Можно хранить метаданные выборок или признаков из эксперимента по экспрессии генов микромассивов в объекте MetaData. Метаданные состоят из имен переменных, например, связанных с выборками или функциями микромассивов, наряду с описаниями и значениями для переменных.
Объект MetaData хранит метаданные в двух массивах набора данных:
Массив набора данных значения - массив набора данных, содержащий измеренное значение каждой переменной на выборку или функцию. В этом массиве набора данных столбцы соответствуют переменным, а строки соответствуют либо выборкам, либо функциям. Количество и имена столбцов в этом массиве набора данных должны совпадать с номерами и именами строк в массиве набора данных Descriptions. Если этот массив набора данных содержит выборочные метаданные, количество и имена строк (образцов) должны совпадать с количеством и именами столбцов в объектах DataMatrix в том же объекте ExpressionSet. Если этот массив набора данных содержит метаданные функций, количество и имена строк ( функций) должны совпадать с количеством и именами строк в объектах DataMatrix в том же объекте ExpressionSet.
Описание массива набора данных - массив набора данных, содержащий список имен переменных и их описаний. В этом массиве набора данных каждая строка соответствует переменной. Имена строк - это имена переменных и столбец с именем VariableDescription, содержит описание переменной. Количество и имена строк в массиве набора данных Descriptions должны совпадать с номерами и именами столбцов в Значения массиве набора данных.
Следующее иллюстрирует массив набора данных, содержащий измеренное значение каждой переменной на выборку или функцию:
Gender Age Type Strain Source
A 'Male' 8 'Wild type' '129S6/SvEvTac' 'amygdala'
B 'Male' 8 'Wild type' '129S6/SvEvTac' 'amygdala'
C 'Male' 8 'Wild type' '129S6/SvEvTac' 'amygdala'
D 'Male' 8 'Wild type' 'A/J ' 'amygdala'
E 'Male' 8 'Wild type' 'A/J ' 'amygdala'
F 'Male' 8 'Wild type' 'C57BL/6J ' 'amygdala' Следующий рисунок иллюстрирует массив набора данных, содержащий список имен переменных и их описаний:
VariableDescription id 'Sample identifier' Gender 'Gender of the mouse in study' Age 'The number of weeks since mouse birth' Type 'Genetic characters' Strain 'The mouse strain' Source 'The tissue source for RNA collection'
Объект MetaData позволяет хранить, управлять и подставлять метаданные из микромассива эксперимента. Объект MetaData включает свойства и методы, которые позволяют вам получить доступ, извлечь и изменить метаданные из микромассива эксперимента. Эти свойства и методы полезны для просмотра и анализа метаданных. Список свойств и методов см. в классе MetaData
Импортируйте bioma.data упаковать так, чтобы MetaData функция конструктора доступна.
import bioma.data.*
Загрузите некоторые выборочные данные, которые включают данные радужки Фишера о 5 измерениях на выборке из 150 ирисов.
load fisheriris
Создайте массив набора данных из некоторых данных радужной оболочки глаза Фишера. Массив набора данных будет содержать 750 измеренных значений, по одному для каждого из 150 выборок (повторения радужной оболочки глаза) при пяти переменных (виды, SL, SW, PL, PW). В этом массиве набора данных строки соответствуют выборкам, а столбцы - переменным.
irisValues = dataset({nominal(species),'species'}, ...
{meas, 'SL', 'SW', 'PL', 'PW'});Создайте другой массив набора данных, содержащий список имен переменных и их описаний. Этот массив набора данных будет содержать пять строк, каждая из которых соответствует пяти переменным: species, SL, SW, PL и PW. Первый столбец будет содержать имя переменной. Второй столбец будет иметь заголовок столбца VariableDescription и содержать описание переменной.
% Create 5-by-1 cell array of description text for the variables
varDesc = {'Iris species', 'Sepal Length', 'Sepal Width', ...
'Petal Length', 'Petal Width'}';
% Create the dataset array from the variable descriptions
irisVarDesc = dataset(varDesc, ...
'ObsNames', {'species','SL','SW','PL','PW'}, ...
'VarNames', {'VariableDescription'})
irisVarDesc =
VariableDescription
species 'Iris species'
SL 'Sepal Length'
SW 'Sepal Width'
PL 'Petal Length'
PW 'Petal Width' Создайте объект MetaData из двух массивов набора данных.
MDObj1 = MetaData(irisValues, irisVarDesc);
Импортируйте bioma.dataупаковать так, чтобы MetaData функция конструктора доступна.
import bioma.data.*
Просмотрите mouseSampleData.txt файл, включенный в программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™.
Обратите внимание, что этот текстовый файл содержит две таблицы. Одна таблица содержит 130 измеренных значений, по одному для каждого из 26 выборок (A-Z) с пятью переменными (Пол, Возраст, Тип, Штамм и Источник). В этой таблице строки соответствуют выборкам, а столбцы - переменным. Вторая таблица имеет линии, предварительно заданные # символ. Он содержит пять строк, каждая из которых соответствует пяти переменным: Пол, Возраст, Тип, Штамм и Источник. Первый столбец содержит имя переменной. Второй столбец имеет заголовок столбца VariableDescription и содержит описание переменной.
# id: Sample identifier # Gender: Gender of the mouse in study # Age: The number of weeks since mouse birth # Type: Genetic characters # Strain: The mouse strain # Source: The tissue source for RNA collection ID Gender Age Type Strain Source A Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac amygdala B Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac amygdala C Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac amygdala D Male 8 Wild type A/J amygdala E Male 8 Wild type A/J amygdala F Male 8 Wild type C57BL/6J amygdala G Male 8 Wild type C57BL/6J amygdala H Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac cingulate cortex I Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac cingulate cortex J Male 8 Wild type A/J cingulate cortex K Male 8 Wild type A/J cingulate cortex L Male 8 Wild type A/J cingulate cortex M Male 8 Wild type C57BL/6J cingulate cortex N Male 8 Wild type C57BL/6J cingulate cortex O Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac hippocampus P Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac hippocampus Q Male 8 Wild type A/J hippocampus R Male 8 Wild type A/J hippocampus S Male 8 Wild type C57BL/6J hippocampus T Male 8 Wild type C57BL/6J4 hippocampus U Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac hypothalamus V Male 8 Wild type 129S6/SvEvTac hypothalamus W Male 8 Wild type A/J hypothalamus X Male 8 Wild type A/J hypothalamus Y Male 8 Wild type C57BL/6J hypothalamus Z Male 8 Wild type C57BL/6J hypothalamus
Создайте объект MetaData из метаданных в mouseSampleData.txt файл.
MDObj2 = MetaData('File', 'mouseSampleData.txt', 'VarDescChar', '#')
Sample Names:
A, B, ...,Z (26 total)
Variable Names and Meta Information:
VariableDescription
Gender ' Gender of the mouse in study'
Age ' The number of weeks since mouse birth'
Type ' Genetic characters'
Strain ' The mouse strain'
Source ' The tissue source for RNA collection' Полную информацию о построении объектов MetaData см. в классе MetaData.
Для доступа к свойствам объекта MetaData используйте следующий синтаксис:
objectname.propertyname
Для примера, чтобы определить количество переменных в объекте MetaData:
MDObj2.NVariables
ans =
5Чтобы задать свойства объекта MetaData, используйте следующий синтаксис:
objectname.propertyname = propertyvalue
Для примера установите Description свойство объекта MetaData:
MDObj1.Description = 'This is my MetaData object for my sample metadata'
Примечание
Имена свойства учитываются в регистре. Список и описание всех свойств объекта MetaData см. в классе MetaData.
Чтобы использовать методы объекта MetaData, используйте любой из следующих синтаксисов:
objectname.methodname
или
methodname(objectname)
Для примера, чтобы получить доступ к массиву набора данных в объекте MetaData, который содержит значения переменных:
MDObj2.variableValues;
Чтобы получить доступ к массиву набора данных объекта MetaData, который содержит описания переменных:
variableDesc(MDObj2)
ans =
VariableDescription
Gender ' Gender of the mouse in study'
Age ' The number of weeks since mouse birth'
Type ' Genetic characters'
Strain ' The mouse strain'
Source ' The tissue source for RNA collection' Примечание
Полный список методов объекта MetaData см. в классе MetaData.