Представление всех данных в объекте ExpressionSet

Обзор объектов ExpressionSet

Можно хранить все данные об эксперименте микромассивов и информацию в одном объекте путем сборки следующего в объект ExpressionSet:

Один объект ExptData, содержащий значения выражения от микромассива, экспериментирует в одном или нескольких объектах DataMatrix
Один объект MetaData, содержащий демонстрационные метаданные в двух массивах набора данных
Один объект MetaData, содержащий метаданные функции в двух массивах набора данных
Один объект MIAME, содержащий описания эксперимента

Следующая диаграмма иллюстрирует типичный объект ExpressionSet и его объекты компонента.

Каждый элемент (объект DataMatrix) в объекте ExpressionSet имеет имя элемента. Кроме того, всегда существует один объект DataMatrix, именем элемента которого является Expressions.

Объект ExpressionSet позволяет вам сохранить, справиться, и подмножество данные из эксперимента экспрессии гена микромассивов. Объект ExpressionSet включает свойства и методы, которые позволяют вам доступ, получают, и данные об изменении, метаданные и другая информация об эксперименте микромассивов. Эти свойства и методы полезны, чтобы просмотреть и анализировать данные. Для списка свойств и методов, смотрите класс ExpressionSet.

Построение объектов ExpressionSet

Примечание

Следующая процедура принимает, что вы выполнили пример кода в предыдущих разделах:

Импортируйте пакет bioma так, чтобы функция конструктора ExpressionSet была доступна.
```
import bioma.*
```
Создайте объект ExpressionSet из EDObj, объект ExptData, MDObj2, объект MetaData, содержащий демонстрационную переменную информацию, и MIAMEObj, объект MIAME.
```
ESObj = ExpressionSet(EDObj, 'SData', MDObj2, 'EInfo', MIAMEObj1);
```

Отобразите информацию об объекте ExpressionSet, ESObj.

ESObj

ExpressionSet
Experiment Data: 500 features, 26 samples
  Element names: Expressions
Sample Data:
    Sample names:     A, B, ...,Z (26 total)
    Sample variable names and meta information: 
        Gender:  Gender of the mouse in study
        Age:  The number of weeks since mouse birth
        Type:  Genetic characters
        Strain:  The mouse strain
        Source:  The tissue source for RNA collection
Feature Data: none
Experiment Information: use 'exptInfo(obj)'

Для полной информации при построении объектов ExpressionSet смотрите класс ExpressionSet.

Используя свойства объекта ExpressionSet

К свойствам доступа объекта ExpressionSet используйте следующий синтаксис:

objectname.propertyname

Например, чтобы определить количество выборок в объекте ExpressionSet:

ESObj.NSamples

ans =

    26

Примечание

Имена свойства являются чувствительными к регистру. Для списка и описания всех свойств объекта ExpressionSet, смотрите класс ExpressionSet.

Используя методы объекта ExpressionSet

Чтобы использовать методы объекта ExpressionSet, используйте любой из следующих синтаксисов:

objectname.methodname

или

methodname(objectname)

Например, чтобы получить демонстрационные имена переменных из объекта ExpressionSet:

ESObj.sampleVarNames

ans = 

    'Gender'    'Age'    'Type'    'Strain'    'Source'

Получать информацию об эксперименте, содержавшуюся в объекте ExpressionSet:

exptInfo(ESObj)

ans = 

Experiment description
  Author name: Mika,,Silvennoinen
Riikka,,KivelÃ¤
Maarit,,Lehti
Anna-Maria,,Touvras
Jyrki,,Komulainen
Veikko,,Vihko
Heikki,,Kainulainen
  Laboratory: XYZ Lab
  Contact information: Mika,,Silvennoinen
  URL: 
  PubMedIDs: 17003243
  Abstract: A 90 word abstract is available Use the Abstract property.
  Experiment Design: A 234 word summary is available Use the ExptDesign property.
  Other notes: 
    [1x80 char]

Примечание

Для полного списка методов объекта ExpressionSet смотрите класс ExpressionSet.

Документация