Получение информации об объекте филогенетического дерева
[Value1, Value2,...] =
get(Tree, 'Property1','Property2',...)
get(Tree)
V = get(Tree)
Tree | Объект Phytree, созданный с помощью функции phytree. |
Name | Имя свойства phytree объект. |
[ возвращает заданные свойства от объекта phytree (Value1, Value2,...] =
get(Tree, 'Property1','Property2',...)Tree).
Свойства для phytree объекты перечислены в следующей таблице.
| Свойство | Описание |
|---|---|
NumLeaves | Количество листьев |
NumBranches | Количество ветвей |
NumNodes | Число узлов (NumLeaves + NumBranches) |
Pointers | Список соединений от ветви к листу/ветви |
Distances | Длина ребра для каждого листа/ветви |
LeafNames | Имена листьев |
BranchNames | Имена ветвей |
NodeNames | Имена всех узлов |
get( отображает все имена свойства и их текущие значения для объекта phytree (Tree)Tree).
V = get(Tree)Tree) и каждое поле содержит значение этого свойства.
Чтение в филогенетическом дереве из файла.
tr = phytreeread('pf00002.tree')
Phylogenetic tree object with 33 leaves (32 branches)Получите имена листьев.
protein_names = get(tr,'LeafNames')
protein_names =
'Q9YHC6_RANRI/126-382'
'VIPR1_RAT/140-397'
'VIPR_CARAU/100-359'
...