Exponenta Banner

weights (phytree)

Вычислите веса для филогенетического дерева

Синтаксис

W = weights(Tree)

Аргументы

Tree

Филогенетическое дерево (phytree объект), созданный с помощью функции phytree.

Описание

W = weights(Tree) вычисляет пропорциональные веса ветвей для каждого листа в дереве (Tree) с использованием метода Томпсона-Хиггинса-Гибсона. Расстояние каждого сегмента дерева регулируется путем деления его на количество содержащихся в нем листьев. Веса последовательности являются результатом нормализации к единству новых патристических расстояний между каждым листом и корнем.

Примеры

  1. Создайте ультраметрическое дерево с заданными расстояниями ветви.

    bd = [1 2 3]';
tr_1 = phytree([1 2;3 4;5 6],bd)

  2. Просмотрите дерево.

    view(tr_1)

  3. Отобразите рассчитанные веса.

    weights(tr_1)

ans =

    1.0000
    1.0000
    0.8000
    0.8000

Ссылки

[1] Thompson JD, Higgins DG, Gibson TJ (1994), «CLUSTAL W: Улучшение чувствительности прогрессивного выравнивания нескольких последовательностей посредством взвешивания последовательностей, штрафов за разрыв и выбора матрицы веса», Nucleic Acids Research, 22 (22): 4673-4680.

[2] Henikoff S, Henikoff JG (1994), «Основанные на положении веса последовательности», Journal Molecular Biology, 243 (4): 574-578.

См. также

| | |

Темы

Представлено до R2006a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка