weights (phytree)
Вычислите веса для филогенетического дерева
Синтаксис
W = weights(Tree)
Описание
W = weights(Tree)Tree) с использованием метода Томпсона-Хиггинса-Гибсона. Расстояние каждого сегмента дерева регулируется путем деления его на количество содержащихся в нем листьев. Веса последовательности являются результатом нормализации к единству новых патристических расстояний между каждым листом и корнем.
Примеры
Создайте ультраметрическое дерево с заданными расстояниями ветви.
bd = [1 2 3]'; tr_1 = phytree([1 2;3 4;5 6],bd)
Просмотрите дерево.
view(tr_1)
Отобразите рассчитанные веса.
weights(tr_1) ans = 1.0000 1.0000 0.8000 0.8000
Ссылки
[1] Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ (1994), «CLUSTAL W: Улучшение чувствительности прогрессивного выравнивания нескольких последовательностей посредством взвешивания последовательностей, штрафов за разрыв и выбора матрицы веса», Nucleic Acids Research, 22 (22): 4673-4680.
[2] Henikoff S, Henikoff JG (1994), «Основанные на положении веса последовательности», Journal Molecular Biology, 243 (4): 574-578.