Exponenta Banner

запущенный

Сопоставьте чтения последовательности со ссылочной последовательностью с помощью Галстука-бабочки 2

свернуть все на странице

Синтаксис

run(object,indexBaseName,reads1,reads2,outputFileName)
run(___,'IncludeAll',TF)
flag = run(___)

Описание

пример

run(object,indexBaseName,reads1,reads2,outputFileName) сопоставляет чтения упорядочивания от reads1 и reads2 против ссылочной последовательности и пишет результаты в выходной файл outputFileName. Вход indexBaseName представляет базовое имя (префикс) файлов справочного указателя. object является объектом Bowtie2AlignOptions.

run требует Интерфейса Bioinformatics Toolbox™ для пакета поддержки Выравнивателя Галстука-бабочки. Если этот пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку.

Примечание

run поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.

пример

run(___,'IncludeAll',TF) задает, использовать ли все свойства объектов и их соответствующие значения при выполнении bowtie2. Задайте эту опцию после всех других входных параметров. По умолчанию только измененные свойства используются, чтобы запустить bowtie2.

пример

flag = run(___) возвращает выход flag функции с помощью любого из входных параметров в предыдущих синтаксисах.

Примеры

свернуть все

Сначала создайте набор индексных файлов для генома Дрозофилы. Сообщение об ошибке появляется, если у вас нет Интерфейса Bioinformatics Toolbox для пакета поддержки Выравнивателя Галстука-бабочки установленным, когда вы запускаете функцию. Щелкните по обеспеченной ссылке, чтобы загрузить пакет с меню Дополнения.

В данном примере ссылочной последовательности Dmel_chr4.fa уже предоставляют тулбокс.

status = bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index');

Если индексная сборка успешна, функция возвращает 0 и создает индексные файлы (*.bt2) в текущей папке. Файлы имеют префиксный 'Dmel_chr4_index'.

Если индекс готов, сопоставьте последовательности чтения со ссылкой. Парный конец считал файлы (SRR6008575_10k_1.fq, и SRR6008575_10k_2.fq) уже предоставлены тулбокс.

Создайте объект опций.

 alignOpt = Bowtie2AlignOptions;

Обрежьте четыре остатка от конца 3' перед выравниванием.

 alignOpt.Trim3 = 4;

Сопоставьте чтения со ссылкой с помощью заданной опции выравнивания.

flag = run(alignOpt,'Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4_trimmed.sam');

Вывод является SAM-отформатированным файлом, который содержит результаты отображения.

Входные параметры

свернуть все

Опции выравнивания, заданные как объект Bowtie2AlignOptions.

Пример: 'alignOpt'

Базовое имя (префикс) файлов справочного указателя, заданных как вектор символов или строка. Расширением файла для индексных файлов является или *.bt2 или *.bt21.

Пример: 'Dmel_chr4'

Типы данных: char | string

Имена файлов с первыми чтениями помощника, заданными как вектор символов или строка.

Пример: 'SRR6008575_10k_1.fq'

Типы данных: char | string

Имена файлов со вторыми чтениями помощника, заданными как вектор символов или строка.

Пример: 'SRR6008575_10k_2.fq'

Типы данных: char | string

Имя выходного файла, заданное как вектор символов или строка. Этот файл содержит результаты отображения.

Пример: 'SRR6008575_10k_chr4.sam'

Типы данных: char | string

Отметьте, чтобы использовать все свойства объектов и их соответствующие значения, когда вы запустите функцию, заданную как true или false. По умолчанию только измененные свойства используются.

Пример: true

Выходные аргументы

свернуть все

Статус выхода функции, возвращенной как целое число. flag является 0, если функция запускается без ошибок или предупреждения. В противном случае это является ненулевым.

Ссылки

[1] Langmead, B. и С. Залцберг. "Быстро содержащий разрывы считанное выравнивание с Галстуком-бабочкой 2". Методы природы. 9, 2012, 357–359.

Смотрите также

| | | | |

Внешние веб-сайты

Введенный в R2018a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка