Структура данных, содержащая филогенетическое дерево
Объект phytree является структурой данных, содержащей филогенетическое дерево. Филогенетические деревья являются двоичными корневыми деревьями, что означает, что каждая ветвь является родительским элементом двух других ветвей, двух листьев, или одной ветви и одного листа. Объект phytree может быть ультраметрическим или неультраметрическим.
Ниже приведены методы объекта phytree:
| cluster (phytree) | Проверьте кластеры в филогенетическом дереве |
| get (phytree) | Получение информации об объекте филогенетического дерева |
| getbyname (phytree) | Ветви и листья от объекта phytree |
| getcanonical (phytree) | Вычисление канонической формы филогенетического дерева |
| getmatrix (phytree) | Преобразуйте объект phytree в матрицу отношений |
| getnewickstr (phytree) | Создайте форматированный Ньюиком вектор символов |
| pdist (phytree) | Вычислите попарные патристические расстояния в объекте phytree |
| plot (phytree) | Нарисуйте филогенетическое дерево |
| prune (phytree) | Удалите узлы ветви из филогенетического дерева |
| reorder (phytree) | Переупорядочить листья филогенетического дерева |
| reroot (phytree) | Изменение корня филогенетического дерева |
| select (phytree) | Выберите ветви и листья дерева в объекте phytree |
| subtree (phytree) | Экстракт филогенетического поддерева |
| view (phytree) | Просмотр филогенетического дерева |
| weights (phytree) | Вычислите веса для филогенетического дерева |
Примечание
Вы не можете изменять эти свойства непосредственно. Вы можете получить доступ к этим свойствам, используя get способ.
| Свойство | Описание |
|---|---|
NumLeaves | Количество листьев |
NumBranches | Количество ветвей |
NumNodes | Число узлов (NumLeaves + NumBranches) |
Pointers | Список соединений от ветви к листу/ветви |
Distances | Длина ребра для каждого листа/ветви |
LeafNames | Имена листьев |
BranchNames | Имена ветвей |
NodeNames | Имена всех узлов |
cluster | get | getbyname | getcanonical | getmatrix | getnewickstr | pdist | phytree | phytreeread | phytreeviewer | phytreewrite | plot | prune | reroot | select | seqlinkage | seqneighjoin | seqpdist | subtree | view | weights