prune (phytree)
Удалите узлы ветви из филогенетического дерева
Синтаксис
T2 = prune(T1, Nodes)
T2 = prune(T1, Nodes,
'Mode','Exclusive')
Аргументы
T1 | Филогенетический объект, созданный с помощью phytree функция конструктора. |
Nodes | Узлы для удаления из дерева. |
Mode | Свойство для управления методом обрезки. Введите любой из |
Описание
T2 = prune(T1, Nodes)Nodes из дерева T1. prune удаляет все узлы ветви или листа, перечисленные в Nodes и все их потомки с дерева T1, и возвращает измененное дерево T2. Родительские узлы при необходимости соединяются с узлами 'brothers'. Nodes в дереве помечены как [1:numLeaves] для листьев и как [numLeaves+1:numLeaves+numBranches] для ветвей. Nodes может также быть логическим массивом размера [numLeaves+numBranches x 1] указывает удаляемые узлы.
T2 = prune(T1, Nodes,
'Mode','Exclusive')Mode свойство для обрезки до 'Exclusive' и удаляет только потомки узлов, перечисленных в векторе Nodes. Узлы, которые не имеют предшественника, становятся листьями в списке Nodes. В этом случае обрезка является процессом сокращения дерева путём превращения некоторых узлов ветви в узлы листа, и удаления узлов листа под исходной ветвью.
Примеры
Загрузите филогенетическое дерево, созданное из белкового семейства
tr = phytreeread('pf00002.tree');
view(tr) 
Удалите все белки 'mouse'
ind = getbyname(tr,'mouse'); tr = prune(tr,ind); view(tr)
Удалите потенциальные выбросы в дереве
[sel,sel_leaves] = select(tr,'criteria','distance',...
'threshold',.3,...
'reference','leaves',...
'exclude','leaves',...
'propagate','toleaves');
tr = prune(tr,~sel_leaves)
view(tr)
