restrict

Разделите последовательность нуклеотида на сайте ограничения

Синтаксис

Fragments = restrict(SeqNT, Enzyme) Fragments = restrict(SeqNT, NTPattern, Position) [Fragments, CuttingSites] = restrict(...) [Fragments, CuttingSites, Lengths] = restrict(...) ... = restrict(..., 'PartialDigest', PartialDigestValue)

Аргументы

`SeqNT`	Одно из следующего: Вектор символов или строка, задающая последовательность нуклеотида. Для допустимых алфавитных кодов см. таблицу Mapping Nucleotide Letter Codes to Integers. Вектор-строка из целых чисел, задающих последовательность нуклеотида. Для допустимых целых чисел см. таблицу Mapping Nucleotide Integers to Letter Codes. MATLAB^® структура, содержащая `Sequence` поле, которое содержит последовательность нуклеотида, такой, как возвращено `fastaread`, `fastqread`, `emblread`, `getembl`, `genbankread`, или `getgenbank`.
`Enzyme`	Вектор символов или строка, задающая имя фермента ограничения от REBASE^®, база данных фермента ограничения. Совет Некоторые ферменты задают сокращающие правила и для скрутки и для ее дополнительной скрутки. `restrict` применяет сокращающее правило только для 5' —> 3' скрутки. Для обходного решения к применению правила сокращения фермента для обеих скруток смотрите Примеры.
`NTPattern`	Короткий шаблон распознавания последовательности нуклеотида, чтобы искать в `SeqNT`, большая последовательность. `NTPattern` может иметь любой следующее: Вектор символов или строка Регулярное выражение
`Position`	Любое из следующего: Целое число, задающее положение в `SeqNT` сокращать, относительно `NTPattern`. Двухэлементный вектор, задающий два положения в `SeqNT` сокращать, относительно `NTPattern`. Примечание Положение `0` соответствует сокращению перед первой базой `NTPattern`.
`PartialDigestValue`	Значение от `0` к `1` (значение по умолчанию), задающее вероятность, что сайт разламывания будет сокращен.

Описание

Fragments = restrict(SeqNT, Enzyme) сокращения SeqNT, последовательность нуклеотида, во фрагменты на сайтах ограничения Enzyme, фермент ограничения. restrict функционируйте хранит возвращаемые значения в Fragments, массив ячеек последовательностей.

Fragments = restrict(SeqNT, NTPattern, Position) сокращения SeqNT, последовательность нуклеотида, во фрагменты на сайтах ограничения задана NTPattern, шаблон распознавания нуклеотида и Position.

[Fragments, CuttingSites] = restrict(...) возвращает числовой вектор с индексами, представляющими сокращающие сайты. restrict функция добавляет 0 к началу CuttingSites вектор так, чтобы число элементов в CuttingSites равняется числу элементов в Fragments. Можно использовать CuttingSites + 1 указать на первую базу каждого фрагмента, соответствующего к исходной последовательности.

[Fragments, CuttingSites, Lengths] = restrict(...) возвращает числовой вектор с длинами каждого фрагмента.

... = restrict(..., 'PartialDigest', PartialDigestValue) симулирует частичный обзор, где каждый сайт ограничения в последовательности имеет PartialDigestValue или вероятность того, чтобы быть сокращенным.

REBASE, База данных Фермента Ограничения, является набором информации о ферментах ограничения и связанных белках. Для получения дополнительной информации о REBASE или искать REBASE имя фермента ограничения, см.:

http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html

Примеры

Пример 64. Разделение последовательности нуклеотида путем определения фермента

Введите последовательность нуклеотида.
```
Seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
```
Используйте фермент ограничения HspAI (который задает последовательность распознавания GCGC и положение разламывания 1) раскалывать последовательность нуклеотида.
```
fragmentsEnzyme = restrict(Seq,'HspAI')
```
MATLAB возвращается:
```
fragmentsEnzyme = 

    'AGAGGGGTACG'
    'CGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGG'
    'CGCTTTATTAA'
```

Пример 65. Разделение последовательности нуклеотида путем определения шаблона и положения

Введите последовательность нуклеотида.
```
Seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
```
Используйте шаблон последовательности GCGC с точкой разламывания в положении 3 раскалывать последовательность нуклеотида.
```
fragmentsPattern = restrict(Seq,'GCGC',3)
```
MATLAB возвращается:
```
fragmentsPattern = 

    'AGAGGGGTACGCG'
    'CTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCG'
    'CTTTATTAA'
```

Пример 66. Разделение последовательности нуклеотида путем определения регулярного выражения для шаблона

Введите последовательность нуклеотида.
```
Seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
```
Используйте регулярное выражение, чтобы задать шаблон последовательности.
```
fragmentsRegExp = restrict(Seq,'GCG[^C]',3)
```
MATLAB возвращается:
```
fragmentsRegExp = 

    'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCG'
    'GGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA'
```

Пример 67. Возврат сокращающих сайтов и длин фрагмента

Введите последовательность нуклеотида.
```
Seq = 'AGAGGGGTACGCGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGGCGCTTTATTAA';
```

Получите сокращающие сайты и длины фрагмента, а также фрагменты.

[fragments, cut_sites, lengths] = restrict(Seq,'HspAI')

MATLAB возвращается:

fragments = 
    'AGAGGGGTACG'
    'CGCTCTGAAAAGCGGGAACCTCGTGG'
    'CGCTTTATTAA'

cut_sites =
     0
    11
    37

lengths =
    11
    26
    11

Пример 68. Разделение двухцепочечной последовательности нуклеотида

Некоторые ферменты задают сокращающие правила и для скрутки и для ее дополнительной скрутки. restrict применяет сокращающее правило только для 5' —> 3' скрутки. Можно применить это правило вручную для дополнительной скрутки.

Введите последовательность нуклеотида.
```
seq = 'CCCGCNNNNNNN';
```
Используйте seqcomplement функция, чтобы определить дополнительную скрутку, которая находится в 3' —> 5' направлений.
```
seqc = seqcomplement(seq)
```
MATLAB возвращается:
```
seqc =

GGGCGNNNNNNN
```
Сократите первую скрутку с помощью фермента ограничения FauI (который задает шаблон последовательности распознавания CCCGC и положение разламывания 9).
```
cuts_strand1 = restrict(seq, 'FauI')
```
MATLAB возвращается:
```
cuts_strand1 = 

    'CCCGCNNNN'
    'NNN'
```
Сократите дополнительную скрутку согласно правилу, заданному FauI (который задает шаблон последовательности распознавания GGGCG с точкой разламывания в положении 11).
```
cuts_strand2 = restrict(seqc, 'GGGCG', 11)
```
MATLAB возвращается:
```
cuts_strand2 = 

    'GGGCGNNNNNN'
    'N'
```

Ссылки

[1] Робертс, R.J., Vincze, T., Posfai, J. и Macelis, D. (2007). REBASE — ферменты и гены для ограничения ДНК и модификации. Nucl. Кислоты Res. 35, D269–D270.

[2] Официальный веб-сайт REBASE: http://rebase.neb.com.

Представлено до R2006a

Документация

restrict

Синтаксис

Аргументы

Описание

Примеры

Ссылки

Смотрите также

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка