Пакет: bioma.data
Суперклассы:
Содержат метаданные из эксперимента с микромассивами
Класс MetaData разработан, чтобы содержать метаданные (значения переменных и описания) из микромассива эксперимента. Он предоставляет удобный способ хранения связанных метаданных в одной структуре данных (объекте). Это также позволяет управлять и подставлять данные.
Метаданные являются набором имен переменных для примеров, связанных с выборками или микромассивом функциями, наряду с описаниями и значениями для переменных. Объект MetaData хранит метаданные в двух массивах набора данных.
Массив набора данных значения - массив набора данных, содержащий измеренное значение каждой переменной на выборку или функцию. В этом массиве набора данных столбцы соответствуют переменным, а строки соответствуют либо выборкам, либо функциям. Количество и имена столбцов в этом массиве набора данных должны совпадать с номерами и именами строк в массиве набора данных Descriptions. Если этот массив набора данных содержит выборочные метаданные, количество и имена строк (образцов) должны совпадать с количеством и именами столбцов в объектах DataMatrix в том же объекте ExpressionSet. Если этот массив набора данных содержит метаданные функций, количество и имена строк ( функций) должны совпадать с количеством и именами строк в объектах DataMatrix в том же объекте ExpressionSet.
Описание массива набора данных - массив набора данных, содержащий список имен переменных и их описаний. В этом массиве набора данных каждая строка соответствует переменной. Имена строк - это имена переменных и столбец с именем VariableDescription, содержит описание переменной. Количество и имена строк в массиве набора данных Descriptions должны совпадать с номерами и именами столбцов в Значения массиве набора данных.
Класс MetaData включает свойства и методы, которые позволяют вам получать, извлекать и изменять переменные метаданных, а также их значения и описания. Эти свойства и методы полезны для просмотра и анализа метаданных.
MDobj = bioma.data.MetaData(VarValues)
MDobj = bioma.data.MetaData(VarValues, VarDescriptions)VarDescriptions - массив набора данных, строки которого соответствуют переменным. Имена строк - это имена переменных и другой столбец с именем VariableDescription, содержит описание каждой переменной.
MDobj = bioma.data.MetaData(VarValues, VarDesc)VarDesc массив ячеек из векторов символов, содержащий описания переменных.
MDobj = bioma.data.MetaData(...,
'PropertyName', PropertyValue)
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue)
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue,
...'Path', PathValue)FileValue сохранен.
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue,
...'Delimiter', DelimiterValue)FileValue. По умолчанию это '\t'.
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue,
...'RowNames', RowNamesValue)
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue,
...'ColumnNames', ColumnNamesValue)ColumnNamesValue - массив ячеек из векторов символов, задающий имена заголовков столбцов. По умолчанию все столбцы данных считываются из таблицы, если первая строка содержит заголовки столбцов.
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue,
...'VarDescChar', VarDescCharValue)VarDescCharValue будет считываться как описание и использоваться для создания VarDescriptions массив набора данных. По умолчанию, bioma.data.MetaData не считывает информацию описания переменной и не создает массив набора данных Descriptions. Эти префиксированные линии должны находиться в верхней части файла перед таблицей значений метаданных.
MDobj = bioma.data.MetaData(...'Name', NameValue)
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue,
...'Description', DescriptionValue)
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue,
...'SampleNames', SampleNamesValue)
MDobj = bioma.data.MetaData('File', FileValue,
...'VariableNames', VariableNamesValue)
|
Массив набора данных, строки которого соответствуют выборочным (наблюдательным) именам и столбцы которого соответствуют переменным. Массив набора данных содержит измеренное значение каждой переменной на выборку или функцию. Количество и имена столбцов в |
|
Массив набора данных, строки которого соответствуют переменным. Имена строк - это имена переменных и столбец с именем |
|
Массив ячеек из символьных векторов, содержащий описания переменных. Количество элементов в |
|
Вектор символов, задающий текстовый файл, содержащий таблицу метаданных. Метки строк таблицы должны быть именами образцов или признаков, а заголовки их столбцов должны быть именами переменных. Текстовый файл должен быть в пути поиска файлов MATLAB или в Текущей папке (если вы не используете |
|
Вектор символов, задающий папку или путь и папку где |
|
Вектор символов, задающий символ разделителя для использования в качестве диафрагмы столбцов для
|
|
Имена строк (выборка или имена функций) для объекта MetaData, заданные одним из следующих:
Если вы задаете По умолчанию: |
|
Массив ячеек из символьных векторов, задающий имена заголовков столбцов, чтобы указать, какие столбцы данных считывать из таблицы. По умолчанию все столбцы данных считываются из таблицы, если первая строка содержит заголовки столбцов. Если таблица не имеет заголовков столбцов, задайте |
|
Вектор символов, задающий символ для префикса линий в таблице, которые должны считываться как описания и использоваться для создания |
|
Вектор символов, задающий имя для объекта MetaData. |
|
Вектор символов, задающий описание для объекта MetaData. |
|
Массив ячеек из символьных векторов, задающий имена выборок для объекта MetaData. Количество элементов в массиве ячеек должно равняться количеству выборок в объекте MetaData. Этот вход перезаписывает имена выборок из входного файла. По умолчанию это имена выборки (имена строк) из файла входа. |
|
Массив ячеек из символьных векторов, задающий имена переменных для объекта MetaData. Количество элементов в массиве ячеек должно равняться количеству переменных в объекте MetaData. Этот вход перезаписывает имена переменных из входного файла. По умолчанию это имена переменных (имена столбцов) из файла входа. |
|
Описание объекта MetaData. Вектор символов, задающий описание объекта MetaData. По умолчанию это | ||
|
Метки строка и столбец для объекта MetaData. Двухэлементный массив ячеек, содержащий векторы символов, задающие метки строк и столбцов соответственно в объекте MetaData. По умолчанию это | ||
|
Имя объекта MetaData. Вектор символов, задающий имя объекта MetaData. По умолчанию это | ||
|
Количество выборок (наблюдений) в эксперименте Положительное целое число, определяющее количество выборок в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству строк в Атрибуты:
| ||
|
Количество переменных в эксперименте Положительное целое число, определяющее количество переменных в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству столбцов в Атрибуты:
|
| объединиться | Объедините два объекта MetaData |
| isempty | Определите, пуст ли объект MetaData |
| sampleNames | Извлечение или задание имен выборок в объекте MetaData |
| размер | Возвращенный размер объекта MetaData |
| varValuesTable | Создайте 2-D графическую таблицу графического интерфейса пользователя значений переменных в объекте MetaData |
| variableDesc | Извлеките или установите описания переменных для выборок в объекте MetaData |
| variableNames | Извлеките или установите имена переменных для выборок в объекте MetaData |
| variableValues | Извлеките или установите значения переменных для выборок в объекте MetaData |
Объект ExpressionSet содержит два объекта MetaData, один для выборочной информации и один для информации о функциях микромассивов. Объект MetaData содержит два массива набора данных. Один массив набора данных содержит измеренное значение каждой переменной на выборку или функцию. Другой массив набора данных содержит список имен переменных и их описаний.
Чтобы узнать об атрибутах классов, см. «Атрибуты класса».
Значение. Чтобы узнать, как это влияет на использование класса, см. раздел «Копирование объектов».
Объекты MetaData поддерживают 2-D индексацию круглых скобок () и точку. индексация для извлечения, назначения и удаления данных.
Объекты MetaData не поддерживают:
Фигурная скобка {} индексация
Линейная индексация
Создайте объект MetaData, содержащий выборку переменную информацию из текстового файла:
% Import bioma.data package to make constructor function
% available
import bioma.data.*
% Construct MetaData object from .txt file
MDObj2 = MetaData('File', 'mouseSampleData.txt', 'VarDescChar', '#');
% Display information about the MetaData object
MDObj2
% Supply a description for the MetaData object
MDObj2.Description = 'This MetaData Object contains sample variable info.'bioma.data.ExptData | bioma.data.MetaData | bioma.data.MIAME | bioma.ExpressionSet | getgeodata