Выберите ветви и листья дерева в объекте phytree
S = select(Tree, N)
[S, Selleaves, Selbranches]
= select(...)
select(..., 'Reference', ReferenceValue,
...)
select(..., 'Criteria', CriteriaValue,
...)
select(..., 'Threshold', ThresholdValue,
...)
select(..., 'Exclude', ExcludeValue,
...)
select(..., 'Propagate', PropagateValue,
...)
Tree | Филогенетическое дерево ( |
N | Количество ближайших узлов к корневому узлу. |
ReferenceValue | Свойство для выбора точки ссылки для измерения расстояния. |
CriteriaValue | Свойство для выбора критерия для измерения расстояния. |
ThresholdValue | Свойство для выбора значения расстояния. Выбираются узлы с расстояниями ниже этого значения. |
ExcludeValue | Свойство для удаления (исключения) узлов ветви или листа из выхода. Введите 'none', 'branches', или 'leaves'. Значение по умолчанию 'none'. |
PropagateValue | Свойство для выбора распространяющихся узлов к листьям или корню. |
S | Логический вектор для всех выбранных узлов. |
Selleaves | Логический вектор для выбранных листьев. |
Selbranches | Логический вектор для выбранных ветвей. |
S = select(Tree, N)S) размера [NumNodes x 1] указывает на N ближайшие узлы к корневому узлу phytree объект (Tree) где NumNodes = NumLeaves + NumBranches. Первый используемый критерий - уровни ветви, затем патристическое расстояние (также известное как древовидное расстояние). По умолчанию select использует Inf как значение N, и выберите возвращает вектор со значениями (Tree)true.
[ возвращает два дополнительных логических вектора, один для выбранных листьев и один для выбранных ветвей.S, Selleaves, Selbranches]
= select(...)
выберите (..., использует дополнительные опции, заданные в качестве одного или нескольких аргументов пары "имя-значение". Каждый 'PropertyName', PropertyValue, ...)PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти пары "имя-значение" следующие:
select(..., 'Reference', изменяет контрольные точки (точки ) для измерения близости. ReferenceValue,
...)ReferenceValue можно 'root' (по умолчанию) или 'leaves' или индекс, который указывает на любой узел дерева. При использовании 'leaves'узел может иметь несколько расстояний до его потомковых листьев (неультраметрическое дерево). Если да, select рассматривает минимальное расстояние до любого потомка листа.
select(..., 'Criteria', изменяет критерии, используемые для измерения близости. Если CriteriaValue,
...)CriteriaValue = 'уровни'CriteriaValue = 'расстояние'
select(..., 'Threshold', выбирает все узлы, где близость меньше или равен порог значению ThresholdValue,
...)(. Можно использовать любой из ThresholdValue)'Criteria' или 'Reference' в сочетании с этой парой "имя-значение". Если N не задан, тогда N = Inf. В противном случае можно ограничить количество выбранных узлов N.
select(..., 'Exclude', устанавливает постфильтр, который исключает из ExcludeValue,
...)S все узлы ветви когда ExcludeValue = 'ветви'ExcludeValue = 'листья''none'.
select(..., 'Propagate', активирует постфункциональность, которая распространяет выбранные узлы на листья при PropagateValue,
...)PropagateValue установлено в 'toleaves' или к корню нахождения общего предка, когда PropagateValue установлено в 'toroot'. Значение по умолчанию 'none'. PropagateValue могут также быть 'both'. The 'Propagate' свойство действует после 'Exclude' Пара "имя-значение".
% Load a phylogenetic tree created from a protein family:
tr = phytreeread('pf00002.tree');
% To find close products for a given protein (e.g. vipr2_human):
ind = getbyname(tr,'vipr2_human');
[sel,sel_leaves] = select(tr,'criteria','distance',...
'threshold',0.6,'reference',ind);
view(tr,sel_leaves)
% To find potential outliers in the tree, use
[sel,sel_leaves] = select(tr,'criteria','distance',...
'threshold',.3,...
'reference','leaves',...
'exclude','leaves',...
'propagate','toleaves');
view(tr,~sel_leaves)