run

Смотрите Галстук-бабочку 2 индексных файла

свернуть все на странице

Синтаксис

run(object,indexBaseName,outputFileName)
run(___,'IncludeAll',TF)
flag = run(___)

Описание

пример

run(object,indexBaseName,outputFileName) смотрит Галстук-бабочку 2 индексных файла с префиксным indexBaseName, проверяет последовательности исходной ссылки, используемые, чтобы создать индекс, и сохраняет ссылочные последовательности в выходном файле outputFileName. Аргумент object Bowtie2InspectOptions объект.

run требует Интерфейса Bioinformatics Toolbox™ для Выравнивателя Галстука-бабочки. Если этот пакет поддержки не установлен, то функция обеспечивает ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты Программной поддержки Bioinformatics Toolbox.

Примечание

run поддерживается на Mac и платформах UNIX® только.

пример

run(___,'IncludeAll',TF) задает, использовать ли все свойства объектов и их соответствующие значения, когда вы запускаетесь bowtie2inspect. Задайте эту опцию после всех других входных параметров. По умолчанию только модифицированные свойства используются, чтобы запуститься bowtie2inspect.

пример

flag = run(___) возвращает выход flag из функции с помощью любого из входных параметров в предыдущих синтаксисах.

Примеры

свернуть все

Получите информацию о ссылочной последовательности, используемой, чтобы создать соответствующие индексные файлы. Сообщение об ошибке появляется, если у вас нет Интерфейса Bioinformatics Toolbox для пакета поддержки Выравнивателя Галстука-бабочки установленным, когда вы запускаете функцию. Щелкните по обеспеченной ссылке, чтобы загрузить пакет с меню Дополнения.

Создайте объект опций.

inspectOpt = Bowtie2InspectOptions;

Смотрите индекс и получите информацию о ссылочной последовательности. По умолчанию, выходной файл Dmel_chr4_retrieved.fa содержит фактическую последовательность ссылки, используемой, чтобы создать индекс. Если функция запускается без какого-либо предупреждения или ошибки, это возвращает 0.

flag = run(inspectOpt,'Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_retrieved.fa');

Входные параметры

свернуть все

Опции, чтобы смотреть индексные файлы в виде Bowtie2InspectOptions объект.

Пример: 'inspectOpt'

Базовое имя (префикс) файлов справочного указателя в виде вектора символов или строки. Индексные файлы находятся в BT2 или BT21 формат.

Пример: 'Dmel_chr4'

Типы данных: char | string

Имя выходного файла в виде строки или вектора символов. По умолчанию выходной файл содержит ссылочные последовательности, которые используются, чтобы создать индексные файлы.

Пример: 'refSeq.fa'

Типы данных: char | string

Отметьте, чтобы использовать все свойства объектов и их соответствующие значения, когда вы запустите функцию в виде true или false. По умолчанию только модифицированные свойства используются.

Пример: true

Выходные аргументы

свернуть все

Статус выхода функции, возвращенной как целое число. flag 0 если функция запускается без ошибок или предупреждения. В противном случае это является ненулевым.

Ссылки

[1] Langmead, B. и С. Залцберг. "Быстро содержащий разрывы считанное выравнивание с Галстуком-бабочкой 2". Методы природы. 9, 2012, 357–359.

Смотрите также

| | | | |

Внешние веб-сайты

Введенный в R2018a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте