preset

Установите комбинацию опций выравнивания

свернуть все на странице

Синтаксис

preset(object,P)

Описание

пример

preset(object,P) устанавливает комбинацию опций выравнивания (свойства объектов) к предопределенным значениям для типичных компромиссов между временем выполнения и чувствительностью. Функция устанавливает следующие свойства объектов: NumReseedings, NumSeedExtensions, NumSeedMismatches, SeedIntervalFunction, SeedLength, и Mode.

preset требует Интерфейса Bioinformatics Toolbox™ для Выравнивателя Галстука-бабочки. Если этот пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты Программной поддержки Bioinformatics Toolbox.

Примечание

preset поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.

Примеры

свернуть все

Создайте набор индексных файлов для генома Дрозофилы. Сообщение об ошибке появляется, если у вас нет Интерфейса Bioinformatics Toolbox для пакета поддержки Выравнивателя Галстука-бабочки установленным, когда вы запускаете функцию. Щелкните по обеспеченной ссылке, чтобы загрузить пакет с меню Дополнения.

В данном примере ссылочная последовательность Dmel_chr4.fa уже предоставлен тулбокс.

status = bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index');

Если сборка индекса успешна, функция возвращает 0 и создает индексные файлы (*.bt2) в текущей папке. Файлы имеют префиксный 'Dmel_chr4_index'.

Если индекс готов, сопоставьте последовательности чтения со ссылкой. Парный конец считал файлы (SRR6008575_10k_1.fq и SRR6008575_10k_2.fq) уже предоставлены тулбокс.

Создайте объект опций.

 alignOpt = Bowtie2AlignOptions;

Некоторые предварительно установленные опции задают комбинацию значений для нескольких параметров выравнивания одновременно. Используйте пустую строку, чтобы видеть список всех предварительно установленных опций.

preset(alignOpt,'')
ans =

  8×6 table

                          NumSeedExtensions    NumReseedings    NumSeedMismatches    SeedLength    SeedIntervalFunction       Mode   
                          _________________    _____________    _________________    __________    ____________________    __________

    Fast                         10                  2                  0                22             'S,0,2.50'         'EndToEnd'
    LocalFast                    10                  2                  0                22             'S,1,1.75'         'Local'   
    LocalSensitive               15                  2                  0                20             'S,1,0.75'         'Local'   
    LocalVeryFast                 5                  1                  0                25             'S,1,2.00'         'Local'   
    LocalVerySensitive           20                  3                  0                20             'S,1,0.50'         'Local'   
    Sensitive                    15                  2                  0                22             'S,1,1.15'         'EndToEnd'
    VeryFast                      5                  1                  0                22             'S,0,2.50'         'EndToEnd'
    VerySensitive                20                  3                  0                20             'S,1,0.50'         'EndToEnd'

Выровняйте использование 'Fast' опция, которая делает процесс выравнивания быстрее, но менее чувствительным и менее точным.

preset(alignOpt,'Fast');

Сопоставьте чтения со ссылкой с помощью заданных опций выравнивания.

flag = run(alignOpt,'Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4_fast.sam');

Выход является SAM-отформатированным файлом, который содержит результаты отображения.

Входные параметры

свернуть все

Опции выравнивания в виде Bowtie2AlignOptions объект.

Пример: alignOpt

Задайте опцию в виде вектора символов. Допустимыми опциями является 'Sensitive', 'VerySensitive', 'Fast', 'VeryFast', 'LocalFast', 'LocalVeryFast', 'LocalSensitive', 'LocalVerySensitive', и ''. Используйте пустой символьный вектор '' отобразить предопределенные значения для каждой предварительно установленной опции.

Пример: 'LocalFast'

Ссылки

[1] Langmead, B. и С. Залцберг. "Быстро содержащий разрывы считанное выравнивание с Галстуком-бабочкой 2". Методы природы. 9, 2012, 357–359.

Смотрите также

| | | | |

Внешние веб-сайты

Введенный в R2018a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте