Опция установлена для cuffnorm
Объект CuffNormOptions содержит опции для функции cuffnorm, которая генерирует таблицы выражения, нормированные для размера библиотеки [1].
cuffnormOpt = CuffNormOptionscuffnormOpt = CuffNormOptions(Name,Value)cuffnormOpt = CuffNormOptions(S)cuffnormOpt = CuffNormOptionsCuffNormOptions со значениями свойств по умолчанию.
CuffNormOptions требует Пакета Поддержки Запонок для Bioinformatics Toolbox™. Если пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку.
CuffNormOptions поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.
cuffnormOpt = CuffNormOptions(Name,Value)cuffnormOpt = CuffNormOptions('NumThreads',8) задает, чтобы использовать восемь параллельных потоков.
cuffnormOpt = CuffNormOptions(S)S.
S опции cuffmergeОпции cuffmerge, заданные как строка или вектор символов. S должен быть в исходном синтаксисе опции cuffmerge (снабжен префиксом одним или двумя тире).
Пример: '--seed 5'
ExtraCommand — Дополнительные команды"" (значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символовДополнительные команды, заданные как строка или вектор символов. Команды должны быть в исходном синтаксисе (снабжены префиксом одним или двумя тире). Используйте эту опцию, чтобы применить недокументированные флаги и флаги без соответствующих свойств MATLAB. Когда функция преобразовывает исходные флаги в свойства MATLAB, она хранит любые нераспознанные флаги в этой опции.
Пример: '--library-type fr-secondstrand'
Типы данных: char | string
IncludeAll — Отметьте, чтобы использовать все свойства объектовfalse (значение по умолчанию) | trueОтметьте, чтобы включать все свойства объектов с соответствующими значениями по умолчанию при преобразовании в исходный синтаксис опций, заданный как true или false. Можно преобразовать свойства в исходный синтаксис, снабженный префиксом одним или двумя тире (такими как '-d 100 -e 80') при помощи getCommand. false значения по умолчанию означает, что, когда вы вызываете getCommand(optionsObject), он преобразовывает только заданные свойства. Если значением является true, getCommand преобразовывает все доступные свойства, со значениями по умолчанию для незаданных свойств, к исходному синтаксису.
Пример: true
Типы данных: логический
Labels — Метки для выборок[] (значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символов | вектор строки | массив ячеек из символьных векторовМетки для выборок, заданных как строка, вектор символов, представляют в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов. Если вы обеспечиваете метки, необходимо задать то же количество меток как входные выборки.
Пример:
["mutant1","mutant2"]
Типы данных: double | char | string | cell
LibraryNormalizationMethod — Метод, чтобы нормировать размер библиотеки"geometric" (значение по умолчанию) | "classic-fpkm" | "quartile"Метод, чтобы нормировать размер библиотеки, заданный как одна из следующих опций:
"geometric" — Функция масштабирует значения FPKM средним геометрическим средним значением количеств фрагмента через все библиотеки, как описано в [2].
"classic-fpkm" — Функция не применяет масштабирования к значениям FPKM или количествам фрагмента.
"quartile" — Функция масштабирует значения FPKM отношением верхних квартилей между количествами фрагмента и средним значением через все библиотеки.
Пример:
"classic-fpkm"
Типы данных: char | string
NormalizeCompatibleHits — Отметьте, чтобы использовать только фрагменты, совместимые со ссылочной расшифровкой стенограммы, чтобы вычислить значения FPKMtrue (значение по умолчанию) | falseОтметьте, чтобы использовать только фрагменты, совместимые со ссылочной расшифровкой стенограммы, чтобы вычислить значения FPKM, заданные как true или false.
Пример: false
Типы данных: логический
NormalizeTotalHits — Отметьте, чтобы включать все фрагменты, чтобы вычислить значения FPKMfalse (значение по умолчанию) | trueОтметьте, чтобы включать все фрагменты, чтобы вычислить значения FPKM, заданные как true или false. Если значением является true, функция включает все фрагменты, включая фрагменты без совместимой ссылки.
Пример: true
Типы данных: логический
NumThreads — Количество параллельных потоков, чтобы использовать1 (значение по умолчанию) | положительное целое числоКоличество параллельных потоков, чтобы использовать, заданный как положительное целое число. Потоки запущены на отдельных процессорах или ядрах. Увеличение числа потоков обычно значительно улучшает время выполнения, но увеличивает объем потребляемой памяти.
Пример 4
Типы данных: double
OutputDirectory — Директория, чтобы сохранить результаты анализа"./") (значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символовДиректория, чтобы сохранить результаты анализа, заданные как строка или вектор символов.
Пример: "./AnalysisResults/"
Типы данных: char | string
'OutputFormat' Формат для файлов результата"simple-table" (значение по умолчанию) | "cuffdiff"Формат для файлов результата, заданных как "simple-table" или "cuffdiff".
"simple-table" — Вывод находится в разграниченном вкладкой формате таблицы.
"cuffdiff" — Вывод находится в той же форме, используемой cuffdiff.
Пример:
"cuffdiff"
Типы данных: char | string
Seed — Отберите для генератора случайных чисел0 (значение по умолчанию) | неотрицательное целое числоОтберите для генератора случайных чисел, заданного как неотрицательное целое число. Устанавливание значения seed гарантирует воспроизводимость результатов анализа.
Пример: 10
Типы данных: double
Версия Поддерживаемая версияЭто свойство доступно только для чтения.
Поддерживаемая версия исходного программного обеспечения запонок, возвращенного как строка.
Пример: "2.2.1"
Типы данных: string
getCommand | Переведите свойства объектов в исходный синтаксис опций |
getOptionsTable | Возвратите таблицу со всеми свойствами и эквивалентные опции в исходном синтаксисе |
Создайте объект CuffNormOptions со значениями по умолчанию.
opt = CuffNormOptions;
Создайте объект с помощью пар "имя-значение".
opt2 = CuffNormOptions('OutputDirectory',"./norm",'Seed',20)
Создайте объект при помощи исходного синтаксиса.
opt3 = CuffNormOptions('--output-dir ./norm --seed 20')Создайте объект CufflinksOptions задать опции запонок, такие как количество параллельных потоков и выходной директории, чтобы сохранить результаты.
cflOpt = CufflinksOptions;
cflOpt.NumThreads = 8;
cflOpt.OutputDirectory = "./cufflinksOut";Файлы SAM предусмотрели этот пример, содержат выровненные чтения для Микоплазмы pneumoniae от двух выборок с три, реплицирует каждого. Чтения моделируются 100bp-чтения для двух генов (gyrA и gyrB) расположенный друг рядом с другом на геноме. Все чтения сортируются по ссылочному положению, как требуется по cufflinks.
sams = ["Myco_1_1.sam","Myco_1_2.sam","Myco_1_3.sam",... "Myco_2_1.sam", "Myco_2_2.sam", "Myco_2_3.sam"];
Соберите транскриптом от выровненных чтений.
[gtfs,isofpkm,genes,skipped] = cufflinks(sams,cflOpt);
gtfs является списком файлов GTF, которые содержат собранные изоформы.
Сравните собранные изоформы с помощью cuffcompare.
stats = cuffcompare(gtfs);
Объедините собранные расшифровки стенограммы с помощью cuffmerge.
mergedGTF = cuffmerge(gtfs,'OutputDirectory','./cuffMergeOutput');
mergedGTF сообщает о только одной расшифровке стенограммы. Это вызвано тем, что два гена интереса расположены друг рядом с другом, и cuffmerge не может отличить два отличных гена. Чтобы вести cuffmerge, используйте ссылочный GTF (gyrAB.gtf), содержащий информацию об этих двух генах. Если файл не расположен в той же директории, от которой вы запускаете cuffmerge, необходимо также задать путь к файлу.
gyrAB = which('gyrAB.gtf'); mergedGTF2 = cuffmerge(gtfs,'OutputDirectory','./cuffMergeOutput2',... 'ReferenceGTF',gyrAB);
Вычислите распространенности (уровни экспрессии) от выровненных чтений для каждой выборки.
abundances1 = cuffquant(mergedGTF2,["Myco_1_1.sam","Myco_1_2.sam","Myco_1_3.sam"],... 'OutputDirectory','./cuffquantOutput1'); abundances2 = cuffquant(mergedGTF2,["Myco_2_1.sam", "Myco_2_2.sam", "Myco_2_3.sam"],... 'OutputDirectory','./cuffquantOutput2');
Оцените значение изменений в выражении для генов и расшифровок стенограммы между условиями путем выполнения тестирования дифференциала с помощью cuffdiff. Функция cuffdiff действует на двух отличных шагах: функция сначала оценивает распространенности от выровненных чтений, и затем выполняет статистический анализ. В некоторых случаях (например, распределяя вычисляющий загрузку через несколько рабочих), выполнение двух шагов отдельно желательно. После выполнения первого шага с cuffquant можно затем использовать бинарный выходной файл CXB в качестве входа к cuffdiff, чтобы выполнить статистический анализ. Поскольку cuffdiff возвращает несколько файлов, укажите, что выходная директория рекомендуется.
isoformDiff = cuffdiff(mergedGTF2,[abundances1,abundances2],... 'OutputDirectory','./cuffdiffOutput');
Отобразите таблицу, содержащую дифференциальные результаты испытаний выражения для этих двух генов gyrB и gyrA.
readtable(isoformDiff,'FileType','text')
ans =
2×14 table
test_id gene_id gene locus sample_1 sample_2 status value_1 value_2 log2_fold_change_ test_stat p_value q_value significant
________________ _____________ ______ _______________________ ________ ________ ______ __________ __________ _________________ _________ _______ _______ ___________
'TCONS_00000001' 'XLOC_000001' 'gyrB' 'NC_000912.1:2868-7340' 'q1' 'q2' 'OK' 1.0913e+05 4.2228e+05 1.9522 7.8886 5e-05 5e-05 'yes'
'TCONS_00000002' 'XLOC_000001' 'gyrA' 'NC_000912.1:2868-7340' 'q1' 'q2' 'OK' 3.5158e+05 1.1546e+05 -1.6064 -7.3811 5e-05 5e-05 'yes'
Можно использовать cuffnorm, чтобы сгенерировать нормированные таблицы выражения для последующих анализов. результаты cuffnorm полезны, когда у вас есть много выборок, и вы хотите кластеризировать их или уровни экспрессии графика для генов, которые важны в вашем исследовании. Обратите внимание на то, что вы не можете выполнить дифференциальный анализ выражения с помощью cuffnorm.
Задайте массив ячеек, где каждый элемент является вектором строки, содержащим имена файлов для одной выборки с, реплицирует.
alignmentFiles = {["Myco_1_1.sam","Myco_1_2.sam","Myco_1_3.sam"],...
["Myco_2_1.sam", "Myco_2_2.sam", "Myco_2_3.sam"]}
isoformNorm = cuffnorm(mergedGTF2, alignmentFiles,...
'OutputDirectory', './cuffnormOutput');
Отобразите таблицу, содержащую нормированные уровни экспрессии для каждой расшифровки стенограммы.
readtable(isoformNorm,'FileType','text')
ans =
2×7 table
tracking_id q1_0 q1_2 q1_1 q2_1 q2_0 q2_2
________________ __________ __________ __________ __________ __________ __________
'TCONS_00000001' 1.0913e+05 78628 1.2132e+05 4.3639e+05 4.2228e+05 4.2814e+05
'TCONS_00000002' 3.5158e+05 3.7458e+05 3.4238e+05 1.0483e+05 1.1546e+05 1.1105e+05
Имена столбцов начиная с q имеют формат: conditionX_N, указывая, что столбец содержит значения для, реплицируют N conditionX.
[1] Trapnell, C., Б. Уильямс, Г. Пертеа, А. Мортэзэви, Г. Кван, Дж. ван Бэрен, С. Залцберг, B. Пустошь и Л. Пэчтер. 2010. Блок расшифровки стенограммы и квантификация RNA-Seq показывают неаннотируемые расшифровки стенограммы и изоформу, переключающуюся во время клеточной дифференцировки. Биотехнология природы. 28:511–515.
CufflinksOptions | cuffcompare | cuffdiff | cuffgffread | cuffgtf2sam | cuffmerge | cuffnorm | cuffquant
1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.
2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.
3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.
4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.
5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.