Локально выровнять две последовательности с помощью алгоритма Смита-Уотермана
Score = swalign(Seq1, Seq2)
[Score, Alignment] = swalign(Seq1, Seq2)
[Score, Alignment, Start]
= swalign(Seq1, Seq2)
... = swalign(Seq1,Seq2,
...'Alphabet', AlphabetValue)
... = swalign(Seq1,Seq2,
...'ScoringMatrix', ScoringMatrixValue,
...)
... = swalign(Seq1,Seq2,
...'Scale', ScaleValue, ...)
... = swalign(Seq1,Seq2,
...'GapOpen', GapOpenValue, ...)
... = swalign(Seq1,Seq2,
...'ExtendGap', ExtendGapValue, ...)
... = swalign(Seq1,Seq2,
...'Showscore', ShowscoreValue, ...)
Seq1, Seq2 | Аминокислотные или нуклеотидные последовательности. Введите любое из следующих значений: Совет Для помощи с буквенными и целочисленными представлениями аминокислот и нуклеотидов, смотрите Amino Acid Lookup или Nucleotide Lookup. |
AlphabetValue | Вектор символов или строка, задающая тип последовательности. Варианты 'AA' (по умолчанию) или 'NT'. |
ScoringMatrixValue | Одно из следующих:
Примечание Если вам нужно скомпилироваться |
ScaleValue | Положительное значение, которое задает коэффициент шкалы, который применяется к выходу счета. Например, если выходной счет первоначально определен в битах, и вы вводите По умолчанию это Примечание Если на Совет Перед сравнением счетов выравнивания из нескольких трасс убедитесь, что счета указаны в тех же модулях. Можно использовать |
GapOpenValue | Положительное значение, определяющее штраф за открытие зазора в выравнивании. По умолчанию это |
ExtendGapValue | Положительное значение, определяющее штраф за расширение разрыва с помощью схемы штрафа за аффинную разрыв. Примечание Если вы задаете это значение, |
ShowscoreValue | Управление отображением пространства подсчета очков и выигрышного пути выравнивания. Варианты true или false (по умолчанию). |
Score | Оптимальный локальный счет выравнивания в битах. |
Alignment | 3-by-N символьный массив, показывающий две последовательности, Seq1 и Seq2, в первой и третьей строках и символы, представляющие оптимальное локальное выравнивание между ними во второй строке. |
Start | Вектор 2 на 1 индексов, указывающих начальную точку в каждой последовательности для выравнивания. |
Score = swalign(Seq1, Seq2)
[ возвращает 3-by-N символьный массив, показывающий две последовательности, Score, Alignment] = swalign(Seq1, Seq2)Seq1 и Seq2, в первой и третьей строках и символы, представляющие оптимальное локальное выравнивание между ними во второй строке. Символ | указывает аминокислоты или нуклеотиды, которые точно совпадают. Символ : указывает аминокислоты или нуклеотиды, которые связаны, как определено матрицей оценки (несовпадения с нулевым или положительным значением матрицы оценки).
[ возвращает вектор 2 на 1 индексов, указывающих начальную точку в каждой последовательности для выравнивания.Score, Alignment, Start]
= swalign(Seq1, Seq2)
... = swalign вызывает (Seq1, Seq2... 'PropertyName', PropertyValue, ...)swalign с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
... = swalign( задает тип последовательностей. Варианты Seq1,Seq2,
...'Alphabet', AlphabetValue)'AA' (по умолчанию) или 'NT'.
... = swalign( задает матрицу скоринга, которая будет использоваться для локального выравнивания. По умолчанию это:Seq1,Seq2,
...'ScoringMatrix', ScoringMatrixValue,
...)
'BLOSUM50' - Когда AlphabetValue равен 'AA'
'NUC44' - Когда AlphabetValue равен 'NT'
... = swalign( задает масштабный коэффициент, который применяется к выходному баллу, таким образом управляя единицами измерения выходного балла. Выбор является любым положительным значением.Seq1,Seq2,
...'Scale', ScaleValue, ...)
... = swalign( определяет штраф за открытие зазора в выравнивании. Выбор является любым положительным значением. По умолчанию это Seq1,Seq2,
...'GapOpen', GapOpenValue, ...)8.
... = swalign( определяет штраф за расширение промежутка с помощью схемы аффинного штрафа за разрыв. Выбор является любым положительным значением. Seq1,Seq2,
...'ExtendGap', ExtendGapValue, ...)
... = swalign( управляет отображением оценочного пространства и выигрышного пути выравнивания. Варианты Seq1,Seq2,
...'Showscore', ShowscoreValue, ...)true или false (по умолчанию).
Пространство оценки является тепловой картой, отображающей лучшие счета для всех частичных выравниваний двух последовательностей. Цвет каждого (n1,n2) координата в пространстве подсчета представляет собой лучший счет для сопряжения подпоследовательностей Seq1(s1:n1) и Seq2(s2:n2), где n1 - положение в Seq1, n2 - положение в Seq2, s1 - любая позиция в Seq1 между 1:n1, и s2 - любая позиция в Seq2 между 1:n2. Лучший счет для сопряжения определенных подпоследовательностей определяется путем оценки всех возможных выравниваний подпоследовательностей путем суммирования совпадений и штрафов за разрыв.
Выигрышный путь представлен черными точками в скоринговом пространстве, и он иллюстрирует сопряжение позиций в оптимальном локальном выравнивании. Цвет последней точки (нижняя правая) выигрышного пути представляет оптимальный счет локального выравнивания для этих двух последовательностей и является Score выход возвращен swalign.
Примечание
Пространство оценки визуально показывает тандемные повторы, маленькие сегменты, которые потенциально выравниваются, и частичные выравнивания областей из переставленных последовательностей.
Локально выровнять две аминокислотные последовательности с помощью BLOSUM50 (по умолчанию) матрица оценки и значения по умолчанию для GapOpen и ExtendGap свойства. Верните оптимальный счет локального выравнивания в битах и символьном массиве выравнивания.
[Score, Alignment] = swalign('VSPAGMASGYD','IPGKASYD') Score = 8.6667 Alignment = PAGMASGYD | | || || P-GKAS-YD
Локально выровнять две аминокислотные последовательности, определяющие PAM250 матрица скоринга и разрыв открытый штраф 5.
[Score, Alignment] = swalign('HEAGAWGHEE','PAWHEAE',... 'ScoringMatrix', 'pam250',... 'GapOpen',5) Score = 8 Alignment = GAWGHE :|| || PAW-HE
Локально выровнять две аминокислотные последовательности, возвращающие Score в единицах nat (nats) путем определения масштабного коэффициента log(2).
[Score, Alignment] = swalign('HEAGAWGHEE','PAWHEAE','Scale',log(2)) Score = 6.4694 Alignment = AWGHE || || AW-HE
[1] Durbin, R., Eddy, S., Krogh, A. and Mitchison, G. (1998). Анализ биологической последовательности (Cambridge University Press).
[2] Smith, T. and Waterman, M. (1981). Идентификация общих молекулярных подпоследовательностей. Журнал молекулярной биологии 147, 195-197.
aa2int | aminolookup | baselookup | blosum | dayhoff | gonnet | int2aa | int2nt | localalign | multialign | nt2aa | nt2int | nuc44 | nwalign | pam | pdbsuperpose | seqdotplot