Экспрессионный анализ
Функции
mattest | Выполните t-тест с двумя образцами, чтобы оценить дифференциальную экспрессию генов из двух экспериментальных условий или фенотипов |
mafdr | Оцените положительную частоту ложных открытий для многократной проверки гипотез |
mavolcanoplot | Создайте соотношение значимости и экспрессии генов (изменение складки) графика поля точек данных о микромассиве |
mairplot | Создайте график поля точек интенсивности от отношения микромассива данных |
maboxplot | Создайте прямоугольный график для данных микромассивов |
maloglog | Создайте логарифмический график данных микромассивов |
mapcaplot | Создайте график анализа основных компонентов (PCA) данных микромассивов |
nbintest | Непарный тест гипотезы для данных подсчета с небольшими размерами выборки |
redbluecmap | Создайте красное и синее палитры |
redgreencmap | Создайте красную и зеленую палитры |
probesetplot | Постройте график набора значений интенсивности зонда Affymetrix |
metafeatures | Алгоритм метагена аттрактора для разработки функций с использованием взаимного информационного обучения |
rankfeatures | Оцените ключевые возможности по критериям разделимости классов |
randfeatures | Сгенерируйте рандомизированное подмножество функций |
knnimpute | Вписать отсутствующие данные с помощью метода ближайшего соседа |
crossvalind | Сгенерируйте индексы для обучающих и тестовых наборов |
classperf | Оцените эффективность классификатора |
Классы
DataMatrix | Создайте объект DataMatrix |
DataMatrix object | Структура данных, инкапсулирующая данные и метаданные из эксперимента с микромассивами, чтобы ее можно было индексировать по идентификаторам генов или зондов и по идентификаторам выборок |
bioma.ExpressionSet | Содержат данные эксперимента по экспрессии генов микромассивов |
bioma.data.ExptData | Содержащие значения данных из эксперимента с микромассивами |
bioma.data.MetaData | Содержат метаданные из эксперимента с микромассивами |
bioma.data.MIAME | Содержащая информацию об эксперименте из эксперимента по экспрессии генов микромассивов |
NegativeBinomialTest | Результат непарного теста гипотезы |
HeatMap | Объект, содержащий свойства отображения матрицы и тепловой карты |
clustergram | Объект, содержащий данные анализа иерархической кластеризации |
Темы
Управление данными экспрессии генов в объектах
Обзор объектов для данных экспрессии генов микромассивов
Представление значений данных выражения в объектах DataMatrix
Создайте объекты DataMatrix, получите и установите свойства и получите доступ к данным.
Представление значений данных выражения в объектах ExptData
Создайте объекты ExptData, используйте свойства и методы и получайте доступ к данным.
Представление метаданных выборок и функций в объектах MetaData
Создайте объекты MetaData, используйте свойства и методы и получайте доступ к данным.
Представление информации об эксперименте в объекте MIAME
Создайте объекты MIAME, используйте свойства и методы и получайте доступ к данным.
Представление всех данных в объекте ExpressionSet
Создайте объекты ExpressionSet, используйте свойства и методы и получайте доступ к данным.
Инструменты анализа данных микромассивов
MATLAB® окружение широко используется для анализа данных микромассивов, включая чтение, фильтрацию, нормализацию и визуализацию данных микромассивов.
Статистическое обучение и визуализация
Можно классифицировать и идентифицировать функции в наборах данных, настроить эксперименты перекрестной валидации и сравнить различные методы классификации.
