pdbdistplot

Визуализируйте межмолекулярные расстояния в файле Protein Data Bank (PDB)

Синтаксис

pdbdistplot(PDBid) pdbdistplot(PDBid, Distance) pdbdistplot(___,'Chain',ChainID) pdbdistplot(___,'Model',ModelNum) pdbdistplot(___,'Hetero',TF)

Аргументы

`PDBid`	Любое из следующих: Вектор символов или строка, задающая уникальный идентификатор для записи структуры белка. Имя переменной для MATLAB^® структура, содержащая информацию PDB для молекулярной структуры, такую как возвращенная `getpdb` или `pdbread`. Имя файла, содержащего информацию PDB для молекулярной структуры, например, созданный `getpdb` с `'ToFile'` свойство. Примечание Каждая структура в базе данных PDB представлена четырехсимвольным алфавитно-цифровым идентификатором. Для примера, `4hhb` - идентификационный код гемоглобина.
`Distance`	Пороговое расстояние в ангстремах показано на шпионском графике. По умолчанию это `7`.
`ChainID`	Любое из следующих: Вектор символов или строка, задающая идентификатор цепи. Массивы ячеек из символьных векторов или строка вектор, задающий список цепи идентификаторов, которые нужно учитывать. `ChainID` учитывает регистр. По умолчанию рассматриваются все цепи, включенные в модель.
`ModelNum`	Положительное целое число, определяющее, какую модель учитывать. Значение по умолчанию является 1.

Описание

pdbdistplot отображает расстояния между атомами и между остатками в структуре PDB.

pdbdistplot(PDBid) извлекает структуру, заданную в PDBid из базы данных PDB и создает тепловую карту, показывающую расстояния между остатками и шпионский график, показывающий остатки, где минимальные расстояния друг от друга меньше 7 ангстремы. Если в PDBid присутствуют несколько цепей, создаются отдельные графики.

pdbdistplot(PDBid, Distance) задает пороговое расстояние, показанное на шпионском графике. По умолчанию это 7.

pdbdistplot(___,'Chain',ChainID) задает учитываемые цепи. По умолчанию рассматриваются все цепи, включенные в модель.

pdbdistplot(___,'Model',ModelNum) определяет, какую структурную модель PDB следует учитывать. Значение по умолчанию является 1.

pdbdistplot(___,'Hetero',TF) определяет, включать ли гетероатомы в график взаимодействий остатков. TF является логическим, true или false. По умолчанию это false.