Вычислите парное расстояние между последовательностями
D = seqpdist(Seqs)
D = seqpdist(Seqs,
...'PropertyName', PropertyValue,
...)
D = seqpdist(Seqs,
...'Method', MethodValue, ...)
D = seqpdist(Seqs,
...'Indels', IndelsValue, ...)
D = seqpdist(Seqs,
...'OptArgs', OptArgsValue, ...)
D = seqpdist(Seqs,
...'PairwiseAlignment', PairwiseAlignmentValue,
...)
D = seqpdist(Seqs,
...'UseParallel', UseParallelValue, ...)
D = seqpdist(Seqs,
...'SquareForm', SquareFormValue ...)
D = seqpdist(Seqs,
...'Alphabet', AlphabetValue, ...)
D = seqpdist(Seqs,
...'ScoringMatrix', ScoringMatrixValue, ...)
D = seqpdist(Seqs,
...'Scale', ScaleValue, ...)
D = seqpdist(Seqs,
...'GapOpen', GapOpenValue, ...)
D = seqpdist(Seqs,
...'ExtendGap', ExtendGapValue, ...)
Seqs | Любое из следующих:
|
MethodValue | Вектор символов, которая задает метод вычисления парных расстояний. По умолчанию это 'Jukes-Cantor'. |
IndelsValue | Вектор символов или строка, которая задает, как обрабатывать сайты с погрешностями. По умолчанию это 'score'. |
OptArgsValue | Вектор символов или массив ячеек, который задает один или несколько входные параметры, требуемых или принятых методом расстояния, заданным Method свойство. |
PairwiseAlignmentValue | Управляет глобальным парным выравниванием входа последовательностей (используя nwalign function), при этом игнорируя множественное выравнивание входных последовательностей (если таковые имеются). Варианты true или false. По умолчанию это:
Совет Если ваши входные последовательности совпадают по длине,
|
UseParallelValue | Управляет вычислением парных расстояний с помощью parfor-циклы. Когда true, и Parallel Computing Toolbox™ установлен и parpool открыт, расчет происходит параллельно. Если нет открытых parpool, но автоматическое создание включено в Parallel Preferences, пул по умолчанию будет автоматически открыт, а расчеты происходят параллельно. Если установлен Parallel Computing Toolbox, но нет открытых parpool и автоматическое создание отключено, затем в расчетах используются parfor-циклы в последовательном режиме. Если Parallel Computing Toolbox не установлен, то при расчетах используются parfor-циклы в последовательном режиме. По умолчанию это false, который использует петли for в последовательном режиме. |
SquareFormValue | Управляет преобразованием выхода в квадратную матрицу. Варианты |
AlphabetValue | Вектор символов или строка, задающая тип последовательности (нуклеотид или аминокислота). Варианты 'NT' или 'AA' (по умолчанию). |
ScoringMatrixValue | Одно из следующих:
Примечание Если вам нужно скомпилироваться |
ScaleValue | Положительное значение, которое задает коэффициент шкалы, используемый для возврата счета в произвольных модулях. Если информация матрицы скоринга также обеспечивает коэффициент шкалы, то используются оба. |
GapOpenValue | Положительное целое число, которое задает штраф за открытие промежутка в выравнивании. По умолчанию это 8. |
ExtendedGapValue | Положительное целое число, которое задает штраф за расширение промежутка. По умолчанию это равно GapOpenValue. |
D | Вектор, который содержит биологические расстояния между каждой парой последовательностей, сохраненных в M элементы Seqs. |
D = seqpdist(Seqs)Dвектор, содержащий биологические расстояния между каждой парой последовательностей, сохраненных в M последовательности Seqs, массив ячеек из последовательностей, вектор структур, матрица или последовательности.
D1-by- (M*(M-1)/2) Вектор-строка, соответствующий M*(M-1)/2 пары последовательностей в Seqs. Область выхода D((2,1),(3,1),..., (M,1),(3,2),...(M,2),...(M,M-1)). Это нижний-левый треугольник полного M-by- M матрица расстояний. Чтобы получить расстояние между Iи Jth-ые последовательности для I > J, используйте формулу D((J-1)*(M-J/2)+I-J).
вызывает D = seqpdist(Seqs,
...'PropertyName', PropertyValue,
...)seqpdist с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Задайте одно или несколько свойств в любом порядке. Заключайте каждую PropertyName в одинарных кавычках. Каждый PropertyName является нечувствительным к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
задает метод для вычисления расстояний между каждой парой последовательностей. Варианты показаны в следующих таблицах.D = seqpdist(Seqs,
...'Method', MethodValue, ...)
Методы для нуклеотидов и аминокислот
| Метод | Описание |
|---|---|
p-distance | Доля сайтов, в которых две последовательности различны. p близок к 1 для плохо связанных последовательностей и p близок к 0 для аналогичных последовательностей.d = p |
Jukes-Cantor (по умолчанию) | Максимальная оценка правдоподобия количества замен между двумя последовательностями. Для нуклеотидов: Для аминокислот: |
alignment-score | Расстояние (d) между двумя последовательностями (1, 2) вычисляется из парного счета выравнивания между двумя последовательностями (score12), и парный счет выравнивания между каждой последовательностью и самой собой (score11, score22) следующим образом:d = (1-score12/score11)* (1-score12/score22) d = 0 |
Методы без оценки погрешностей (только нуклеотиды)
| Метод | Описание |
|---|---|
Tajima-Nei | Максимальная оценка правдоподобия с учетом фоновых частот нуклеотидов. Его можно вычислить из входа последовательностей или задать путем установки OptArgs на [gA gC gG gT]. gA, gC, gG, gT являются скалярными значениями для частот нуклеотидов. |
Kimura | Рассматривает отдельно переходное нуклеотидное замещение и трансверсионное нуклеотидное замещение. |
Tamura | Рассматривает отдельно переходное нуклеотидное замещение, трансверсионное нуклеотидное замещение и содержимое GC. GC- содержимого можно вычислить из входа последовательностей или задать OptArgs к пропорции содержимого GC (скалярное значение от 0 на 1). |
Hasegawa | Рассматривает отдельно переходное нуклеотидное замещение, трансверсионное нуклеотидное замещение и фоновые частоты нуклеотидов. Фоновые частоты могут быть вычислены из входных последовательностей или заданы путем установки OptArgs свойство к [gA gC gG gT]. |
Nei-Tamura | Рассматривает отдельно переходное нуклеотидное замещение между пуринами, переходное нуклеотидное замещение между пиримидинами, трансверсионное нуклеотидное замещение и фоновые частоты нуклеотидов. Фоновые частоты могут быть вычислены из входных последовательностей или заданы путем установки OptArgs свойство к [gA gC gG gT]. |
Методы без оценки пробелов (только аминокислоты)
| Метод | Описание |
|---|---|
Poisson | Принимает, что количество замен аминокислот в каждом сайте имеет распределение Пуассона. |
Gamma | Принимает, что количество замен аминокислот в каждом сайте имеет распределение Гаммы с параметром a. Задайте a использование OptArgs свойство. По умолчанию это 2. |
Можно также задать пользовательскую функцию расстояния с помощью @, для примера, @distfun. Функция расстояния должна иметь вид:
function D = distfun(S1, S2, OptArgsValue)
The distfun функция принимает следующие аргументы:
S1 , S2 - две последовательности одинаковой длины (нуклеотид или аминокислота).
OptArgsValue - необязательные аргументы, зависящие от проблемы.
The distfun функция возвращает скаляр, который представляет расстояние между S1 и S2.
D = seqpdist(Seqs,
...'Indels', IndelsValue, ...)
score (по умолчанию) - оценивает эти сайты либо как мутацию точки, либо с параметрами выравнивания, в зависимости от выбранного метода.
pairwise-del - Для каждого парного сравнения он игнорирует сайты с погрешностями.
complete-del - игнорирует все столбцы в нескольких выравниваниях, которые содержат зазор. Эта опция доступна, только если вы указали в качестве выравнивания несколько вход Seqs.
D = seqpdist(Seqs,
...'OptArgs', OptArgsValue, ...)Method свойство. Используйте вектор символов или массив ячеек, чтобы передать один или несколько входные параметры. Для примера предоставьте частоты нуклеотидов для Tajima-Nei метод расстояния, вместо вычисления их из входа последовательностей.
D = seqpdist(Seqs,
...'PairwiseAlignment', PairwiseAlignmentValue,
...)nwalign function), при этом игнорируя множественное выравнивание входных последовательностей (если таковые имеются). По умолчанию это:
true - Когда все входные последовательности имеют не одинаковую длину.
false - Когда все входные последовательности имеют одинаковую длину.
Совет
Если ваши входные последовательности имеют одинаковую длину, seqpdist предполагает, что они выровнены. Если они не выровнены, выполните одно из следующих действий:
Выровняйте последовательности перед их передачей так, чтобы они seqpdist, например, используя multialign функция.
Задайте PairwiseAlignment на true при использовании seqpdist.
D = seqpdist(Seqs,
...'UseParallel', UseParallelValue, ...)parfor- циклы при вычислении парных расстояний. Когда true, и Parallel Computing Toolbox установлен и parpool открыт, расчет происходит параллельно. Если нет открытых parpool, но автоматическое создание включено в Parallel Preferences, пул по умолчанию будет автоматически открыт, а расчеты происходят параллельно. Если установлен Parallel Computing Toolbox, но нет открытых parpool и автоматическое создание отключено, затем в расчетах используются parfor-циклы в последовательном режиме. Если Parallel Computing Toolbox не установлен, то при расчетах используются parfor-циклы в последовательном режиме. По умолчанию это false, который использует петли for в последовательном режиме.
D = seqpdist(Seqs,
...'SquareForm', SquareFormValue ...)D(I, J)Iи J-я последовательность. Квадратная матрица симметрична и имеет нулевую диагональ. Варианты true или false (по умолчанию). Настройка Squareform на true совпадает с использованием squareform функция в Statistics and Machine Learning Toolbox™.
D = seqpdist(Seqs,
...'Alphabet', AlphabetValue, ...)'NT' или 'AA' (по умолчанию).
Остальные входные свойства доступны, когда Method свойство равно 'alignment-score' или PairwiseAlignment свойство равно true.
D = seqpdist(Seqs,
...'ScoringMatrix', ScoringMatrixValue, ...)
'NUC44' - Когда AlphabetValue равен 'NT'.
'BLOSUM50' - Когда AlphabetValue равен 'AA'.
D = seqpdist(Seqs,
...'Scale', ScaleValue, ...)
D = seqpdist(Seqs,
...'GapOpen', GapOpenValue, ...)8.
D = seqpdist(Seqs,
...'ExtendGap', ExtendGapValue, ...)GapOpenValue.
Считайте данные выравнивания аминокислот в структуру MATLAB.
seqs = fastaread('pf00002.fa');Для каждой возможной пары последовательностей в множественном выравнивании игнорируйте сайты с погрешностями и оценивайте с помощью матрицы подсчета баллов PAM250.
dist = seqpdist(seqs,'Method','alignment-score',...
'Indels','pairwise-delete',...
'ScoringMatrix','pam250');Принудительное преобразование каждой пары последовательностей, игнорирующее предоставленное несколько выравниваний.
dist = seqpdist(seqs,'Method','alignment-score',...
'Indels','pairwise-delete',...
'ScoringMatrix','pam250',...
'PairwiseAlignment',true);Измерьте парные расстояния Юкса-Кантора после выравнивания каждой пары последовательностей, считая погрешности как точечные мутации.
dist = seqpdist(seqs,'Method','jukes-cantor',...
'Indels','score',...
'Scoringmatrix','pam250',...
'PairwiseAlignment',true);