивания с белком 7-трансмембранного рецептора в семействе секретинов, введите:
pfamalign = gethmmalignment('PF00002','Type','seed')
pfamalign =
29×1 struct array with fields:
Header
Sequencefastaread | gethmmprof | gethmmtree | multialignread | multialignwrite | pfamhmmread