mspalign

Выравнивание массовых спектров из нескольких списков пиков из набора данных LC/MS или GC/MS

Синтаксис

[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist) [CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'Quantile', QuantileValue, ...) [CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'EstimationMethod', EstimationMethodValue, ...) [CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'CorrectionMethod', CorrectionMethodValue, ...) [CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'ShowEstimation', ShowEstimationValue, ...)

Входные параметры

`Peaklist`	Массив ячеек списков пиков из набора данных жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии (LC/MS) или газовой хроматографии/масс-спектрометрии (GC/MS). Каждый элемент массива ячеек является двухколоночной матрицей со значениями m/z в первом столбце и значениями интенсивности ионов во втором столбце. Каждый элемент соответствует спектру или времени удержания. Примечание Вы можете использовать `mzxml2peaks` функцию или `mspeaks` функция для создания `Peaklist` массив ячеек.
`QuantileValue`	Значение, которое определяет, какой peaks выбираются методом оценки для создания `CMZ`, вектор общих значений m/z. Варианты являются любым значением `≥ 0` и `≤ 1`. По умолчанию это `0.95`.
`EstimationMethodValue`	Вектор символов или строка, задающая метод для оценки `CMZ`, вектор значений общей массы/заряда (m/z). Варианты: `histogram` - Метод по умолчанию. Пиковые местоположения кластеризуются с помощью подхода оценки плотности ядра. Пиковая интенсивность ионов используется в качестве коэффициента взвешивания. Центр всех кластеров соответствует `CMZ` вектор. `regression` - Берёт выборку расстояний между наблюдаемым значимым peaks и регрессирует межпиковое расстояние, чтобы создать `CMZ` вектор с аналогичными межэлементными расстояниями.
`CorrectionMethodValue`	Вектор символов или строка, задающая метод для выравнивания каждого пикового списка по `CMZ` вектор. Варианты: `nearest-neighbor` - Метод по умолчанию. Для каждого общего пика в `CMZ` вектор, его аналог в каждом списке пиков является пиком, который наиболее близок к общему значению m/z пика. `shortest-path` - Для каждого общего пика в `CMZ` вектор, его аналог в каждом списке пиков выбирается с помощью алгоритма кратчайшего пути.
`ShowEstimationValue`	Управляет отображением графика оценки относительно метода оценки и вектора общих значений массы/заряда (m/z). Варианты `true` или `false`. По умолчанию либо: `false` - Когда заданы возвращаемые значения. `true` - Когда значения возврата не заданы.

Выходные аргументы

`CMZ`	Вектор значений общей массы/заряда (m/z), оцененных `mspalign` функция.
`AlignedPeaks`	Массив ячеек из списков пиков с той же формой, что и `Peaklist`, но с исправленными значениями m/z в первом столбце каждой матрицы.

Описание

[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist) выравнивает спектры масс из нескольких списков пиков (центроидальные данные) путем первой оценки CMZвектор значений общей массы/заряда (m/z), оцененный с учетом peaks во всех спектрах в Peaklistмассив ячеек из списков пиков, где каждый элемент соответствует спектру или времени удержания. Затем он выравнивает peaks в каждом спектре по значениям в CMZ, создание AlignedPeaks, массив ячеек из выровненных списков пиков.

[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign (Peaklist... 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает mspalign с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'Quantile', QuantileValue, ...) определяет, какой peaks выбираются методом оценки для создания CMZ, вектор общих значений m/z. Выбор является скаляром между 0 и 1. По умолчанию это 0.95.

[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'EstimationMethod', EstimationMethodValue, ...) задает метод, используемый для оценки CMZ, вектор значений общей массы/заряда (m/z). Варианты:

histogram - Метод по умолчанию. Пиковые местоположения кластеризуются с помощью подхода оценки плотности ядра. Пиковая интенсивность ионов используется в качестве коэффициента взвешивания. Центр всех кластеров соответствует CMZ вектор.
regression - Берёт выборку расстояний между наблюдаемым значимым peaks и регрессирует межпиковое расстояние, чтобы создать CMZ вектор с аналогичными межэлементными расстояниями.

[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'CorrectionMethod', CorrectionMethodValue, ...) задает метод, используемый для выравнивания каждого пикового списка по CMZ вектор. Варианты:

nearest-neighbor - Метод по умолчанию. Для каждого общего пика в CMZ вектор, его аналог в каждом списке пиков является пиком, который наиболее близок к общему значению m/z пика.
shortest-path - Для каждого общего пика в CMZ вектор, его аналог в каждом списке пиков выбирается с помощью алгоритма кратчайшего пути.

[CMZ, AlignedPeaks] = mspalign(Peaklist, ...'ShowEstimation', ShowEstimationValue, ...) управляет отображением графика оценки относительно метода оценки и оценочного вектора общих значений масса/заряд (m/z). Варианты true или false. По умолчанию либо:

false - Когда заданы возвращаемые значения.
true - Когда значения возврата не заданы.

Примеры

Загрузите MAT-файл, включенный в программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™, которое содержит переменные данных жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии (LC/MS), включая peaks и ret_time. peaks - массив ячеек из списков пиков, где каждый элемент является двухколоночной матрицей из значений m/z и значений интенсивности ионов, и каждый элемент соответствует спектру или времени удержания. ret_time - вектор-столбец времени хранения, сопоставленный с набором данных LC/MS.
```
load lcmsdata
```
Повторно отобразите несогласованные данные, отобразите их в тепловой карте, а затем наложите точечный график.
```
[MZ,Y] = msppresample(ms_peaks,5000);
msheatmap(MZ,ret_time,log(Y))
```
```
msdotplot(ms_peaks,ret_time)
```
Нажмите кнопку «Масштабирование», а затем дважды или три раза щелкните точку на графике, чтобы масштабировать и увидеть, как точки, представляющие peaks, накладываются на изображение тепловой карты.
Выровняйте списки пиков из массовых спектров с помощью методов оценки и коррекции по умолчанию.
```
[CMZ, aligned_peaks] = mspalign(ms_peaks);
```
Повторно отобразите несогласованные данные, отобразите их в тепловой карте, а затем наложите точечный график.
```
[MZ2,Y2] = msppresample(aligned_peaks,5000);
msheatmap(MZ2,ret_time,log(Y2))
```
```
msdotplot(aligned_peaks,ret_time)
```
Соедините оси двух тепловых графиков и увеличьте изображение, чтобы наблюдать деталь, чтобы сравнить выровненные и выровненные наборы данных LC/MS.
```
linkaxes(findobj(0,'Tag','MSHeatMap'))
axis([480 532 375 485])
```

Ссылки

[1] Джеффрис, Н. (2005) Алгоритмы выравнивания протеомных данных масс-спектрометрии. Биоинфоматика 21:14, 3066-3073.

[2] Purvine, S., Kolker, N. and Kolker, E. (2004) Спектральная оценка качества для протеомики масс-спектрометрии с высокой пропускной способностью. OMICS: Журнал интегративной биологии 8:3, 255-265.

См. также

Темы

Введенный в R2007a

Документация