Создайте Галстук-бабочку 2 индексных файла
run(
Галстук-бабочка сборок 2 индексных файла от ссылочной информации о последовательности, сохраненной в файлах FASTA, задан object
,referenceFileNames
,indexBaseName
)referenceFileNames
.
run
требует Интерфейса Bioinformatics Toolbox™ для Выравнивателя Галстука-бабочки. Если этот пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты Программной поддержки Bioinformatics Toolbox.
Примечание
run
поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.
run(___,'IncludeAll',
задает, использовать ли все свойства объектов и их соответствующие значения при выполнении TF
)bowtie2build
. Задайте эту опцию после всех других входных параметров. По умолчанию только модифицированные свойства используются, чтобы запустить функцию.
[1] Langmead, B. и С. Залцберг. "Быстро содержащий разрывы считанное выравнивание с Галстуком-бабочкой 2". Методы природы. 9, 2012, 357–359.
bowtie2
| Bowtie2AlignOptions
| bowtie2build
| Bowtie2BuildOptions
| bowtie2inspect
| Bowtie2InspectOptions