Вычислите частоту кодона для каждой аминокислоты, закодированной для в последовательности нуклеотида
CodonFreq
= codonbias(SeqNT
)
CodonFreq
= codonbias(SeqNT
,
...'GeneticCode', GeneticCodeValue
, ...)
CodonFreq
= codonbias(SeqNT
,
...'Frame', FrameValue
, ...)
CodonFreq
= codonbias(SeqNT
,
...'Reverse', ReverseValue
, ...)
CodonFreq
= codonbias(SeqNT
,
...'Ambiguous', AmbiguousValue
, ...)
CodonFreq
= codonbias(SeqNT
,
...'Pie', PieValue
, ...)
SeqNT | Одно из следующего:
Допустимые символы включают
|
GeneticCodeValue | Целое число, вектор символов или строка, задающая номер генетического кода или кодовое название из таблицы Genetic Code. Значением по умолчанию является Совет Если вы используете кодовое название, можно обрезать имя к первым двум буквам имени. |
FrameValue | Целое число, задающее рамку считывания в последовательности нуклеотида. Выбором является |
ReverseValue | Управляет возвратом частоты кодона для противоположной дополнительной последовательности последовательности нуклеотида, заданной SeqNT . Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
AmbiguousValue | Вектор символов или строка, задающая, как обработать кодоны, содержащие неоднозначные символы нуклеотида (
|
PieValue | Управляет созданием фигуры 20 круговых диаграмм, один для каждой аминокислоты. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
CodonFreq | Структура MATLAB, содержащая поле для каждой аминокислоты, каждый из которых содержит связанные частоты кодона как проценты. |
Много аминокислот закодированы двумя или больше кодонами нуклеиновой кислоты. Однако вероятность, что определенный кодон (от всех возможных кодонов для аминокислоты) используется, чтобы закодировать аминокислоту, варьируется между последовательностями. Знание частоты каждого кодона в последовательности кодирования белка для каждой аминокислоты является полезной статистической величиной.
вычисляет частоту кодона в проценте для каждой аминокислоты, закодированной для в CodonFreq
= codonbias(SeqNT
)SeqNT
, последовательность нуклеотида, и возвращает результаты в CodonFreq
, структура MATLAB, содержащая поле для каждой аминокислоты.
вызовы CodonFreq
= codonbias (SeqNT
PropertyName
', PropertyValue
, ...)codonbias
с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName
должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
задает генетический код. Выбор для CodonFreq
= codonbias(SeqNT
,
...'GeneticCode', GeneticCodeValue
, ...)GenetidCodeValue
целое число, вектор символов или строка, задающая номер кода или кодовое название из таблицы Genetic Code. Если вы используете кодовое название, можно обрезать имя к первым двум символам имени. Значением по умолчанию является 1
или 'Standard'
.
Совет
Если вы используете кодовое название, можно обрезать имя к первым двум буквам имени.
вычисляет частоту кодона в рамке считывания, заданной CodonFreq
= codonbias(SeqNT
,
...'Frame', FrameValue
, ...)FrameValue
, который может быть 1
(значение по умолчанию), 2
, или 3
.
управляет возвратом частоты кодона для противоположного дополнения последовательности нуклеотида, заданной CodonFreq
= codonbias(SeqNT
,
...'Reverse', ReverseValue
, ...)SeqNT
. Выбором является true
или false
(значение по умолчанию).
задает, как обработать кодоны, содержащие неоднозначные символы нуклеотида. Выбором является CodonFreq
= codonbias(SeqNT
,
...'Ambiguous', AmbiguousValue
, ...)'ignore'
(значение по умолчанию), 'prorate'
, и 'warn'
.
управляет созданием фигуры 20 круговых диаграмм, один для каждой аминокислоты. Выбором является CodonFreq
= codonbias(SeqNT
,
...'Pie', PieValue
, ...)true
или false
(значение по умолчанию).
Генетический код
Номер кода | Кодовое название |
---|---|
1
| Standard |
2
| Vertebrate Mitochondrial |
3
| Yeast Mitochondrial |
4
| Mold , Protozoan , Coelenterate Mitochondrial , и Mycoplasma/Spiroplasma |
5
| Invertebrate Mitochondrial |
6
| Ciliate , Dasycladacean , и Hexamita Nuclear |
9
| Echinoderm Mitochondrial |
10
| Euplotid Nuclear |
11
| Bacterial и Plant Plastid |
12
| Alternative Yeast Nuclear |
13
| Ascidian Mitochondrial |
14
| Flatworm Mitochondrial |
15
| Blepharisma Nuclear |
16
| Chlorophycean Mitochondrial |
21
| Trematode Mitochondrial |
22
| Scenedesmus Obliquus Mitochondrial |
23
| Thraustochytrium Mitochondrial |