aminolookup

Найдите аминокислотные коды, целые числа, сокращения, имена и кодоны

Синтаксис

aminolookup aminolookup(SeqAA) aminolookup('Code', CodeValue) aminolookup('Integer', IntegerValue) aminolookup('Abbreviation', AbbreviationValue) aminolookup('Name', NameValue)

Аргументы

`SeqAA`	Вектор символов или строка, содержащая однобуквенные коды или трехбуквенные сокращения, представляющие аминокислотную последовательность. Действительные коды и сокращения см. в таблице Amino Acid Lookup.
`CodeValue`	Вектор символов или строка, задающая однобуквенный код, представляющий аминокислоту. Действительные однобуквенные коды см. в таблице Amino Acid Lookup.
`IntegerValue`	Одно целое число, представляющее аминокислоту. Для допустимых целых чисел смотрите таблицу Amino Acid Lookup.
`AbbreviationValue`	Вектор символов или строка, задающая трехбуквенное сокращение, представляющую аминокислоту. Для действительных трехбуквенных сокращений смотрите таблицу Amino Acid Lookup.
`NameValue`	Вектор символов или строка, задающая имя аминокислоты. Для действительных имен аминокислот смотрите таблицу Amino Acid Lookup.

Описание

aminolookup отображает таблицу аминокислотных кодов, целых чисел, сокращений, имен и кодонов.

Интерполяция аминокислот

Код	Целое число	Сокращение	Имя аминокислоты	Кодоны
`A`	`1`	`Ala`	Аланин	`GCU GCC GCA GCG`
`R`	`2`	`Arg`	Аргинин	`CGU CGC CGA CGG AGA AGG`
`N`	`3`	`Asn`	Аспарагин	`AAU AAC`
`D`	`4`	`Asp`	Аспарагиновая кислота (аспартат)	`GAU GAC`
`C`	`5`	`Cys`	Цистеин	`UGU UGC`
`Q`	`6`	`Gln`	Глютамин	`CAA CAG`
`E`	`7`	`Glu`	Глутаминовая кислота (глутамат)	`GAA GAG`
`G`	`8`	`Gly`	Глицин	`GGU GGC GGA GGG`
`H`	`9`	`His`	Гистидин	`CAU CAC`
`I`	`10`	`Ile`	Изолейцин	`AUU AUC AUA`
`L`	`11`	`Leu`	Лейцин	`UUA UUG CUU CUC CUA CUG`
`K`	`12`	`Lys`	Лизин	`AAA AAG`
`M`	`13`	`Met`	Метионин	`AUG`
`F`	`14`	`Phe`	Фенилаланин	`UUU UUC`
`P`	`15`	`Pro`	Пролин	`CCU CCC CCA CCG`
`S`	`16`	`Ser`	Серин	`UCU UCC UCA UCG AGU AGC`
`T`	`17`	`Thr`	Треонин	`ACU ACC ACA ACG`
`W`	`18`	`Trp`	Триптофан	`UGG`
`Y`	`19`	`Tyr`	Тирозин	`UAU UAC`
`V`	`20`	`Val`	Валин	`GUU GUC GUA GUG`
`B`	`21`	`Asx`	Аспарагин или аспарагиновая кислота (аспартат)	`AAU AAC GAU GAC`
`Z`	`22`	`Glx`	Глутамин или глутаминовая кислота (глутамат)	`CAA CAG GAA GAG`
`X`	`23`	`Xaa`	Любая аминокислота	Все кодоны
`*`	`24`	`END`	Кодон окончания (остановка трансляции)	`UAA UAG UGA`
`-`	`25`	`GAP`	Погрешность неизвестной длины	`NA`

aminolookup(SeqAA) преобразует между однобуквенными кодами и трехбуквенными сокращениями для аминокислотной последовательности. Если вход является вектором символов или строкой однобуквенных кодов, то выход является вектором символов трехбуквенных сокращений. Если вход является вектором символов или строкой трехбуквенных сокращений, то выход является вектором символов соответствующих однобуквенных кодов.

Если вы вводите один из неоднозначных однобуквенных кодов B, Z, или Xэта функция отображает соответствующее сокращение для неоднозначного символа аминокислоты.

aminolookup('abc')

ans =

AlaAsxCys

aminolookup('Code', CodeValue) отображает соответствующее трехбуквенное сокращение и имя аминокислоты.

aminolookup('Integer', IntegerValue) отображает соответствующий код из одной буквы аминокислоты, трехбуквенное сокращение и имя.

aminolookup('Abbreviation', AbbreviationValue) отображает соответствующий код одной буквы аминокислоты и имя.

aminolookup('Name', NameValue) отображает соответствующий код одной буквы аминокислоты и трехбуквенное сокращение.

Примеры

свернуть все

Преобразуйте аминокислотную последовательность в однобуквенные или трехбуквенные сокращения

Открыть Live Script

Преобразуйте аминокислотную последовательность в однобуквенные коды в соответствующие трехбуквенные сокращения.

aminolookup('MWKQAEDIRDIYDF')

ans = 
'MetTrpLysGlnAlaGluAspIleArgAspIleTyrAspPhe'

Преобразуйте аминокислотную последовательность в трехбуквенные сокращения в соответствующие однобуквенные коды.

aminolookup('MetTrpLysGlnAlaGluAspIleArgAspIleTyrAspPhe')

ans = 
'MWKQAEDIRDIYDF'

Отобразите трехбуквенное сокращение и имя аминокислоты, соответствующей однобуквенному коду R.

aminolookup('Code', 'R')

ans = 
    'Arg	Arginine
     '

Отобразите однобуквенный код, трехбуквенное сокращение и имя аминокислоты, соответствующей целому числу 1.

aminolookup('Integer', 1)

ans = 
    'A	Ala	Alanine
     '

Отобразите однобуквенный код и имя аминокислоты, соответствующему трехбуквенному сокращению asn.

aminolookup('Abbreviation', 'asn')

ans = 
    'N	Asparagine
     '

Отобразите однобуквенный код и трехбуквенное сокращение для аминокислотного пролина.

aminolookup('Name','proline')

ans = 
    'P	Pro
     '

См. также

Представлено до R2006a

Документация