Exponenta Banner

getBowtie2Command

Переведите свойства объектов в Галстук-бабочку 2 опции

свернуть все на странице

Синтаксис

S = getBowtie2Command(object)
S = getBowtie2Command(object,'IncludeAll',TF)

Описание

пример

S = getBowtie2Command(object) возвращает вектор символов S, представляя Галстук-бабочку 2 синтаксиса опции, которые соответствуют измененным свойствам объектов. По умолчанию функция переводит только измененные свойства.

getBowtie2Command требует Интерфейса Bioinformatics Toolbox™ для пакета поддержки Выравнивателя Галстука-бабочки. Если этот пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку.

Примечание

getBowtie2Command поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.

пример

S = getBowtie2Command(object,'IncludeAll',TF) задает, перевести ли все свойства объектов (true) или только измененные свойства (false).

Примеры

свернуть все

Создайте объект Bowtie2AlignOptions.

 alignOpt = Bowtie2AlignOptions;

Измените свойства объектов. Например, задайте, чтобы обрезать четыре остатка от 3' и концов 5' перед выравниванием.

 alignOpt.Trim3 = 4;
 alignOpt.Trim5 = 4;

Получите эквивалентный Галстук-бабочку 2 синтаксиса опции для измененных свойств.

 getbowtie2command(alignOpt)
ans =

    '-3 4 -5 4'

Входные параметры

свернуть все

Галстук-бабочка 2 объекта опций, заданные как Bowtie2AlignOptions, Bowtie2InspectOptions или объект Bowtie2BuildOptions.

Пример: alignOpt

Отметьте, чтобы перевести все свойства объектов, заданные как true или false. Если true, функция переводит все свойства объектов. Если false, функция переводит только измененные свойства.

Пример: true

Типы данных: логический

Выходные аргументы

свернуть все

Галстук-бабочка 2 синтаксиса опции [1], возвращенный как вектор символов. Синтаксис снабжается префиксом одним или двумя тире.

Ссылки

[1] Langmead, B. и С. Залцберг. "Быстро содержащий разрывы считанное выравнивание с Галстуком-бабочкой 2". Методы природы. 9, 2012, 357–359.

Смотрите также

| | | | |

Внешние веб-сайты

Введенный в R2018a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка