CufflinksOptions

Опции для блока транскриптома от выровненных чтений с помощью cufflinks

расширьте все на странице

Описание

Объект CufflinksOptions содержит опции для функции cufflinks, которая собирает транскриптом от выровненных чтений [1].

Создание

Синтаксис

cufflinksOpt = CufflinksOptions
cufflinksOpt = CufflinksOptions(Name,Value)
cufflinksOpt = CufflinksOptions(S)

Описание

пример

cufflinksOpt = CufflinksOptions создает объект CufflinksOptions со значениями свойств по умолчанию.

CufflinksOptions требует Пакета Поддержки Запонок для Bioinformatics Toolbox™. Если пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку.

Примечание

CufflinksOptions поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.

cufflinksOpt = CufflinksOptions(Name,Value) устанавливает свойства объектов с помощью одного или нескольких аргументов пары "имя-значение". Заключите каждое имя свойства в кавычки. Например, cufflinksOpt = CufflinksOptions('TrimCoverageThreshold',5) задает минимальное среднее покрытие для 3' обрезки конца.

cufflinksOpt = CufflinksOptions(S) задает дополнительные параметры с помощью строки или вектора символов S.

Входные параметры

развернуть все

Опции запонок, заданные как вектор символов или строка. S должен быть в синтаксисе опции Запонок (снабжен префиксом одним или двумя тире).

Пример: '--trim-3-avgcov-thresh 5'

Свойства

развернуть все

Отметьте, чтобы нормировать количества фрагмента к фрагментам на kilobase на миллион сопоставленных чтений (FPKM), заданный как true или false.

Пример: false

Типы данных: логический

Дополнительные команды, заданные как строка или вектор символов. Команды должны быть в исходном синтаксисе (снабжены префиксом одним или двумя тире). Используйте эту опцию, чтобы применить недокументированные флаги и флаги без соответствующих свойств MATLAB. Когда функция преобразовывает исходные флаги в свойства MATLAB, она хранит любые нераспознанные флаги в этой опции.

Пример: '--library-type fr-secondstrand'

Типы данных: char | string

Отметьте, чтобы включать ссылочные расшифровки стенограммы в собранный вывод как поддельные чтения во время RABT (усовершенствованная ссылочная основанная на аннотации расшифровка стенограммы) блок, заданный как true или false.

Примечание

Функция только выполняет блок RABT, если вы задаете GTFGuide. В противном случае FauxReadTiling, независимо от того, чтобы быть true или false, не имеет никакого эффекта на собранную расшифровку стенограммы.

Пример: false

Типы данных: логический

Имя файла FASTA со ссылочными расшифровками стенограммы, чтобы обнаружить смещение в количествах фрагмента, заданных как строка или вектор символов. Подготовка библиотеки может ввести специфичное для последовательности смещение в эксперименты RNA-Seq. Обеспечение ссылочных расшифровок стенограммы улучшает точность оценок распространенности расшифровки стенограммы.

Пример: "bias.fasta"

Типы данных: char | string

Ожидаемая средняя длина фрагмента, заданная как положительное целое число. Значение по умолчанию является парами оснований 200. Функция может изучить среднее значение длины фрагмента для каждого файла SAM. Используя эту опцию не рекомендуется для чтений парного конца.

Пример: 100

Типы данных: double

Ожидаемое стандартное отклонение для распределения длины фрагмента, заданного как положительная скалярная величина. Значение по умолчанию является парами оснований 80. Функция может изучить стандартное отклонение длины фрагмента для каждого файла SAM. Используя эту опцию не рекомендуется для чтений парного конца.

Пример: 70

Типы данных: double

Имя файла GTF, чтобы вести блок RABT, заданный как строка или вектор символов.

Пример: 'tr.gtf'

Типы данных: char | string

Отметьте, чтобы включать все свойства объектов с соответствующими значениями по умолчанию при преобразовании в исходный синтаксис опций, заданный как true или false. Можно преобразовать свойства в исходный синтаксис, снабженный префиксом одним или двумя тире (такими как '-d 100 -e 80') при помощи getCommand. false значения по умолчанию означает, что, когда вы вызываете getCommand(optionsObject), он преобразовывает только заданные свойства. Если значением является true, getCommand преобразовывает все доступные свойства, со значениями по умолчанию для незаданных свойств, к исходному синтаксису.

Пример: true

Типы данных: логический

Альфа-значение в биномиальном тесте, чтобы отфильтровать ложно-положительные выравнивания, заданные как скаляр между 0 и 1.

Пример: 0.005

Типы данных: double

Отметьте, чтобы исправить длиной расшифровки стенограммы, заданной как true или false. Установите это значение к false только, когда количество фрагмента независимо от размера элемента, такой что касается небольших библиотек RNA без фрагментации и для 3' упорядочиваний конца, где все фрагменты имеют ту же длину.

Пример: false

Типы данных: логический

Имя GTF или файла GFF, содержащего расшифровки стенограммы, чтобы проигнорировать во время анализа, заданного как строка или вектор символов. Некоторые примеры расшифровок стенограммы, чтобы проигнорировать включают аннотируемые rRNA расшифровки стенограммы, митохондриальные расшифровки стенограммы и другие богатые расшифровки стенограммы. Игнорирование этих расшифровок стенограммы улучшает робастность оценок распространенности.

Пример: 'excludes.gtf'

Типы данных: char | string

Максимальное количество фрагментов, чтобы включать для каждого местоположения прежде, чем пропустить новые фрагменты, заданные как положительное целое число. Пропущенные фрагменты отмечены состоянием HIDATA в файле skipped.gtf.

Пример: 400000

Типы данных: double

Максимальная геномная длина в парах оснований для пакета, заданного как положительное целое число.

Пример: 3400000

Типы данных: double

Максимальное количество выровненных чтений, чтобы включать для каждого фрагмента прежде, чем пропустить новые чтения, заданные как положительное целое число. Inf, значение по умолчанию, не устанавливает предела для максимального количества выровненных чтений.

Пример: 1000

Типы данных: double

Максимальное количество основ в интроне, чтобы сообщить, заданный как положительное целое число. cufflinks также игнорирует выравнивания SAM с операциями REF_SKIP CIGAR дольше, чем это значение свойства.

Пример: 350000

Типы данных: double

Максимальное количество итераций для оценки наибольшего правдоподобия распространенностей, заданных как положительное целое число.

Пример: 4000

Типы данных: double

Минимальное количество выровненных фрагментов RNA-Seq, чтобы сообщить относительно собранного transfrag, заданного как положительное целое число.

Пример: 15

Типы данных: double

Минимальное количество пар оснований для интрона в геноме, заданном как положительное целое число.

Пример: 50

Типы данных: double

Значение Каффофф, чтобы сообщить о распространенности конкретной изоформы как часть самой богатой изоформы (главная изоформа), заданный как скаляр между 0 и 1. Функция отфильтровывает расшифровки стенограммы с распространенностями ниже заданного значения, потому что изоформы, выраженные по поводу низких уровней часто, не могут собираться надежно. Значение по умолчанию 0.1, или 10%, главной изоформы гена.

Пример: 0.20

Типы данных: double

Отметьте, чтобы улучшить оценку распространенности для чтений, сопоставленных с несколькими геномными положениями с помощью спасательного метода, заданного как true или false. Если значением является false, функция делит мультисопоставленные чтения однородно ко всем сопоставленным позициям. Если значением является true, функция использует дополнительную информацию, включая генную оценку распространенности, выведенную длину фрагмента, и смещение фрагмента, чтобы улучшить оценку распространенности расшифровки стенограммы.

Спасательный метод описан в [2].

Пример: true

Типы данных: логический

Отметьте, чтобы использовать только фрагменты, совместимые со ссылочной расшифровкой стенограммы, чтобы вычислить значения FPKM, заданные как true или false.

Пример: true

Типы данных: логический

Отметьте, чтобы включать все фрагменты, чтобы вычислить значения FPKM, заданные как true или false. Если значением является true, функция включает все фрагменты, включая фрагменты без совместимой ссылки.

Пример: true

Типы данных: логический

Количество присвоений фрагмента, чтобы выполнить на каждой расшифровке стенограммы, заданной как положительное целое число. Для каждого фрагмента, чертившего из расшифровки стенограммы, функция выполняет конкретное количество присвоений вероятностно, чтобы определить неуверенность присвоения расшифровки стенограммы и оценить ковариационную матрицу отклонения для присвоенных количеств фрагмента.

Пример: 40

Типы данных: double

Количество ничьих от отрицательного биномиального генератора случайных чисел для каждой расшифровки стенограммы, заданной как положительное целое число. Каждый ничья является многими фрагментами, которые функция вероятностно присваивает расшифровкам стенограммы в транскриптоме, чтобы определить неуверенность присвоения и оценить ковариационную матрицу отклонения для присвоенных количеств фрагмента.

Пример: 90

Типы данных: double

Количество параллельных потоков, чтобы использовать, заданный как положительное целое число. Потоки запущены на отдельных процессорах или ядрах. Увеличение числа потоков обычно значительно улучшает время выполнения, но увеличивает объем потребляемой памяти.

Пример 4

Типы данных: double

Директория, чтобы сохранить результаты анализа, заданные как строка или вектор символов.

Пример: "./AnalysisResults/"

Типы данных: char | string

Количество пар оснований перекрытия с интроном, который функция позволяет при определении, совместимо ли чтение с другой расшифровкой стенограммы, заданной как положительное целое число.

Пример 5

Типы данных: double

Расстояние между transfrags, заданным как положительное целое число. Если расстояние ниже заданного значения, функция объединяет transfrags. Значение по умолчанию является парами оснований 50.

Пример: 40

Типы данных: double

Порог, чтобы включать выравнивания в интронные интервалы в блоке, заданном как скаляр между 0 и 1. Функция игнорирует интронные выравнивания, если минимальная глубина покрытия, разделенного на количество соединенных чтений, ниже заданного значения. Используйте это свойство отфильтровать чтения, происходящие из не полностью соединенных расшифровок стенограммы.

Пример: 0.10

Типы данных: double

Количество пар оснований от чтения позволило накладываться с интроном расшифровки стенограммы при определении, является ли чтение отображаемым к другой расшифровке стенограммы во время блока RABT, заданного как положительное целое число. Значением по умолчанию является 8.

Примечание

Функция только выполняет блок RABT, если вы задаете GTFGuide. В противном случае RABTOverhangTolerance не имеет никакого эффекта на собранную расшифровку стенограммы.

Пример: 10

Типы данных: double

Количество пар оснований позволило нависать над 3' концами каждой ссылочной расшифровки стенограммы во время блока RABT, заданного как положительное целое число. Функция использует это свойство при решении, нова ли собранная расшифровка стенограммы или должна быть объединена со ссылкой.

Примечание

Функция только выполняет блок RABT, если вы задаете GTFGuide. В противном случае RABTOverhangTolerance3 не имеет никакого эффекта на собранную расшифровку стенограммы.

Пример: 500

Типы данных: double

Имя GTF или файла GFF, содержащего ссылочную аннотацию раньше, оценивало выражение изоформы, заданное как строка или вектор символов. Если вы обеспечиваете файл ReferenceGTF, функция не собирает новых расшифровок стенограммы и игнорирует любые выравнивания, несовместимые со ссылочными расшифровками стенограммы.

Пример: 'isoest.gtf'

Типы данных: char | string

Отберите для генератора случайных чисел, заданного как неотрицательное целое число. Устанавливание значения seed гарантирует воспроизводимость результатов анализа.

Пример: 10

Типы данных: double

Минимальный процент выравнивания на каждой стороне соединения соединения встык, заданного как скаляр между 0 и 1. Функция фильтрует выравнивания с процентом, меньшим, чем это значение свойства до блока.

Пример: 0.1

Типы данных: double

Префикс для transfrags, о котором сообщают, в файле вывода GTF, заданном как строка или вектор символов. Эта опция должна быть строкой или вектором символов с ненулевой длиной.

Пример: "tfrags"

Типы данных: char | string

Минимальное среднее покрытие для 3' обрезки, заданной как положительное целое число.

Пример 8

Типы данных: double

Минимальный процент среднего покрытия для обрезки 3' концов собранных расшифровок стенограммы, заданных как скаляр между 0 и 1.

Пример: 0.15

Типы данных: double

Это свойство доступно только для чтения.

Поддерживаемая версия исходного программного обеспечения запонок, возвращенного как строка.

Пример: "2.2.1"

Типы данных: string

Функции объекта

getCommandПереведите свойства объектов в исходный синтаксис опций
getOptionsTableВозвратите таблицу со всеми свойствами и эквивалентные опции в исходном синтаксисе

Примеры

свернуть все

Создайте объект CufflinksOptions со значениями по умолчанию.

opt = CufflinksOptions;

Создайте объект с помощью пар "имя-значение".

opt2 = CufflinksOptions('TranscriptPrefix',"MATLAB",'NumThreads',4)

Создайте объект при помощи исходного синтаксиса cufflinks.

opt3 = CufflinksOptions('--label MATLAB --num-threads 4')

Создайте объект CufflinksOptions задать опции запонок, такие как количество параллельных потоков и выходной директории, чтобы сохранить результаты.

cflOpt = CufflinksOptions;
cflOpt.NumThreads = 8;
cflOpt.OutputDirectory = "./cufflinksOut";

Файлы SAM предусмотрели этот пример, содержат выровненные чтения для Микоплазмы pneumoniae от двух выборок с три, реплицирует каждого. Чтения моделируются 100bp-чтения для двух генов (gyrA и gyrB) расположенный друг рядом с другом на геноме. Все чтения сортируются по ссылочному положению, как требуется по cufflinks.

sams = ["Myco_1_1.sam","Myco_1_2.sam","Myco_1_3.sam",...
        "Myco_2_1.sam", "Myco_2_2.sam", "Myco_2_3.sam"];

Соберите транскриптом от выровненных чтений.

[gtfs,isofpkm,genes,skipped] = cufflinks(sams,cflOpt);

gtfs является списком файлов GTF, которые содержат собранные изоформы.

Сравните собранные изоформы с помощью cuffcompare.

stats = cuffcompare(gtfs);

Объедините собранные расшифровки стенограммы с помощью cuffmerge.

mergedGTF = cuffmerge(gtfs,'OutputDirectory','./cuffMergeOutput');

mergedGTF сообщает о только одной расшифровке стенограммы. Это вызвано тем, что два гена интереса расположены друг рядом с другом, и cuffmerge не может отличить два отличных гена. Чтобы вести cuffmerge, используйте ссылочный GTF (gyrAB.gtf), содержащий информацию об этих двух генах. Если файл не расположен в той же директории, от которой вы запускаете cuffmerge, необходимо также задать путь к файлу.

gyrAB = which('gyrAB.gtf');
mergedGTF2 = cuffmerge(gtfs,'OutputDirectory','./cuffMergeOutput2',...
			'ReferenceGTF',gyrAB);

Вычислите распространенности (уровни экспрессии) от выровненных чтений для каждой выборки.

abundances1 = cuffquant(mergedGTF2,["Myco_1_1.sam","Myco_1_2.sam","Myco_1_3.sam"],...
                        'OutputDirectory','./cuffquantOutput1');
abundances2 = cuffquant(mergedGTF2,["Myco_2_1.sam", "Myco_2_2.sam", "Myco_2_3.sam"],...
                        'OutputDirectory','./cuffquantOutput2');

Оцените значение изменений в выражении для генов и расшифровок стенограммы между условиями путем выполнения тестирования дифференциала с помощью cuffdiff. Функция cuffdiff действует на двух отличных шагах: функция сначала оценивает распространенности от выровненных чтений, и затем выполняет статистический анализ. В некоторых случаях (например, распределяя вычисляющий загрузку через несколько рабочих), выполнение двух шагов отдельно желательно. После выполнения первого шага с cuffquant можно затем использовать бинарный выходной файл CXB в качестве входа к cuffdiff, чтобы выполнить статистический анализ. Поскольку cuffdiff возвращает несколько файлов, укажите, что выходная директория рекомендуется.

isoformDiff = cuffdiff(mergedGTF2,[abundances1,abundances2],...
                      'OutputDirectory','./cuffdiffOutput');

Отобразите таблицу, содержащую дифференциальные результаты испытаний выражения для этих двух генов gyrB и gyrA.

readtable(isoformDiff,'FileType','text')
ans =

  2×14 table

        test_id            gene_id        gene              locus             sample_1    sample_2    status     value_1       value_2      log2_fold_change_    test_stat    p_value    q_value    significant
    ________________    _____________    ______    _______________________    ________    ________    ______    __________    __________    _________________    _________    _______    _______    ___________

    'TCONS_00000001'    'XLOC_000001'    'gyrB'    'NC_000912.1:2868-7340'      'q1'        'q2'       'OK'     1.0913e+05    4.2228e+05          1.9522           7.8886      5e-05      5e-05        'yes'   
    'TCONS_00000002'    'XLOC_000001'    'gyrA'    'NC_000912.1:2868-7340'      'q1'        'q2'       'OK'     3.5158e+05    1.1546e+05         -1.6064          -7.3811      5e-05      5e-05        'yes'

Можно использовать cuffnorm, чтобы сгенерировать нормированные таблицы выражения для последующих анализов. результаты cuffnorm полезны, когда у вас есть много выборок, и вы хотите кластеризировать их или уровни экспрессии графика для генов, которые важны в вашем исследовании. Обратите внимание на то, что вы не можете выполнить дифференциальный анализ выражения с помощью cuffnorm.

Задайте массив ячеек, где каждый элемент является вектором строки, содержащим имена файлов для одной выборки с, реплицирует.

alignmentFiles = {["Myco_1_1.sam","Myco_1_2.sam","Myco_1_3.sam"],...
                  ["Myco_2_1.sam", "Myco_2_2.sam", "Myco_2_3.sam"]}
isoformNorm = cuffnorm(mergedGTF2, alignmentFiles,...
                      'OutputDirectory', './cuffnormOutput');

Отобразите таблицу, содержащую нормированные уровни экспрессии для каждой расшифровки стенограммы.

readtable(isoformNorm,'FileType','text')
ans =

  2×7 table

      tracking_id          q1_0          q1_2          q1_1          q2_1          q2_0          q2_2   
    ________________    __________    __________    __________    __________    __________    __________

    'TCONS_00000001'    1.0913e+05         78628    1.2132e+05    4.3639e+05    4.2228e+05    4.2814e+05
    'TCONS_00000002'    3.5158e+05    3.7458e+05    3.4238e+05    1.0483e+05    1.1546e+05    1.1105e+05

Имена столбцов начиная с q имеют формат: conditionX_N, указывая, что столбец содержит значения для, реплицируют N conditionX.

Ссылки

[1] Trapnell, C., Б. Уильямс, Г. Пертеа, А. Мортэзэви, Г. Кван, Дж. ван Бэрен, С. Залцберг, B. Пустошь и Л. Пэчтер. 2010. Блок расшифровки стенограммы и квантификация RNA-Seq показывают неаннотируемые расшифровки стенограммы и изоформу, переключающуюся во время клеточной дифференцировки. Биотехнология природы. 28:511–515.

[2] Mortazavi, A., Б. Уильямс, К. Макку, Л. Шэеффер и Б. Уолд. 2008. Отображение и определение количества транскриптомов млекопитающих RNA-Seq. Методы природы. 5:621-628.

Смотрите также

| | | | | | |

Внешние веб-сайты

Введенный в R2019a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте