run

Сопоставьте чтения последовательности со ссылочной последовательностью с помощью Галстука-бабочки 2

свернуть все на странице

Синтаксис

run(object,indexBaseName,reads1,reads2,outputFileName)
run(___,'IncludeAll',TF)
flag = run(___)

Описание

пример

run(object,indexBaseName,reads1,reads2,outputFileName) сопоставляет чтения секвенирования от reads1 и reads2 против ссылочной последовательности и записей результаты к выходному файлу outputFileName. Вход indexBaseName представляет базовое имя (префикс) файлов справочного указателя. object Bowtie2AlignOptions объект.

run требует Интерфейса Bioinformatics Toolbox™ для Выравнивателя Галстука-бабочки. Если этот пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты Программной поддержки Bioinformatics Toolbox.

Примечание

run поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.

пример

run(___,'IncludeAll',TF) задает, использовать ли все свойства объектов и их соответствующие значения при выполнении bowtie2. Задайте эту опцию после всех других входных параметров. По умолчанию только модифицированные свойства используются, чтобы запуститься bowtie2.

пример

flag = run(___) возвращает выход flag из функции с помощью любого из входных параметров в предыдущих синтаксисах.

Примеры

свернуть все

Сначала создайте набор индексных файлов для генома Дрозофилы. Сообщение об ошибке появляется, если у вас нет Интерфейса Bioinformatics Toolbox для пакета поддержки Выравнивателя Галстука-бабочки установленным, когда вы запускаете функцию. Щелкните по обеспеченной ссылке, чтобы загрузить пакет с меню Дополнения.

В данном примере ссылочная последовательность Dmel_chr4.fa уже предоставлен тулбокс.

status = bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index');

Если сборка индекса успешна, функция возвращает 0 и создает индексные файлы (*.bt2) в текущей папке. Файлы имеют префиксный 'Dmel_chr4_index'.

Если индекс готов, сопоставьте последовательности чтения со ссылкой. Парный конец считал файлы (SRR6008575_10k_1.fq и SRR6008575_10k_2.fq) уже предоставлены тулбокс.

Создайте объект опций.

 alignOpt = Bowtie2AlignOptions;

Обрежьте четыре остатка от 3' закончите перед выравниванием.

 alignOpt.Trim3 = 4;

Сопоставьте чтения со ссылкой с помощью заданной опции выравнивания.

flag = run(alignOpt,'Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4_trimmed.sam');

Выход является SAM-отформатированным файлом, который содержит результаты отображения.

Входные параметры

свернуть все

Опции выравнивания в виде Bowtie2AlignOptions объект.

Пример: 'alignOpt'

Базовое имя (префикс) файлов справочного указателя в виде вектора символов или строки. Индексные файлы находятся в BT2 или BT21 формат.

Пример: 'Dmel_chr4'

Типы данных: char | string

Имена файлов с первыми чтениями помощника или одно концом читают в виде вектора символов или строки.

Для данных парного конца, последовательностей в reads1 должен соответствовать файл для файла и чтение для чтения к последовательностям в reads2.

Пример: 'SRR6008575_10k_1.fq'

Типы данных: char | string

Имена файлов со вторым помощником читают в виде вектора символов или строки.

Задайте reads2 как пустой символьный вектор или строка ('' или "") если данные состоят из чтений одно конца только.

Пример: 'SRR6008575_10k_2.fq'

Типы данных: char | string

Имя выходного файла в виде вектора символов или строки. Этот файл содержит результаты отображения.

Пример: 'SRR6008575_10k_chr4.sam'

Типы данных: char | string

Отметьте, чтобы использовать все свойства объектов и их соответствующие значения, когда вы запустите функцию в виде true или false. По умолчанию только модифицированные свойства используются.

Пример: true

Выходные аргументы

свернуть все

Статус выхода функции, возвращенной как целое число. flag 0 если функция запускается без ошибок или предупреждения. В противном случае это является ненулевым.

Ссылки

[1] Langmead, B. и С. Залцберг. "Быстро содержащий разрывы считанное выравнивание с Галстуком-бабочкой 2". Методы природы. 9, 2012, 357–359.

Смотрите также

| | | | |

Внешние веб-сайты

Введенный в R2018a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте