seqlinkage

Построение филогенетического дерева на парных расстояниях

Свернуть все на странице

Синтаксис

PhyloTree = seqlinkage(Distances)
PhyloTree = seqlinkage(Distances, Method)
PhyloTree = seqlinkage(Distances, Method, Names)

Аргументы

Distances

Матрица или вектор парных расстояний, таких как возвращенные seqpdist функция.

Method

Вектор символов или строка, которая задает метод расстояния. Варианты:

  • 'single'

  • 'complete'

  • 'average' (по умолчанию)

  • 'weighted'

  • 'centroid'

  • 'median'

Names

Задает альтернативные метки для листовых узлов. Варианты:

  • Вектор структур, каждый с Header или Name область

  • Массив ячеек из символьных векторов или строкового вектора

Элементы должны быть уникальными. Количество элементов должно соответствовать количеству выборок, используемых для генерации парных расстояний в Dist.

Описание

PhyloTree = seqlinkage(Distances) возвращает объект филогенетического дерева с парных расстояний, Distances, между видами или продуктами. Distances является матрицей или вектором парных расстояний, таких как возвращенные seqpdist функция.

PhyloTree = seqlinkage(Distances, Method) создает объект филогенетического дерева с помощью заданного патристического метода расстояния. Доступными методами являются:

'single'

Ближайшее расстояние (метод с одним редактированием)

'complete'

Самое дальнее расстояние (метод полного редактирования)

'average' (по умолчанию)

Невзвешенное Среднее метода группы пар (UPGMA, среднее значение группы).

'weighted'

Среднее значение метода группы взвешенных пар (WPGMA)

'centroid'

Невзвешенный метод группы пар (UPGMC)

'median'

Центроид метода группы взвешенных пар (WPGMC)

PhyloTree = seqlinkage(Distances, Method, Names) передает список уникальных имен для маркировки узлов листа (для примера, видов или продуктов) в объекте филогенетического дерева.

Примеры

свернуть все

Открыть Live Script

Создайте массив структур, представляющих множественное выравнивание аминокислот: 

seqs = fastaread('pf00002.fa');

Измерьте парные расстояния Юкса-Кантора между последовательностями: 

distances = seqpdist(seqs,'method','jukes-cantor','indels','pair');

Создайте филогенетическое дерево для выравнивания нескольких последовательностей с вычисленными парными расстояниями. Укажите метод для вычисления расстояний новых узлов до всех других узлов. Укажите имена листьев:

phylotree = seqlinkage(distances,'single',seqs)
    Phylogenetic tree object with 32 leaves (31 branches)

Просмотрите филогенетическое дерево: 

view(phylotree)

Figure Phylogenetic Tree 1 contains an axes. The axes contains 70 objects of type line.

Вопросы совместимости

расширить все

Поведение изменено в R2017b

См. также

| | | | | |

Представлено до R2006a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте