Чтение файла филогенетического дерева
Tree = phytreeread(File)
Tree = phytreeread(File,'TimeOut',TimeOutValue)
[Tree, Boot]=
phytreeread(File)
File | Вектор символов или строка, задающая имя файла дерева в формате Newick или Nexus (текстовый файл ASCII), путь и имя файла или URL-адрес, указывающий на файл. Для формата дерева Nexus только одно дерево из первого |
TimeOutValue | Тайм-аут подключения в секундах, задается как положительная скалярная величина. Значение по умолчанию является 5. Для получения дополнительной информации смотрите здесь. |
Tree |
|
Boot | Векторы-столбцы значений bootstrap для каждого узла дерева, заданные в
|
Tree = phytreeread(File)
Tree = phytreeread(File,'TimeOut',TimeOutValue)
Формат дерева NEWICK можно найти в:
Формат дерева NEXUS можно найти в:
Примечание
Эта реализация позволяет только двоичные деревья. Небинарные деревья переводятся в двоичное дерево с дополнительными ветвями длины 0.
[ возвращает Tree, Boot]=
phytreeread(File)Boot, вектор-столбец значений bootstrap для каждого узла дерева, указанного в File. Если File не задает значение bootstrap для узла, возвращает значение NaN для этого узла. phytreeread рассматривает следующие значения в File чтобы быть значениями bootstrap:
Значения в квадратных скобках ([]) после длины узла ветви или листа (только для деревьев в формате Newick)
Значения, которые появляются вместо меток узлов ветвей или листовых узлов (для деревьев в формате Newick и Nexus)
tr = phytreeread('pf00002.tree')
Phylogenetic tree object with 33 leaves (32 branches)tr2 = phytreeread('pf00002.nex')Phylogenetic tree object with 33 leaves (32 branches)