isotopicdist
Вычислите массовое распределение изотопов высокого разрешения и функцию плотности
Синтаксис
[MD, Info, DF]
= isotopicdist(SeqAA)
[MD, Info, DF]
= isotopicdist(Compound)
[MD, Info, DF]
= isotopicdist(Formula)
isotopicdist(..., 'NTerminal', NTerminalValue,
...)
isotopicdist(..., 'CTerminal', CTerminalValue,
...)
isotopicdist(..., 'Resolution', ResolutionValue,
...)
isotopicdist(..., 'FFTResolution', FFTResolutionValue,
...)
isotopicdist(..., 'FFTRange', FFTRangeValue,
...)
isotopicdist(..., 'FFTLocation', FFTLocationValue,
...)
isotopicdist(..., 'NoiseThreshold', NoiseThresholdValue,
...)
isotopicdist(..., 'ShowPlot', ShowPlotValue,
...)
Описание
[ анализирует пептидную последовательность и возвращает матрицу, содержащую ожидаемое массовое распределение; структуру, содержащую моноизотопную массу, среднюю массу, наиболее обильную массу, номинальную массу и эмпирическую формулу; и матрицу, содержащую ожидаемую функцию плотности. MD, Info, DF]
= isotopicdist(SeqAA)
[ анализирует соединение, заданное числовым вектором или матрицей. MD, Info, DF]
= isotopicdist(Compound)
[ анализирует соединение, заданное эмпирической химической формулой, представленной структурой MD, Info, DF]
= isotopicdist(Formula)Formula. Имена полей в Formula должны быть допустимыми символами элемента и учитывать регистр. Соответствующие значения в Formula количество атомов для каждого элемента. Formula может также быть массивом структур, который задает несколько формул. Имена полей могут быть в любом порядке в структуре. Однако, если существует несколько структур, порядок должен быть одинаковым в каждой.
изотопикдист (..., вызывает 'PropertyName', PropertyValue, ...)isotopicdist с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключайте каждую PropertyName в одинарных кавычках. Каждый PropertyName является нечувствительным к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
isotopicdist(..., 'NTerminal', изменяет N-конец пептида.NTerminalValue,
...)
isotopicdist(..., 'CTerminal', изменяет C-конец пептида.CTerminalValue,
...)
isotopicdist(..., 'Resolution', задает приблизительное разрешение инструмента, заданное как Гауссова ширина (в дальтонах) при полной ширине на половине высоты (FWHH).ResolutionValue,
...)
isotopicdist(..., 'FFTResolution', задает количество точек данных на далтон для вычисления алгоритма быстрого преобразования Фурье (FFT).FFTResolutionValue,
...)
isotopicdist(..., 'FFTRange', задает абсолютную область значений (размер окна) в дальтонах для алгоритма БПФ и функции выходной плотности.FFTRangeValue,
...)
isotopicdist(..., 'FFTLocation', задает местоположение области значений БПФ (окна), заданное как FFTLocationValue,
...)FFTRangeValue. Это задает это место путем установки местоположения нижнего предела области значений относительно местоположения моноизотопного пика, который вычисляется isotopicdist.
isotopicdist(..., 'NoiseThreshold', удаляет точки в массовом распределении, которые меньше NoiseThresholdValue,
...)1/ в разы больше всего массы.NoiseThresholdValue
isotopicdist(..., 'ShowPlot', управляет отображением графика распределения масс.ShowPlotValue,
...)
Входные параметры
|
Пептидная последовательность, заданная как a:
Совет Вы можете использовать |
|
Соединение, заданное как a:
|
|
Химическая формула, заданная как a:
Примечание Если |
|
Модификация для N-конца пептида, определяемая либо:
|
|
Модификация для С-терминала пептида, определяемая либо:
|
|
Значение в дальтонах, задающее приблизительное разрешение прибора, заданное как ширина Гауссова на высоте половины полной ширины (FWHH). По умолчанию: |
|
Значение, определяющее количество точек данных на далтон, используемое для вычисления алгоритма БПФ. По умолчанию: |
|
Значение, задающее абсолютную область значений (размер окна) в дальтонах для алгоритма БПФ и функции выходной плотности. По умолчанию это значение автоматически оценивается на основе веса молекулы. Фактическая область значений БПФ, используемый внутри Совет Увеличьте Совет Сверхвысокое разрешение позволяет разрешать микроpeaks, имеющие одинаковую номинальную массу, но несколько отличающиеся точные массы. Чтобы достичь сверхвысокого разрешения, увеличьте |
|
Дробь, которая задает местоположение области значений БПФ (окна), заданное как Совет Возможно, вам потребуется сместить область значений БПФ налево в редких случаях, когда соединение содержит элемент, такой как Железо или Аргон, самый обильный изотоп которого не самый легкий. По умолчанию: |
|
Значение, которое удаляет точки в массовом распределении, которые меньше По умолчанию: |
|
Управляет отображением графика распределения изотопных масс. Варианты
|
Выходные аргументы
|
Массовое распределение, представленное двухколоночной матрицей, в которой каждая строка соответствует изотопу. В первом столбце перечислена изотопная масса, а во втором - вероятность для этой массы. |
|
Структура, содержащая информацию о массе для пептидной последовательности или соединения в следующих областях:
|
|
Функция плотности, представленная двухколоночной матрицей, в которой каждая строка соответствует значению m/z. В первом столбце перечислена масса, а во втором - относительная интенсивность сигнала при этой массе. |
Примеры
Вычислите и отобразите распределение изотопной массы пептидной последовательности MATLAP с ацетильным N-концом и амидным С-концом:
MD = isotopicdist('MATLAP','nterm','Acetyl','cterm','Amide', ...
'showplot',true)
MD =
643.3363 0.6676
644.3388 0.2306
645.3378 0.0797
646.3386 0.0181
647.3396 0.0033
648.3409 0.0005
649.3423 0.0001
650.3439 0.0000
651.3455 0.0000
Вычислите и отобразите распределение изотопной массы глутамина (C5H10N2O3):
MD = isotopicdist([5 10 2 3 0],'showplot',true) MD = 146.0691 0.9328 147.0715 0.0595 148.0733 0.0074 149.0755 0.0004 150.0774 0.0000
Отобразите распределение изотопной массы модели «усредненный», молекулярная формула которого представляет статистические вхождения аминокислот из всех известных белков:
isotopicdist([4.9384 7.7583 1.3577 1.4773 0.0417])
Подробнее о
Ссылки
[1] Роквуд, А. Л., Ван Орден, С. Л. и Смит, Р. Д. (1995). Быстрое вычисление распределений изотопов. Анал. хим. 67:15, 2699-2704.
[2] Роквуд, А. Л., Ван Орден, С. Л. и Смит, Р. Д. (1996). Расчеты распределения изотопов сверхвысокого разрешения. Быстрый Коммун. Масса Спектра 10, 54-59.
[3] Senko, M.W., Beu, S. C., and McLafferty, F. W. (1995). Автоматическое назначение состояний заряда из разрешённого изотопного peaks для умножения заряженных ионов. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 6, 52–56.
[4] Senko, M.W., Beu, S. C., and McLafferty, F. W. (1995). Определение моноизотопных масс и ионных населений для больших биомолекул из разрешенных изотопных распределений. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 6, 229–233.
См. также
aminolookup | cleave | cleavelookup | genpeptread | getgenpept | int2aa | molweight | nt2aa