nt2aa

Преобразование нуклеотидной последовательности в аминокислотную

Синтаксис

SeqAA = nt2aa(SeqNT) SeqAA = nt2aa(..., 'Frame', FrameValue, ...) SeqAA = nt2aa(..., 'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...) SeqAA = nt2aa(..., 'AlternativeStartCodons', AlternativeStartCodonsValue, ...) SeqAA = nt2aa(..., 'ACGTOnly', ACGTOnlyValue, ...)

Входные параметры

`SeqNT`	Одно из следующих: Вектор символов или строка, содержащая однобуквенные коды, задающие нуклеотидную последовательность. Действительные буквенные коды см. в таблице Сопоставление нуклеотидных буквенных кодов с целыми числами. Вектор-строка из целых чисел, задающий нуклеотидную последовательность. Для допустимых целых чисел смотрите таблицу Сопоставление нуклеотидных целых чисел с буквенными кодами. MATLAB^® структура, содержащая `Sequence` поле, которое содержит нуклеотидную последовательность, такую как возвращенная `fastaread`, `fastqread`, `emblread`, `getembl`, `genbankread`, или `getgenbank` Примечание Дефисы действительны только в том случае, если кодон, которому он принадлежит, представляет зазор, то есть кодон содержит все дефисы. Пример: `ACT---TGA` Совет Не используйте последовательность с дефисами, если вы задаете `'all'` для `FrameValue`.
`FrameValue`	Целое число, вектор символов или строка, задающая систему координат чтения в нуклеотидной последовательности. Варианты `1`, `2`, `3`, или `'all'`. По умолчанию это `1`. Если `FrameValue` является `'all'`, затем `SeqAA` - массив ячеек 3 на 1.
`GeneticCodeValue`	Целое число, вектор символов или строка, задающая номер генетического кода или имя кода из таблицы Генетический код. По умолчанию это `1` или `'Standard'`. Совет Если вы используете имя кода, можно обрезать имя до первых двух букв имени.
`AlternativeStartCodonsValue`	Управляет трансляцией альтернативных кодонов. Варианты `true` (по умолчанию) или `false`.
`ACGTOnlyValue`	Управляет поведением неоднозначных нуклеотидных символов (`R`, `Y`, `K`, `M`, `S`, `W`, `B`, `D`, `H`, `V`, и `N`) и неизвестные символы. `ACGTOnlyValue` можно `true` (по умолчанию) или `false`. Если `true`, тогда ошибки функции, если какой-либо из этих символов присутствует. Если `false`, тогда функция пытается разрешить неоднозначности. Если это невозможно, возвращается `X` для затронутого кодона.

Выходные аргументы

SeqAA Аминокислотная последовательность, заданная вектором символов однобуквенных кодов.

Описание

SeqAA = nt2aa(SeqNT) преобразует нуклеотидную последовательность, заданную как SeqNT, к аминокислотной последовательности, возвращенной в SeqAA, с использованием стандартного генетического кода.

SeqAA = nt2aa (SeqNT... 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает nt2aa с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

SeqAA = nt2aa(..., 'Frame', FrameValue, ...) преобразует нуклеотидную последовательность для определенной системы координат считывания в аминокислотную последовательность. Варианты 1, 2, 3, или 'all'. По умолчанию это 1. Если FrameValue является 'all', затем выход SeqAA - массив ячеек 3 на 1.

SeqAA = nt2aa(..., 'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...) задает генетический код, используемый при преобразовании нуклеотидной последовательности в аминокислотную последовательность. GeneticCodeValue может быть целым числом, вектором символов или строкой, задающей номер кода или имя кода из таблицы Генетический код. По умолчанию это 1 или 'Standard'. Аминокислота к нуклеотидному кодону, отображению для Стандартного генетического кода, показана в таблице Стандартного генетического кода.

Совет

Если вы используете имя кода, можно обрезать имя до первых двух букв имени.

SeqAA = nt2aa(..., 'AlternativeStartCodons', AlternativeStartCodonsValue, ...) управляет трансляцией альтернативных стартовых кодонов. По умолчанию AlternativeStartCodonsValue установлено в trueи если первый кодон последовательности является известным альтернативным стартовым кодоном, кодон переводят в метионин.

Если для этой опции задано значение falseзатем альтернативный стартовый кодон в начале последовательности переводится на соответствующую ему аминокислоту в указанном вами генетическом коде, который не обязательно может быть метионином. Для примера в генетическом коде митохондрий человека AUA и AUU известно, что это альтернативные стартовые кодоны. Для получения дополнительной информации об альтернативных стартовых кодонах посетите https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=t#SG1.

Для получения дополнительной информации об альтернативных стартовых кодонах смотрите:

www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Utils/wprintgc.cgi?mode=t#SG1

Генетический код

Кодовый номер	Кодовое имя
`1`	`Standard`
`2`	`Vertebrate Mitochondrial`
`3`	`Yeast Mitochondrial`
`4`	`Mold`, `Protozoan`, `Coelenterate Mitochondrial`, и `Mycoplasma/Spiroplasma`
`5`	`Invertebrate Mitochondrial`
`6`	`Ciliate`, `Dasycladacean`, и `Hexamita Nuclear`
`9`	`Echinoderm Mitochondrial`
`10`	`Euplotid Nuclear`
`11`	`Bacterial` и `Plant Plastid`
`12`	`Alternative Yeast Nuclear`
`13`	`Ascidian Mitochondrial`
`14`	`Flatworm Mitochondrial`
`15`	`Blepharisma Nuclear`
`16`	`Chlorophycean Mitochondrial`
`21`	`Trematode Mitochondrial`
`22`	`Scenedesmus Obliquus Mitochondrial`
`23`	`Thraustochytrium Mitochondrial`

Стандартный генетический код

Имя аминокислоты	Аминокислотный код	Нуклеотидный кодон
Аланин	`A`	`GCT GCC GCA GCG`
Аргинин	`R`	`CGT CGC CGA CGG AGA AGG`
Аспарагин	`N`	`AAT AAC`
Аспарагиновая кислота (аспартат)	`D`	`GAT GAC`
Цистеин	`C`	`TGT TGC`
Глютамин	`Q`	`CAA CAG`
Глутаминовая кислота (глутамат)	`E`	`GAA GAG`
Глицин	`G`	`GGT GGC GGA GGG`
Гистидин	`H`	`CAT CAC`
Изолейцин	`I`	`ATT ATC ATA`
Лейцин	`L`	`TTA TTG CTT CTC CTA CTG`
Лизин	`K`	`AAA AAG`
Метионин	`M`	`ATG`
Фенилаланин	`F`	`TTT TTC`
Пролин	`P`	`CCT CCC CCA CCG`
Серин	`S`	`TCT TCC TCA TCG AGT AGC`
Треонин	`T`	`ACT ACC ACA ACG`
Триптофан	`W`	`TGG`
Тирозин	`Y`	`TAT, TAC`
Валин	`V`	`GTT GTC GTA GTG`
Аспарагин или аспарагиновая кислота (аспартат)	`B`	Случайный кодон из `D` и `N`
Глутамин или глутаминовая кислота (глутамат)	`Z`	Случайный кодон из `E` и `Q`
Неизвестная аминокислота (любая аминокислота)	`X`	Случайный кодон
Остановка перевода	`*`	`TAA TAG TGA`
Зазор неопределенной длины	`-`	`---`
Неизвестный символ (любой символ или символ, не указанный в таблице)	`?`	`???`

SeqAA = nt2aa(..., 'ACGTOnly', ACGTOnlyValue, ...) управляет поведением неоднозначных нуклеотидных символов (R, Y, K, M, S, W, B, D, H, V, и N) и неизвестные символы. ACGTOnlyValue можно true (по умолчанию) или false. Если true, тогда ошибки функции, если какой-либо из этих символов присутствует. Если false, тогда функция пытается разрешить неоднозначности. Если это невозможно, возвращается X для затронутого кодона.

Примеры

Пример 48. Преобразование гена ND1

Используйте getgenbank функция для извлечения геномной информации для митохондрий человека из GenBank^® и храните его в структуре MATLAB.

mitochondria = getgenbank('NC_012920')

mitochondria = 

                LocusName: 'NC_012920'
      LocusSequenceLength: '16569'
     LocusNumberofStrands: ''
            LocusTopology: 'circular'
        LocusMoleculeType: 'DNA'
     LocusGenBankDivision: 'PRI'
    LocusModificationDate: '05-MAR-2010'
               Definition: 'Homo sapiens mitochondrion, complete genome.'
                Accession: 'NC_012920 AC_000021'
                  Version: 'NC_012920.1'
                       GI: '251831106'
                  Project: []
                   DBLink: 'Project:30353'
                 Keywords: []
                  Segment: []
                   Source: 'mitochondrion Homo sapiens (human)'
           SourceOrganism: [4x65 char]
                Reference: {1x7 cell}
                  Comment: [24x67 char]
                 Features: [933x74 char]
                      CDS: [1x13 struct]
                 Sequence: [1x16569 char]
                SearchURL: [1x70 char]
              RetrieveURL: [1x104 char]

Определите имя и местоположение первого гена в митохондрионе человека.
```
mitochondria.CDS(1).gene
```
```
ans =

ND1
```
```
mitochondria.CDS(1).location
```
```
ans =

3307..4262
```
Извлеките последовательность для гена ND1 из нуклеотидной последовательности.
```
ND1gene = mitochondria.Sequence(3307:4262);
```
Преобразуйте ген ND1 на геноме митохондрий человека в аминокислотную последовательность с помощью митохондриального генетического кода позвоночных.
```
protein1 = nt2aa(ND1gene,'GeneticCode', 2);
```
Используйте getgenpept функция для извлечения той же аминокислотной последовательности из базы данных GenPept.
```
protein2 = getgenpept('YP_003024026', 'SequenceOnly', true);
```
Используйте isequal функция для сравнения двух аминокислотных последовательностей.
```
isequal (protein1, protein2)

ans =

     1
```

Пример 49. Преобразование гена ND2

Используйте getgenbank функция для извлечения нуклеотидной последовательности для митохондриона человека из базы данных GenBank.
```
mitochondria = getgenbank('NC_012920');
```
Определите имя и местоположение второго гена в митохондрионе человека.
```
mitochondria.CDS(2).gene
```
```
ans =

ND2
```
```
mitochondria.CDS(2).location
```
```
ans =

4470..5511
```
Извлеките последовательность для гена ND2 из нуклеотидной последовательности.
```
ND2gene = mitochondria.Sequence(4470:5511);
```
Преобразуйте ген ND2 на геноме митохондрий человека в аминокислотную последовательность с помощью митохондриального генетического кода позвоночных.
```
protein1 = nt2aa(ND2gene,'GeneticCode', 2);
```
Примечание
В ND2gene нуклеотидная последовательность, первый кодон ATT, который переведен на M, в то время как последующие ATT кодоны переведены в I. Если вы задаете 'AlternativeStartCodons' на false, затем первый ATT кодон переведен в I, соответствующая аминокислота в митохондриальном генетическом коде позвоночных.
Используйте getgenpept функция для извлечения той же аминокислотной последовательности из базы данных GenPept.
```
protein2 = getgenpept('YP_003024027', 'SequenceOnly', true);
```
Используйте isequal функция для сравнения двух аминокислотных последовательностей.
```
isequal (protein1, protein2)

ans =

     1
```

Пример 50. Преобразование последовательности с неоднозначными символами

Если у вас есть последовательность с неоднозначными или неизвестными нуклеотидными символами, можно задать 'ACGTOnly' свойство к false иметь nt2aa функция пытается разрешить их:

nt2aa('agttgccgacgcgcncar','ACGTOnly', false)

ans =

SCRRAQ

См. также

Представлено до R2006a

Документация