getbyname (phytree)
Ветви и листья от объекта phytree
Синтаксис
S = getbyname(Tree, Expression)
S = getbyname(Tree, Key)
S = getbyname(Tree, Key,
'Exact', ExactValue)
Аргументы
Tree | объект phytree, созданный |
Expression | Регулярная экспрессия или массив ячеек регулярных выражений для поиска в |
Key | Вектор символов или массив ячеек из векторов символов для поиска в |
ExactValue | Определяет, должно ли полное точное имя узла совпадать с векторами (векторами) символов, игнорируя случай. Варианты true или false (по умолчанию). Когда true, S - числовой вектор-столбец, указывающее, какие имена узлов точно соответствуют запросу, в полном объеме. |
Описание
S = getbyname(Tree, Expression)Tree, объект phytree, для правильного выражения (выражений), заданного Expression. Возвращается S, логическая матрица размера NumNodes-by- M, где M является либо 1 или длину Expression. Каждая строка в S соответствует узлу, и каждый столбец соответствует запросу в Expression. Логическая матрица S указывает имена узлов, соответствующие Expression, игнорируя случай.
S = getbyname(Tree, Key)Tree, объект phytree, для вектора (векторов) символов, заданных Key. Возвращается S, логическая матрица размера NumNodes-by- M, где M является либо 1 или длину Key. Каждая строка в S соответствует узлу, и каждый столбец соответствует запросу в Key. Логическая матрица S указывает имена узлов, соответствующие Key, игнорируя случай.
S = getbyname(Tree, Key,
'Exact', ExactValue)true или false (по умолчанию). Когда true, S - числовой вектор-столбец, указывающее, какие имена узлов точно соответствуют запросу, в полном объеме.
Примеры
Считайте файл филогенетического дерева, созданный из семейства белков, в объект phytree.
tr = phytreeread('pf00002.tree');Определите все белки мыши и человека путем поиска узлов, которые включают векторы символов
'mouse'и'human'в своих именах.sel = getbyname(tr,{'mouse','human'}); view(tr,any(sel,2));