Объект, содержащий информацию о отсеке
SimBiology® отсек объект представляет собой контейнер для видов в модели. Размер отсека может изменяться или оставаться постоянным во время симуляции. Все модели должны иметь по крайней мере один отсек, и все виды в модели должны быть назначены отсеку. Имена отсеков должны быть уникальными в модели.
Отсеки позволяют вам задать размер (Capacity) физически изолированных областей, которые могут повлиять на симуляцию, и ассоциировать пулы видов в этих регионах. Можно задать или изменить Capacity использование правил, событий и вариантов, аналогичных видовым количествам или значениям параметров.
Объект модели хранит отсеки как плоский список. Каждый отсек хранит информацию о своей организации; другими словами, отсек имеет информацию о том, в каком отсеке он живет (Owner) и кого она содержит (Compartments).
Плоский список отсеков в объекте модели позволяет изменять способ организации отсеков в модели, не делая недействительными какие-либо выражения.
Чтобы добавить виды, которые участвуют в реакциях, добавьте реакцию к модели, используя addreaction способ. Когда вы определяете реакцию с новым видом:
Если в модели нет объектов отсека, addreaction метод создает купейный объект (называемую ') в модели и добавляет вновь созданный вид в этот отсек.unnamed'
Если в модели существует только один объект отсека, метод создает вид, объект в этом отсеке.
Если в модели есть более одного объекты, необходимо определить имя вида с именем отсека.
Для примера, cell.glucose обозначает, что вы хотите поместить вид под названием glucose в отсек по наименованию cell. Дополнительно, если отсек назван cell не существует, процесс добавления реакции создает отсек и называет его cell.
Кроме того, создайте и добавьте объект вида к объекту-отсеку, используя addspecies метод в командной строке.
Когда вы используете рабочий стол SimBiology для создания новой модели, она добавляет пустой отсек (unnamed), к которому можно добавить виды.
Можно задать реакции, которые пересекают отсеки с помощью синтаксиса compartment1Name. species1Namecompartment2Name. species2Name
В сложение, если реакция обратима, то существует два случая:
Если кинетический закон MassAction, и размерности скорости реакции реакции являются концентрацией/временем, тогда продукты должны быть из той же камеры.
Если кинетический закон не MassActionи реагенты, и продукты должны находиться в одном и том же отсеке.
Ссылки на страницы с описанием свойств отсека см. в сводных данных свойств. Свойства определяют характеристики объекта. Используйте getset
| дополнение (модель, отсек) | Создайте объект отсека |
Методы для объектов отсека
| дополнение (модель, отсек) | Создайте объект отсека |
| addspecies (модель, отсек) | Создайте видовой объект и добавьте к отсечному объекту в объект модели |
| copyobj | Скопируйте объект SimBiology и его дети |
| delete | Удаление объекта SimBiology |
| display | Отображение сводных данных по объекту SimBiology |
| findUsages (вид, параметр, отсек) | Узнайте, как вид, параметр или отсек используется в модели |
| get | Получите свойства объекта SimBiology |
| move | Переместите объект отделения SimBiology к новому владельцу |
| rename | Переименуйте объект и обновите выражения |
| переупорядочивание (модель, отсек, кинетический закон) | Переупорядочить списки компонентов |
| set | Установите свойства объекта SimBiology |
Свойства для объектов отсека
| Capacity | Вместимость отсека |
| CapacityUnits | Емкость отсека модулей |
| Compartments | Массив отсеков в модели или отсеке |
| Constant | Задайте переменное или постоянное количество видов, значение параметров или емкость отсека |
| ConstantCapacity | Задайте переменную или постоянную емкость отсека |
| Name | Задайте имя объекта |
| Notes | HTML, описывающий объект SimBiology |
| Owner | Отсек-владелец |
| Parent | Укажите родительский объект |
| Species | Массив видов в отсекающем объекте |
| Tag | Задайте метку для объекта SimBiology |
| Type | Отобразите тип объекта SimBiology |
| Units | Модули для количества видов, значение параметров, емкость отсека, наблюдаемое выражение |
| UserData | Задайте данные для связи с объектом |
| Value | Значение вида, отсека или объекта параметра |
AbstractKineticLaw object, Configset object, KineticLaw object, Model object, Parameter object, Reaction object, Root object, Rule object
