baselookup

Найдите коды нуклеотида, целые числа, имена и дополнения

Синтаксис

baselookup baselookup('Complement', SeqNT) baselookup('Code', CodeValue) baselookup('Integer', IntegerValue) baselookup('Name', NameValue)

Аргументы

`SeqNT`	Последовательность (последовательности) нуклеотида, представленная одним из следующего: Вектор символов или строка, содержащая однобуквенные коды из таблицы Nucleotide Lookup Массив ячеек последовательностей Двумерный символьный массив последовательностей Примечание Если вход является несколькими последовательностями, дополнение для каждой последовательности определяется независимо.
`CodeValue`	Алфавитный код нуклеотида, представленный одним из следующего: Вектор символов или строка, задающая однобуквенный код, представляющий нуклеотид. Для допустимых однобуквенных кодов см. таблицу Nucleotide Lookup. Массив ячеек алфавитных кодов. Двумерный символьный массив алфавитных кодов.
`IntegerValue`	Одно целое число, представляющее нуклеотид. Для допустимых целых чисел см. таблицу Nucleotide Lookup.
`NameValue`	Имя нуклеотида, представленное одним из следующего: Вектор символов или строка, задающая имя нуклеотида. Для допустимых имен нуклеотида см. таблицу Nucleotide Lookup. Массив ячеек имен. Двумерный символьный массив имен.

Описание

baselookup отображает таблицу кодов нуклеотида, целых чисел, имен и дополнений.

Поиск нуклеотида

Код	Целое число	Имя нуклеотида	Значение	Дополнение
`A`	1	Аденин	`A`	`T`
`C`	2	Цитозин	`C`	`G`
`G`	3	Гуанин	`G`	`C`
`T`	4	Тимин	`T`	`A`
`U`	4	Урацил	`U`	`A`
`R`	5	Пурин	`A` или `G`	`Y`
`Y`	6	Пиримидин	`C` или `T`	`R`
`K`	7	Keto	`G` или `T`	`M`
`M`	8	Аминопласт	`A` или `C`	`K`
`S`	9	Сильное взаимодействие (3 связи H)	`C` или `G`	`S`
`W`	10	Слабое взаимодействие (2 связи H)	`A` или `T`	`W`
`B`	11	Не `A`	`C` или `G` или `T`	`V`
`D`	12	Не `C`	`A` или `G` или `T`	`H`
`H`	13	Не `G`	`A` или `C` или `T`	`D`
`V`	14	Не `T` или `U`	`A` или `C` или `G`	`B`
`N`, `X`	15	Любой нуклеотид	`A` или `C` или `G` или `T` или `U`	`N`
`-`	16	Разрыв неопределенной длины	Разрыв	`-`

baselookup('Complement', SeqNT) отображает дополнительную последовательность нуклеотида.

baselookup('Code', CodeValue) отображает соответствующее значение и имя нуклеотида. Для неоднозначных кодов нуклеотида (R, Y, K, M, S, W, B, D, H, V, N и X), имя нуклеотида является описательным именем.

baselookup('Integer', IntegerValue) отображает соответствующий алфавитный код, значение и имя нуклеотида.

baselookup('Name', NameValue) отображает соответствующий алфавитный код, значение, и имя нуклеотида или описательное имя.

Примеры

свернуть все

Преобразуйте последовательность нуклеотида в ее дополнительную последовательность

Скрипт Open Live Script

baselookup('Complement', 'TAGCTGRCCAAGGCCAAGCGAGCTTN')

ans = 
    'ATCGACYGGTTCCGGTTCGCTCGAAN
     '

Отобразите значение и имя нуклеотида или описательное имя для кодов G и Y нуклеотида.

baselookup('Code', 'G')

ans = 
    'G	Guanine
     '

baselookup('Code', 'Y')

ans = 
    'T|C	pYrimidine
     '

Отобразите алфавитный код нуклеотида, значение, и имя нуклеотида или описательное имя для целых чисел 1 и 7.

baselookup('Integer', 1)

ans = 
    'A	A - Adenine
     '

baselookup('Integer', 7)

ans = 
    'K	G|T - Keto
     '

Отобразите соответствующий алфавитный код нуклеотида, значение и имя для цитозина и пурина.

baselookup('Name','cytosine')

ans = 
    'C	C - Cytosine
     '

baselookup('Name','purine')

ans = 
    'R	G|A - puRine
     '

Документация

baselookup

Синтаксис

Аргументы

Примечание

Описание

Примеры

Преобразуйте последовательность нуклеотида в ее дополнительную последовательность

Смотрите также

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка