palindromes

Найти палиндромы в последовательности

Синтаксис

[Position, Length] = palindromes(SeqNT) [Position, Length, Pal] = palindromes(SeqNT) ... = palindromes(SeqNT, ..., 'Length', LengthValue, ...) ... = palindromes(SeqNT, ..., 'Complement', ComplementValue, ...)

Аргументы

`SeqNT`	Одно из следующих: Вектор символов или строка, задающая нуклеотидную последовательность. Действительные буквенные коды см. в таблице Сопоставление нуклеотидных буквенных кодов с целыми числами. Вектор-строка из целых чисел, задающий нуклеотидную последовательность. Для допустимых целых чисел смотрите таблицу Сопоставление нуклеотидных целых чисел с буквенными кодами. MATLAB^® структура, содержащая `Sequence` поле, которое содержит нуклеотидную последовательность, такую как возвращенная `emblread`, `fastaread`, `fastqread`, `genbankread`, `getembl`, или `getgenbank`.
`LengthValue`	Целое число, задающее минимальную длину для палиндромов. По умолчанию это `6`.
`ComplementValue`	Управляет возвратом комплементарных палиндромов, то есть там, где элементы совпадают с их комплементарными парами `A-T` (или `U`) и `C-G` вместо точного совпадения нуклеотидов. Варианты `true` или `false` (по умолчанию).

Описание

[Position, Length] = palindromes(SeqNT) находит все палиндромы последовательно SeqNT с длиной, большей или равной 6, и возвращает стартовые индексы, Position, и длины палиндромов, Length.

[Position, Length, Pal] = palindromes(SeqNT) также возвращает массив ячеек, Pal, из палиндромов.

... = палиндромы (SeqNT... 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает palindromes с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

... = palindromes(SeqNT, ..., 'Length', LengthValue, ...) находит все палиндромы длиннее или равны LengthValue. По умолчанию это 6.

... = palindromes(SeqNT, ..., 'Complement', ComplementValue, ...) управляет возвратом комплементарных палиндромов, то есть там, где элементы совпадают с их комплементарными парами A-T (или A-U) и C-G вместо точного совпадения нуклеотидов. Варианты для ComplementValue являются true или false (по умолчанию).

Примеры

Найдите палиндромы в простой нуклеотидной последовательности.

[p,l,s] = palindromes('GCTAGTAACGTATATATAAT')

p =
    11
    12
l =
     7
     7
s = 
    'TATATAT'
    'ATATATA'

Найдите комплементарные палиндромы в простой нуклеотидной последовательности.

[pc,lc,sc] = palindromes('TAGCTTGTCACTGAGGCCA',...
                         'Complement',true)
pc =
     8
lc =
     7
sc = 
    'TCACTGA'

Найдите палиндромы в случайной нуклеотидной последовательности.

a = randseq(100)

a =
TAGCTTCATCGTTGACTTCTACTAA
AAGCAAGCTCCTGAGTAGCTGGCCA
AGCGAGCTTGCTTGTGCCCGGCTGC
GGCGGTTGTATCCTGAATACGCCAT

[pos,len,pal]=palindromes(a)

pos =
    74
len =
     6
pal = 
    'GCGGCG'

См. также

regexp | seqcomplement | seqrcomplement | seqreverse | strfind

Представлено до R2006a

Документация