Опции для блока транскриптома от выровненных чтений с помощью cufflinks
Объект CufflinksOptions содержит опции для функции cufflinks, которая собирает транскриптом от выровненных чтений [1].
cufflinksOpt = CufflinksOptionscufflinksOpt = CufflinksOptions(Name,Value)cufflinksOpt = CufflinksOptions(S)cufflinksOpt = CufflinksOptionsCufflinksOptions со значениями свойств по умолчанию.
CufflinksOptions требует Пакета Поддержки Запонок для Bioinformatics Toolbox™. Если пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку.
CufflinksOptions поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.
cufflinksOpt = CufflinksOptions(Name,Value)cufflinksOpt = CufflinksOptions('TrimCoverageThreshold',5) задает минимальное среднее покрытие для 3' обрезки конца.
cufflinksOpt = CufflinksOptions(S)S.
S Опции запонокОпции запонок, заданные как вектор символов или строка. S должен быть в синтаксисе опции Запонок (снабжен префиксом одним или двумя тире).
Пример: '--trim-3-avgcov-thresh 5'
EffectiveLengthCorrection — Отметьте, чтобы нормировать количества фрагментаtrue (значение по умолчанию) | falseОтметьте, чтобы нормировать количества фрагмента к фрагментам на kilobase на миллион сопоставленных чтений (FPKM), заданный как true или false.
Пример: false
Типы данных: логический
ExtraCommand — Дополнительные команды"" (значение по умолчанию) | вектор символов | строкаДополнительные команды, заданные как строка или вектор символов. Команды должны быть в исходном синтаксисе (снабжены префиксом одним или двумя тире). Используйте эту опцию, чтобы применить недокументированные флаги и флаги без соответствующих свойств MATLAB. Когда функция преобразовывает исходные флаги в свойства MATLAB, она хранит любые нераспознанные флаги в этой опции.
Пример: '--library-type fr-secondstrand'
Типы данных: char | string
FauxReadTiling — Отметьте, чтобы включать ссылочные расшифровки стенограммы в собранный выводtrue (значение по умолчанию) | falseОтметьте, чтобы включать ссылочные расшифровки стенограммы в собранный вывод как поддельные чтения во время RABT (усовершенствованная ссылочная основанная на аннотации расшифровка стенограммы) блок, заданный как true или false.
Функция только выполняет блок RABT, если вы задаете GTFGuide. В противном случае FauxReadTiling, независимо от того, чтобы быть true или false, не имеет никакого эффекта на собранную расшифровку стенограммы.
Пример:
false
Типы данных: логический
FragmentBiasCorrection — Имя файла FASTA со ссылочными расшифровками стенограммы, чтобы обнаружить смещениеИмя файла FASTA со ссылочными расшифровками стенограммы, чтобы обнаружить смещение в количествах фрагмента, заданных как строка или вектор символов. Подготовка библиотеки может ввести специфичное для последовательности смещение в эксперименты RNA-Seq. Обеспечение ссылочных расшифровок стенограммы улучшает точность оценок распространенности расшифровки стенограммы.
Пример:
"bias.fasta"
Типы данных: char | string
FragmentLengthMean — Ожидаемая средняя длина фрагмента200 (значение по умолчанию) | положительное целое числоОжидаемая средняя длина фрагмента, заданная как положительное целое число. Значение по умолчанию является парами оснований 200. Функция может изучить среднее значение длины фрагмента для каждого файла SAM. Используя эту опцию не рекомендуется для чтений парного конца.
Пример: 100
Типы данных: double
FragmentLengthSD — Ожидаемое стандартное отклонение для распределения длины фрагмента80 (значение по умолчанию) | положительная скалярная величинаОжидаемое стандартное отклонение для распределения длины фрагмента, заданного как положительная скалярная величина. Значение по умолчанию является парами оснований 80. Функция может изучить стандартное отклонение длины фрагмента для каждого файла SAM. Используя эту опцию не рекомендуется для чтений парного конца.
Пример: 70
Типы данных: double
GTFGuide — Имя файла GTF, чтобы вести блок RABTИмя файла GTF, чтобы вести блок RABT, заданный как строка или вектор символов.
Пример: 'tr.gtf'
Типы данных: char | string
IncludeAll — Отметьте, чтобы использовать все свойства объектовfalse (значение по умолчанию) | верныйОтметьте, чтобы включать все свойства объектов с соответствующими значениями по умолчанию при преобразовании в исходный синтаксис опций, заданный как true или false. Можно преобразовать свойства в исходный синтаксис, снабженный префиксом одним или двумя тире (такими как '-d 100 -e 80') при помощи getCommand. false значения по умолчанию означает, что, когда вы вызываете getCommand(optionsObject), он преобразовывает только заданные свойства. Если значением является true, getCommand преобразовывает все доступные свойства, со значениями по умолчанию для незаданных свойств, к исходному синтаксису.
Пример: true
Типы данных: логический
JunctionAlpha — Альфа-значение в биномиальном тесте, чтобы отфильтровать ложно-положительные выравнивания0.001 (значение по умолчанию) | скаляр между 0 и 1Альфа-значение в биномиальном тесте, чтобы отфильтровать ложно-положительные выравнивания, заданные как скаляр между 0 и 1.
Пример: 0.005
Типы данных: double
LengthCorrection — Отметьте, чтобы исправить длиной расшифровки стенограммыtrue (значение по умолчанию) | falseОтметьте, чтобы исправить длиной расшифровки стенограммы, заданной как true или false. Установите это значение к false только, когда количество фрагмента независимо от размера элемента, такой что касается небольших библиотек RNA без фрагментации и для 3' упорядочиваний конца, где все фрагменты имеют ту же длину.
Пример: false
Типы данных: логический
MaskFile — Имя GTF или файла GFF, содержащего расшифровки стенограммы, чтобы проигнорироватьИмя GTF или файла GFF, содержащего расшифровки стенограммы, чтобы проигнорировать во время анализа, заданного как строка или вектор символов. Некоторые примеры расшифровок стенограммы, чтобы проигнорировать включают аннотируемые rRNA расшифровки стенограммы, митохондриальные расшифровки стенограммы и другие богатые расшифровки стенограммы. Игнорирование этих расшифровок стенограммы улучшает робастность оценок распространенности.
Пример: 'excludes.gtf'
Типы данных: char | string
MaxBundleFrags — Максимальное количество фрагментов, чтобы включать для каждого местоположения перед пропуском500000 (значение по умолчанию) | положительное целое числоМаксимальное количество фрагментов, чтобы включать для каждого местоположения прежде, чем пропустить новые фрагменты, заданные как положительное целое число. Пропущенные фрагменты отмечены состоянием HIDATA в файле skipped.gtf.
Пример: 400000
Типы данных: double
MaxBundleLength — Максимальная геномная длина в парах оснований для пакета3500000 (значение по умолчанию) | положительное целое числоМаксимальная геномная длина в парах оснований для пакета, заданного как положительное целое число.
Пример: 3400000
Типы данных: double
MaxFragAlignments — Максимальное количество выровненных чтений, чтобы включать для каждого фрагментаInf (значение по умолчанию) | положительное целое числоМаксимальное количество выровненных чтений, чтобы включать для каждого фрагмента прежде, чем пропустить новые чтения, заданные как положительное целое число. Inf, значение по умолчанию, не устанавливает предела для максимального количества выровненных чтений.
Пример: 1000
Типы данных: double
MaxIntronLength — Максимальное количество основ в интроне300000 (значение по умолчанию) | положительное целое числоМаксимальное количество основ в интроне, чтобы сообщить, заданный как положительное целое число. cufflinks также игнорирует выравнивания SAM с операциями REF_SKIP CIGAR дольше, чем это значение свойства.
Пример: 350000
Типы данных: double
MaxMLEIterations — Максимальное количество итераций для оценки наибольшего правдоподобия5000 (значение по умолчанию) | положительное целое числоМаксимальное количество итераций для оценки наибольшего правдоподобия распространенностей, заданных как положительное целое число.
Пример: 4000
Типы данных: double
MinFragsPerTransfrag — Минимальное количество выровненных фрагментов RNA-Seq, чтобы сообщить10 (значение по умолчанию) | положительное целое числоМинимальное количество выровненных фрагментов RNA-Seq, чтобы сообщить относительно собранного transfrag, заданного как положительное целое число.
Пример: 15
Типы данных: double
MinIntronLength — Минимальное количество пар оснований для интрона в геноме50 (значение по умолчанию) | положительное целое числоМинимальное количество пар оснований для интрона в геноме, заданном как положительное целое число.
Пример: 50
Типы данных: double
MinIsoformFraction — Значение Каффофф, чтобы сообщить о распространенности изоформы0.1 (значение по умолчанию) | скаляр между 0 и 1Значение Каффофф, чтобы сообщить о распространенности конкретной изоформы как часть самой богатой изоформы (главная изоформа), заданный как скаляр между 0 и 1. Функция отфильтровывает расшифровки стенограммы с распространенностями ниже заданного значения, потому что изоформы, выраженные по поводу низких уровней часто, не могут собираться надежно. Значение по умолчанию 0.1, или 10%, главной изоформы гена.
Пример: 0.20
Типы данных: double
MultiReadCorrection — Отметьте, чтобы улучшить оценку распространенности с помощью спасательного методаfalse (значение по умолчанию) | trueОтметьте, чтобы улучшить оценку распространенности для чтений, сопоставленных с несколькими геномными положениями с помощью спасательного метода, заданного как true или false. Если значением является false, функция делит мультисопоставленные чтения однородно ко всем сопоставленным позициям. Если значением является true, функция использует дополнительную информацию, включая генную оценку распространенности, выведенную длину фрагмента, и смещение фрагмента, чтобы улучшить оценку распространенности расшифровки стенограммы.
Спасательный метод описан в [2].
Пример: true
Типы данных: логический
NormalizeCompatibleHits — Отметьте, чтобы использовать только фрагменты, совместимые со ссылочной расшифровкой стенограммы, чтобы вычислить значения FPKMfalse (значение по умолчанию) | trueОтметьте, чтобы использовать только фрагменты, совместимые со ссылочной расшифровкой стенограммы, чтобы вычислить значения FPKM, заданные как true или false.
Пример: true
Типы данных: логический
NormalizeTotalHits — Отметьте, чтобы включать все фрагменты, чтобы вычислить значения FPKMfalse (значение по умолчанию) | trueОтметьте, чтобы включать все фрагменты, чтобы вычислить значения FPKM, заданные как true или false. Если значением является true, функция включает все фрагменты, включая фрагменты без совместимой ссылки.
Пример: true
Типы данных: логический
NumFragAssignmentDraws — Количество присвоений фрагмента, чтобы выполнить на каждой расшифровке стенограммы50 (значение по умолчанию) | положительное целое числоКоличество присвоений фрагмента, чтобы выполнить на каждой расшифровке стенограммы, заданной как положительное целое число. Для каждого фрагмента, чертившего из расшифровки стенограммы, функция выполняет конкретное количество присвоений вероятностно, чтобы определить неуверенность присвоения расшифровки стенограммы и оценить ковариационную матрицу отклонения для присвоенных количеств фрагмента.
Пример: 40
Типы данных: double
NumFragDraws — Количество ничьих от отрицательного биномиального генератора случайных чисел100 (значение по умолчанию) | положительное целое числоКоличество ничьих от отрицательного биномиального генератора случайных чисел для каждой расшифровки стенограммы, заданной как положительное целое число. Каждый ничья является многими фрагментами, которые функция вероятностно присваивает расшифровкам стенограммы в транскриптоме, чтобы определить неуверенность присвоения и оценить ковариационную матрицу отклонения для присвоенных количеств фрагмента.
Пример: 90
Типы данных: double
NumThreads — Количество параллельных потоков, чтобы использовать1 (значение по умолчанию) | положительное целое числоКоличество параллельных потоков, чтобы использовать, заданный как положительное целое число. Потоки запущены на отдельных процессорах или ядрах. Увеличение числа потоков обычно значительно улучшает время выполнения, но увеличивает объем потребляемой памяти.
Пример 4
Типы данных: double
OutputDirectory — Директория, чтобы сохранить результаты анализа"./") (значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символовДиректория, чтобы сохранить результаты анализа, заданные как строка или вектор символов.
Пример: "./AnalysisResults/"
Типы данных: char | string
OverhangTolerance — Количество пар оснований перекрытия с интроном8 (значение по умолчанию) | положительное целое числоКоличество пар оснований перекрытия с интроном, который функция позволяет при определении, совместимо ли чтение с другой расшифровкой стенограммы, заданной как положительное целое число.
Пример 5
Типы данных: double
OverlapRadius — Расстояние между transfrags50 (значение по умолчанию) | положительное целое числоРасстояние между transfrags, заданным как положительное целое число. Если расстояние ниже заданного значения, функция объединяет transfrags. Значение по умолчанию является парами оснований 50.
Пример: 40
Типы данных: double
PreMRNAFraction — Порог, чтобы включать выравнивания в интронные интервалы0.15 (значение по умолчанию) | скаляр между 0 и 1Порог, чтобы включать выравнивания в интронные интервалы в блоке, заданном как скаляр между 0 и 1. Функция игнорирует интронные выравнивания, если минимальная глубина покрытия, разделенного на количество соединенных чтений, ниже заданного значения. Используйте это свойство отфильтровать чтения, происходящие из не полностью соединенных расшифровок стенограммы.
Пример: 0.10
Типы данных: double
RABTOverhangTolerance — Количество пар оснований позволило накладываться с интроном расшифровки стенограммы8 (значение по умолчанию) | положительное целое числоКоличество пар оснований от чтения позволило накладываться с интроном расшифровки стенограммы при определении, является ли чтение отображаемым к другой расшифровке стенограммы во время блока RABT, заданного как положительное целое число. Значением по умолчанию является 8.
Функция только выполняет блок RABT, если вы задаете GTFGuide. В противном случае RABTOverhangTolerance не имеет никакого эффекта на собранную расшифровку стенограммы.
Пример: 10
Типы данных: double
RABTOverhangTolerance3 — Количество пар оснований позволило нависать над 3' концами ссылочной расшифровки стенограммы600 (значение по умолчанию) | положительное целое числоКоличество пар оснований позволило нависать над 3' концами каждой ссылочной расшифровки стенограммы во время блока RABT, заданного как положительное целое число. Функция использует это свойство при решении, нова ли собранная расшифровка стенограммы или должна быть объединена со ссылкой.
Функция только выполняет блок RABT, если вы задаете GTFGuide. В противном случае RABTOverhangTolerance3 не имеет никакого эффекта на собранную расшифровку стенограммы.
Пример: 500
Типы данных: double
ReferenceGTF — Имя GTF или файла GFF раньше оценивало выражение изоформыИмя GTF или файла GFF, содержащего ссылочную аннотацию раньше, оценивало выражение изоформы, заданное как строка или вектор символов. Если вы обеспечиваете файл ReferenceGTF, функция не собирает новых расшифровок стенограммы и игнорирует любые выравнивания, несовместимые со ссылочными расшифровками стенограммы.
Пример: 'isoest.gtf'
Типы данных: char | string
Seed — Отберите для генератора случайных чисел0 (значение по умолчанию) | неотрицательное целое числоОтберите для генератора случайных чисел, заданного как неотрицательное целое число. Устанавливание значения seed гарантирует воспроизводимость результатов анализа.
Пример: 10
Типы данных: double
SmallAnchorFraction — Минимальный процент выравнивания на каждой стороне соединения соединения встык0.09 (значение по умолчанию) | скаляр между 0 и 1Минимальный процент выравнивания на каждой стороне соединения соединения встык, заданного как скаляр между 0 и 1. Функция фильтрует выравнивания с процентом, меньшим, чем это значение свойства до блока.
Пример: 0.1
Типы данных: double
TranscriptPrefix — Префикс для transfrags, о котором сообщают, в файле вывода GTF"CUFF" (значение по умолчанию) | представляет в виде строки | вектор символовПрефикс для transfrags, о котором сообщают, в файле вывода GTF, заданном как строка или вектор символов. Эта опция должна быть строкой или вектором символов с ненулевой длиной.
Пример: "tfrags"
Типы данных: char | string
TrimCoverageThreshold — Минимальное среднее покрытие необходимо для 3' обрезки10 (значение по умолчанию) | положительное целое числоМинимальное среднее покрытие для 3' обрезки, заданной как положительное целое число.
Пример 8
Типы данных: double
TrimDropoffFraction — Минимальный процент среднего покрытия0.1 (значение по умолчанию) | скаляр между 0 и 1Минимальный процент среднего покрытия для обрезки 3' концов собранных расшифровок стенограммы, заданных как скаляр между 0 и 1.
Пример: 0.15
Типы данных: double
Версия Поддерживаемая версияЭто свойство доступно только для чтения.
Поддерживаемая версия исходного программного обеспечения запонок, возвращенного как строка.
Пример: "2.2.1"
Типы данных: string
getCommand | Переведите свойства объектов в исходный синтаксис опций |
getOptionsTable | Возвратите таблицу со всеми свойствами и эквивалентные опции в исходном синтаксисе |
Создайте объект CufflinksOptions со значениями по умолчанию.
opt = CufflinksOptions;
Создайте объект с помощью пар "имя-значение".
opt2 = CufflinksOptions('TranscriptPrefix',"MATLAB",'NumThreads',4)
Создайте объект при помощи исходного синтаксиса cufflinks.
opt3 = CufflinksOptions('--label MATLAB --num-threads 4')Создайте объект CufflinksOptions задать опции запонок, такие как количество параллельных потоков и выходной директории, чтобы сохранить результаты.
cflOpt = CufflinksOptions;
cflOpt.NumThreads = 8;
cflOpt.OutputDirectory = "./cufflinksOut";Файлы SAM предусмотрели этот пример, содержат выровненные чтения для Микоплазмы pneumoniae от двух выборок с три, реплицирует каждого. Чтения моделируются 100bp-чтения для двух генов (gyrA и gyrB) расположенный друг рядом с другом на геноме. Все чтения сортируются по ссылочному положению, как требуется по cufflinks.
sams = ["Myco_1_1.sam","Myco_1_2.sam","Myco_1_3.sam",... "Myco_2_1.sam", "Myco_2_2.sam", "Myco_2_3.sam"];
Соберите транскриптом от выровненных чтений.
[gtfs,isofpkm,genes,skipped] = cufflinks(sams,cflOpt);
gtfs является списком файлов GTF, которые содержат собранные изоформы.
Сравните собранные изоформы с помощью cuffcompare.
stats = cuffcompare(gtfs);
Объедините собранные расшифровки стенограммы с помощью cuffmerge.
mergedGTF = cuffmerge(gtfs,'OutputDirectory','./cuffMergeOutput');
mergedGTF сообщает о только одной расшифровке стенограммы. Это вызвано тем, что два гена интереса расположены друг рядом с другом, и cuffmerge не может отличить два отличных гена. Чтобы вести cuffmerge, используйте ссылочный GTF (gyrAB.gtf), содержащий информацию об этих двух генах. Если файл не расположен в той же директории, от которой вы запускаете cuffmerge, необходимо также задать путь к файлу.
gyrAB = which('gyrAB.gtf'); mergedGTF2 = cuffmerge(gtfs,'OutputDirectory','./cuffMergeOutput2',... 'ReferenceGTF',gyrAB);
Вычислите распространенности (уровни экспрессии) от выровненных чтений для каждой выборки.
abundances1 = cuffquant(mergedGTF2,["Myco_1_1.sam","Myco_1_2.sam","Myco_1_3.sam"],... 'OutputDirectory','./cuffquantOutput1'); abundances2 = cuffquant(mergedGTF2,["Myco_2_1.sam", "Myco_2_2.sam", "Myco_2_3.sam"],... 'OutputDirectory','./cuffquantOutput2');
Оцените значение изменений в выражении для генов и расшифровок стенограммы между условиями путем выполнения тестирования дифференциала с помощью cuffdiff. Функция cuffdiff действует на двух отличных шагах: функция сначала оценивает распространенности от выровненных чтений, и затем выполняет статистический анализ. В некоторых случаях (например, распределяя вычисляющий загрузку через несколько рабочих), выполнение двух шагов отдельно желательно. После выполнения первого шага с cuffquant можно затем использовать бинарный выходной файл CXB в качестве входа к cuffdiff, чтобы выполнить статистический анализ. Поскольку cuffdiff возвращает несколько файлов, укажите, что выходная директория рекомендуется.
isoformDiff = cuffdiff(mergedGTF2,[abundances1,abundances2],... 'OutputDirectory','./cuffdiffOutput');
Отобразите таблицу, содержащую дифференциальные результаты испытаний выражения для этих двух генов gyrB и gyrA.
readtable(isoformDiff,'FileType','text')
ans =
2×14 table
test_id gene_id gene locus sample_1 sample_2 status value_1 value_2 log2_fold_change_ test_stat p_value q_value significant
________________ _____________ ______ _______________________ ________ ________ ______ __________ __________ _________________ _________ _______ _______ ___________
'TCONS_00000001' 'XLOC_000001' 'gyrB' 'NC_000912.1:2868-7340' 'q1' 'q2' 'OK' 1.0913e+05 4.2228e+05 1.9522 7.8886 5e-05 5e-05 'yes'
'TCONS_00000002' 'XLOC_000001' 'gyrA' 'NC_000912.1:2868-7340' 'q1' 'q2' 'OK' 3.5158e+05 1.1546e+05 -1.6064 -7.3811 5e-05 5e-05 'yes'
Можно использовать cuffnorm, чтобы сгенерировать нормированные таблицы выражения для последующих анализов. результаты cuffnorm полезны, когда у вас есть много выборок, и вы хотите кластеризировать их или уровни экспрессии графика для генов, которые важны в вашем исследовании. Обратите внимание на то, что вы не можете выполнить дифференциальный анализ выражения с помощью cuffnorm.
Задайте массив ячеек, где каждый элемент является вектором строки, содержащим имена файлов для одной выборки с, реплицирует.
alignmentFiles = {["Myco_1_1.sam","Myco_1_2.sam","Myco_1_3.sam"],...
["Myco_2_1.sam", "Myco_2_2.sam", "Myco_2_3.sam"]}
isoformNorm = cuffnorm(mergedGTF2, alignmentFiles,...
'OutputDirectory', './cuffnormOutput');
Отобразите таблицу, содержащую нормированные уровни экспрессии для каждой расшифровки стенограммы.
readtable(isoformNorm,'FileType','text')
ans =
2×7 table
tracking_id q1_0 q1_2 q1_1 q2_1 q2_0 q2_2
________________ __________ __________ __________ __________ __________ __________
'TCONS_00000001' 1.0913e+05 78628 1.2132e+05 4.3639e+05 4.2228e+05 4.2814e+05
'TCONS_00000002' 3.5158e+05 3.7458e+05 3.4238e+05 1.0483e+05 1.1546e+05 1.1105e+05
Имена столбцов начиная с q имеют формат: conditionX_N, указывая, что столбец содержит значения для, реплицируют N conditionX.
[1] Trapnell, C., Б. Уильямс, Г. Пертеа, А. Мортэзэви, Г. Кван, Дж. ван Бэрен, С. Залцберг, B. Пустошь и Л. Пэчтер. 2010. Блок расшифровки стенограммы и квантификация RNA-Seq показывают неаннотируемые расшифровки стенограммы и изоформу, переключающуюся во время клеточной дифференцировки. Биотехнология природы. 28:511–515.
[2] Mortazavi, A., Б. Уильямс, К. Макку, Л. Шэеффер и Б. Уолд. 2008. Отображение и определение количества транскриптомов млекопитающих RNA-Seq. Методы природы. 5:621-628.
cuffcompare | cuffdiff | cuffgffread | cuffgtf2sam | cufflinks | cuffmerge | cuffnorm | cuffquant
1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.
2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.
3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.
4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.
5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.