msppresample

Скопируйте сигнал с peaks при сохранении peaks

Синтаксис

[X, Intensities] = msppresample(Peaklist, N)
msppresample(Peaklist, N, ...'Range', RangeValue, ...)
msppresample(Peaklist, N, ...'FWHH', FWHHValue, ...)
msppresample(Peaklist, N, ...'ShowPlot', ShowPlotValue, ...)

Входные параметры

Peaklist

Одно из следующих:

  • Двухколоночная матрица, где первый столбец содержит значения единиц разделения, а второй - значения интенсивности. Модуль разделения может количественно определить длину волны, частоту, расстояние, время или m/z в зависимости от прибора, который генерирует данные сигнала.

  • Массив ячеек из списков пиков, где каждый элемент является двухколоночной матрицей с значениями единиц разделения и значениями интенсивности, и каждый элемент соответствует сигналу или времени удержания.

Совет

Вы можете использовать mzxml2peaks функцию или mspeaks функция для создания Peaklist матрица или массив ячеек.

NЦелое число, задающее количество одинаково разнесенных точек (значения в единицах разделения) в повторно дискретизированном сигнале.
RangeValueВектор 1 на 2, задающий минимальное и максимальное значения единиц разделения для выходной матрицы Intensities. RangeValue должен находиться в пределах [мин (inputSU) max (inputSU)], где inputSU - конкатенированные значения единиц разделения от входа Peaklist. По умолчанию это полная область значений [min (inputSU) max (inputSU)].
FWHHValueЗначение, которое задает полную ширину на половине высоты (FWHH) в единицах разделения. FWHH используется для преобразования каждого пика в кривую Гауссовой формы. По умолчанию это медиана (diff (inputSU))/2, где inputSU - конкатенированные значения единиц разделения от входа Peaklist. По умолчанию является грубым приближением разрешения, наблюдаемым во входных данных, Peaklist.

Совет

Чтобы гарантировать сохранение разрешения peaks, установите FWHHValue до половины расстояния между двумя интересующими peaks, которые наиболее близки друг к другу.

ShowPlotValueУправляет отображением графика исходного и повторно дискретизированного сигнала. Варианты true, false, или I, целое число, задающее индекс сигнала в Intensities. Если установлено значение true, первый сигнал в Intensities нанесен на график. По умолчанию это:

  • false - Когда заданы возвращаемые значения.

  • true - Когда значения возврата не заданы.

Выходные аргументы

X Вектор одинаково разнесенных, общих значений единиц разделения для набора сигналов с peaks. Количество элементов в векторе равняется N, или количество строк в матрице Intensities.
Intensities Матрица восстановленных значений интенсивности для набора пиков, которые имеют одну и ту же область значений единиц разделения. Каждая строка соответствует значению единицы разделения, и каждый столбец соответствует либо набору сигналов с peaks, либо времени удержания. Количество строк равняется N, или количество элементов в векторных X.

Описание

Совет

Используйте следующие синтаксисы с данными любого метода разделения, который производит сигнальные данные, такие как спектроскопия, ЯМР, электрофорез, хроматография или масс-спектрометрия.

[X, Intensities] = msppresample(Peaklist, N) производит повторную выборку Peaklist, список пиков, путем преобразования центроидальных достигать максимума в полунепрерывный, необработанный сигнал, который сохраняет пиковую информацию. Повторно дискретизированный сигнал имеет N равномерно разнесенные точки. Выходные X является вектором N элементы, задающие равномерно расположенные, общие значения единиц разделения для набора сигналов с peaks. Выходные Intensities является матрицей восстановленных значений интенсивности для набора пиков, которые имеют одну и ту же область значений единиц разделения. Каждая строка соответствует значению единицы разделения, и каждый столбец соответствует либо набору сигналов с peaks, либо времени удержания. Количество строк равняется N.

msppresample использует Гауссово ядро, чтобы восстановить сигнал. Интенсивность при любом заданном значении единицы разделения берётся из максимальной интенсивности любых способствующих (перекрывающихся) peaks.

Совет

msppresample полезно для подготовки набора сигналов для функций визуализации, таких как msheatmap и функции предварительной обработки, такие как msbackadj и msnorm.

msppresample (Peaklist, N, ... 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает msppresample с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

msppresample(Peaklist, N, ...'Range', RangeValue, ...) задает область значений единиц разделения для выходной матрицы Intensities использование минимального и максимального значений разделения, заданных в векторе 1 на 2 RangeValue. RangeValue должен находиться в пределах [мин (inputSU) max (inputSU)], где inputSU - конкатенированные значения единиц разделения от входа Peaklist. По умолчанию это полная область значений [min (inputSU) max (inputSU)]

msppresample(Peaklist, N, ...'FWHH', FWHHValue, ...) устанавливает полную ширину на половине высоты (FWHH) в единицах разделения. FWHH используется для преобразования каждого пика в кривую Гауссовой формы. По умолчанию это медиана (diff (inputSU))/2, где inputSU - конкатенированные значения единиц разделения от входа Peaklist. По умолчанию является грубым приближением разрешения, наблюдаемым во входных данных, Peaklist.

Совет

Чтобы гарантировать сохранение разрешения peaks, установите FWHHValue до половины расстояния между двумя интересующими peaks, которые наиболее близки друг к другу.

msppresample(Peaklist, N, ...'ShowPlot', ShowPlotValue, ...) управляет отображением графика исходного и повторно дискретизированного сигнала. Варианты true, false, или I, целое число, задающее индекс сигнала в Intensities. Если установлено значение true, первый сигнал в Intensities нанесен на график. По умолчанию это:

  • false - Когда заданы возвращаемые значения.

  • true - Когда значения возврата не заданы.

Примеры

  1. Загрузите MAT-файл, включенный в программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™, который содержит переменные данных жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии (LC/MS). Включает в себя peaksмассив ячеек из списков пиков, где каждый элемент является двухколоночной матрицей из значений m/z и значений интенсивности ионов, и каждый элемент соответствует спектру или времени удержания. 

    load lcmsdata

  2. Повторно отобразите данные, задав значения 5000 м/z в повторно дискретизированном сигнале. Затем создайте тепловую карту данных LC/MS.

    [MZ,Y] = msppresample(ms_peaks,5000);
msheatmap(MZ,ret_time,log(Y))

  3. Постройте график восстановленных спектров профиля между двумя временами удержания.

    figure
t1 = 3370;
t2 = 3390;
h = find(ret_time>t1 & ret_time<t2);
[MZ,Y] = msppresample(ms_peaks(h),10000);
plot3(repmat(MZ,1,numel(h)),repmat(ret_time(h)',10000,1),Y)
xlabel('Mass/Charge (M/Z)')
ylabel('Retention Time')
zlabel('Relative Intensity')

  4. Повторно отобразите данные для построения графика Total Ion Chromatogram (TIC).

    figure
[MZ,Y] = msppresample(ms_peaks,5000);
plot(ret_time,sum(Y))
title('Total Ion Chromatogram (TIC)')
xlabel('Retention Time')
ylabel('Relative Intensity')

  5. Повторно отобразите данные для построения графика Извлеченной ионной хроматограммы (XIC) в область значений от 450 до 500 м/z.

    figure
[MZ,Y] = msppresample(ms_peaks,5000,'Range',[450 500]);
plot(ret_time,sum(Y))
title('Extracted Ion Chromatogram (XIC) from 450 to 500 M/Z')
xlabel('Retention Time')
ylabel('Relative Intensity')

См. также

| | | | | | | | | | |

Темы

Введенный в R2007a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте