Считайте данные из файла FASTQ
FASTQStruct = fastqread(File)
[Header, Sequence]
= fastqread(File)
[Header, Sequence, Qual]
= fastqread(File)
fastqread(..., 'Blockread', BlockreadValue,
...)
fastqread(..., 'HeaderOnly', HeaderOnlyValue,
...)
fastqread(..., 'TrimHeaders', TrimHeadersValue,
...)
FASTQStruct = fastqread(File)
[ возвращает только заголовок и данные последовательности в двух отдельных переменных.Header, Sequence]
= fastqread(File)
[ возвращает данные в трех отдельных переменных.Header, Sequence, Qual]
= fastqread(File)
fastqread (..., вызывает 'PropertyName', PropertyValue, ...)fastqread с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Заключайте каждую PropertyName в одинарных кавычках. Каждый PropertyName является нечувствительным к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
fastqread(..., 'Blockread', считывает одну запись последовательности или блок записей последовательности из FASTQ-форматированного файла, содержащего несколько последовательностей. BlockreadValue,
...)
fastqread(..., 'HeaderOnly', определяет, возвращать ли только информацию о заголовке. HeaderOnlyValue,
...)
fastqread(..., 'TrimHeaders', определяет, следует ли обрезать заголовок по первому белому пространству. TrimHeadersValue,
...)
|
Одно из следующих:
|
|
Скаляр или вектор, который управляет считыванием записи одной последовательности или блока записей последовательности из FASTQ-форматированного файла, содержащего несколько последовательностей. Введите скалярное |
|
Определяет, возвращать ли только информацию о заголовке. Варианты |
|
Определяет, следует ли обрезать заголовок после первого символа пробела. Символы белого пространства включают пробел (char (32)) и вкладку (char (9)). Варианты |
|
Массив структур, содержащий информацию из FASTQ-форматированного файла. Существует одна структура для каждого чтения последовательности или записи в файле. Каждая структура содержит следующие поля.
| ||||||||
|
Переменная, содержащая информацию о заголовке или, если файл в формате FASTQ содержит несколько последовательностей, массив ячеек, содержащий информацию о заголовке. | ||||||||
|
Переменная, содержащая информацию о последовательности или, если файл в формате FASTQ содержит несколько последовательностей, массив ячеек, содержащий информацию о последовательности. | ||||||||
|
Переменная, содержащая информацию о качестве, или, если файл в формате FASTQ содержит несколько последовательностей, массив ячеек, содержащий информацию о качестве. |
Считайте файл FASTQ в массив структур:
% Read the contents of a FASTQ-formatted file into
% an array of structures
reads = fastqread('SRR005164_1_50.fastq')
reads =
1x50 struct array with fields:
Header
Sequence
QualityСчитайте файл FASTQ в три отдельные переменные:
% Read the contents of a FASTQ-formatted file into
% three separate variables
[headers,seqs,quals] = fastqread('SRR005164_1_50.fastq');Считайте блок записей из файла FASTQ:
% Read the contents of reads 5 through 10 into
% an array of structures
reads_5_10 = fastqread('SRR005164_1_50.fastq', 'blockread', [5 10])
1x6 struct array with fields:
Header
Sequence
QualityBioIndexedFile | BioRead | fastainfo | fastaread | fastawrite | fastqinfo | fastqread | fastqwrite | saminfo | samread | sffinfo | sffread