msdotplot

Постройте набор пиковых списков из набора данных LC/MS или GC/MS

Синтаксис

msdotplot(Peaklist, Times) msdotplot(FigHandle, Peaklist, Times) msdotplot(..., 'Quantile', QuantileValue) PlotHandle = msdotplot(...)

Входные параметры

`Peaklist`	Массив ячеек из списков пиков, где каждый элемент является двухколоночной матрицей со значениями m/z в первом столбце и значениями интенсивности ионов во втором столбце. Каждый элемент соответствует спектру или времени удержания. Совет Вы можете использовать `mzxml2peaks` функция для создания `Peaklist` массив ячеек.
`Times`	Вектор времени хранения, сопоставленный с набором данных LC/MS или GC/MS. Количество элементов в `Times` равен количеству элементов в массиве ячеек `Peaklist`. Совет Вы можете использовать `mzxml2peaks` функция для создания `Times` вектор.
`FigHandle`	Указатель на открытое окно рисунка, такое как окно, созданное `msheatmap` функция.
`QuantileValue`	Значение, задающее процент. Когда peaks ранжированы по интенсивности, строятся только те, которые стоят выше этого процента. Варианты являются любым значением `≥ 0` и `≤ 1`. По умолчанию это `0`. Для примера установка `QuantileValue` = `0` строит графики всего peaks и устанавливает `QuantileValue` = `0.8` строит графики только на 20% самого интенсивного peaks.

Выходные аргументы

PlotHandle Указатель на объект ряда строк (рисунок графика).

Описание

msdotplot(Peaklist, Times) строит графики набора списков пиков из набора данных жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии (LC/MS) или газовой хроматографии/масс-спектрометрии (GC/MS), представленного Peaklist, массив ячеек из списков пиков, где каждый элемент является двухколоночной матрицей со значениями m/z в первом столбце и значениями интенсивности ионов во втором столбце, и Timesвектор времени удержания, сопоставленный со спектрами. Peaklist и Times имеют одинаковое количество элементов. Данные строятся на любой существующем рисунке, сгенерированной msheatmap функция; в противном случае данные строятся в новом окне рисунка.

msdotplot(FigHandle, Peaklist, Times) строит графики набора списков пиков в осях, содержащихся в открытом окне рисунка с помощью указателя FigHandle.

Совет

Этот синтаксис полезен, чтобы наложить график точки поверх тепловой карты данных масс-спектрометрии, созданной с msheatmap функция.

msdotplot(..., 'Quantile', QuantileValue) строит графики только самого интенсивного peaks, особенно в процентах выше заданного QuantileValue. Варианты являются любым значением ≥ 0 и ≤ 1. По умолчанию это 0. Для примера установка QuantileValue = 0 строит графики всего peaks и устанавливает QuantileValue = 0.8 строит графики только на 20% самого интенсивного peaks.

PlotHandle = msdotplot(...) возвращает указатель на объект ряда линий (рисунок). Вы можете использовать этот указатель как вход в get функция для отображения списка свойств графика. Вы можете использовать этот указатель как вход в set функция для изменения свойств графика, включая отображение и скрытие точек.

Примеры

Загрузите MAT-файл, включенный в программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™, которое содержит переменные данных LC/MS, включая peaks и ret_time. peaks - массив ячеек из списков пиков, где каждый элемент является двухколоночной матрицей из значений m/z и значений интенсивности ионов, и каждый элемент соответствует спектру или времени удержания. ret_time - вектор-столбец времени хранения, сопоставленный с набором данных LC/MS.
```
load lcmsdata
```
Создать точечный график только с 5% наиболее интенсивнейший peaks.
```
msdotplot(ms_peaks,ret_time,'Quantile',0.95)
```
Повторно отобразите данные, затем создайте тепловую карту данных LC/MS.
```
[MZ,Y] = msppresample(ms_peaks,5000);
msheatmap(MZ,ret_time,log(Y))
```
Наложите точку на график тепловой карты, а затем увеличьте изображение, чтобы увидеть детали.
```
msdotplot(ms_peaks,ret_time)
axis([480 532 375 485])
```

См. также

Темы

Введенный в R2007a

Документация