seqdotplot
Создайте точечный график из двух последовательностей
Синтаксис
seqdotplot(Seq1, Seq2)
seqdotplot(Seq1,Seq2, Window, Number)
Matches = seqdotplot(...)
[Matches, Matrix] = seqdotplot(...)
Аргументы
Seq1, Seq2 | Нуклеотидные или аминокислотные последовательности. Введите вектор символов или строку для каждой последовательности. Не вводите вектор из целых чисел. Вы также можете ввести структуру с полем Sequence. |
Window | Введите целое число для размера окна. |
Number | Введите целое число символов в соответствующем окне. |
Описание
seqdotplot( строит график рисунка, который визуализирует соответствие между двумя последовательностями.Seq1, Seq2)
seqdotplot( последовательности графиков совпадают, когда есть, по крайней мере Seq1,Seq2, Window, Number)NumberWindow
При построении графиков нуклеотидных последовательностей начинайте с Window от 11 и Number от 7.
Matches = seqdotplot(...)
[ возвращает график точки как разреженную матрицу.Matches, Matrix] = seqdotplot(...)
Примеры
Этот пример показывает сходство между нуклеотидными последовательностями прионного белка (PrP) двух жвачных животных, муфлона и золотого такина.
moufflon = getgenbank('AB060288','Sequence',true);
takin = getgenbank('AB060290','Sequence',true);
seqdotplot(moufflon,takin,11,7)
Примечание
Для правильной интерпретации точечного графика разрешение отображения вашего монитора должно быть в состоянии содержать длины последовательности. Если разрешение не является адекватным, seqdotplot изменяет размер изображения и возвращает предупреждение.
Matches = seqdotplot(moufflon,takin,11,7)
Matches =
5552
[Matches, Matrix] = seqdotplot(moufflon,takin,11,7)