Построение филогенетического дерева на парных расстояниях
PhyloTree = seqlinkage(Distances)
PhyloTree = seqlinkage(Distances, Method)
PhyloTree = seqlinkage(Distances, Method, Names)
Distances | Матрица или вектор парных расстояний, таких как возвращенные |
Method | Вектор символов или строка, которая задает метод расстояния. Варианты:
|
Names | Задает альтернативные метки для листовых узлов. Варианты:
Элементы должны быть уникальными. Количество элементов должно соответствовать количеству выборок, используемых для генерации парных расстояний в |
PhyloTree = seqlinkage(Distances)Distances, между видами или продуктами. Distances является матрицей или вектором парных расстояний, таких как возвращенные seqpdist функция.
PhyloTree = seqlinkage(Distances, Method)
'single' | Ближайшее расстояние (метод с одним редактированием) |
'complete' | Самое дальнее расстояние (метод полного редактирования) |
'average' (по умолчанию) | Невзвешенное Среднее метода группы пар (UPGMA, среднее значение группы). |
'weighted' | Среднее значение метода группы взвешенных пар (WPGMA) |
'centroid' | Невзвешенный метод группы пар (UPGMC) |
'median' | Центроид метода группы взвешенных пар (WPGMC) |
PhyloTree = seqlinkage(Distances, Method, Names)
Создайте массив структур, представляющих множественное выравнивание аминокислот:
seqs = fastaread('pf00002.fa');Измерьте парные расстояния Юкса-Кантора между последовательностями:
distances = seqpdist(seqs,'method','jukes-cantor','indels','pair');
Создайте филогенетическое дерево для выравнивания нескольких последовательностей с вычисленными парными расстояниями. Укажите метод для вычисления расстояний новых узлов до всех других узлов. Укажите имена листьев:
phylotree = seqlinkage(distances,'single',seqs)Phylogenetic tree object with 32 leaves (31 branches)
Просмотрите филогенетическое дерево:
view(phylotree)
cluster | phytree | phytreewrite | plot | seqneighjoin | seqpdist | view