Возвратите информацию о файле SAM
InfoStruct
= saminfo(File
)
InfoStruct = saminfo(File,Name,Value)
возвращает структуру MATLAB®, содержащую итоговую информацию о SAM-отформатированном файле.InfoStruct
= saminfo(File
)
возвращает структуру MATLAB с дополнительными опциями, заданными одним или несколькими InfoStruct
= saminfo(File
,Name,Value
)Name,Value
парные аргументы.
|
Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла SAM-отформатированного файла. Если вы задаете только имя файла, тот файл должен быть на пути поиска файлов MATLAB или в Текущей папке. |
Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value
аргументы. Name
имя аргумента и Value
соответствующее значение. Name
должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN
.
|
Логический, который управляет включением Примечание Установка По умолчанию: false |
|
Логический, который управляет сканированием SAM-отформатированного файла, чтобы определить ссылочные имена и количество чтений, выровненных к каждой ссылке. Если По умолчанию: false |
|
Структура MATLAB, содержащая итоговую информацию о SAM-отформатированном файле. Структура содержит эти поля.
* — ** — Эти структуры и их поля появляются в структуре output, только если они находятся в файле SAM. Информация в этих структурах зависит от информации в файле SAM. |
Возвратите информацию о ex1.sam
файл включал с Bioinformatics Toolbox™:
info = saminfo('ex1.sam')
info = Filename: 'ex1.sam' FilePath: [1x89 char] FileSize: 254270 FileModDate: '12-May-2011 14:23:25' Header: [1x1 struct] SequenceDictionary: [1x1 struct] ReadGroup: [1x2 struct] NumReads: [] ScannedDictionary: {0x1 cell} ScannedDictionaryCount: [0x1 uint64]
Возвратите информацию о ex1.sam
файл включая количество чтений последовательности:
info = saminfo('ex1.sam','numofreads', true)
info = Filename: 'ex1.sam' FilePath: [1x89 char] FileSize: 254270 FileModDate: '12-May-2011 14:23:25' Header: [1x1 struct] SequenceDictionary: [1x1 struct] ReadGroup: [1x2 struct] NumReads: 1501 ScannedDictionary: {0x1 cell} ScannedDictionaryCount: [0x1 uint64]
Использование saminfo исследовать размер и содержимое файла SAM перед использованием samread функционируйте, чтобы считать содержимое файла в структуру MATLAB. |
BioIndexedFile
| BioMap
| fastainfo
| fastaread
| fastawrite
| fastqinfo
| fastqread
| fastqwrite
| samread
| sffinfo
| sffread