Запишите в файл с помощью формата FASTA
fastawrite(
File
, Data
)
fastawrite(File
, Header
, Sequence
)
File | Вектор символов или строка, задающая или имя файла или путь и имя файла для сохранения FASTA-отформатированных-данных. Если вы задаете только имя файла, |
Data | Любое следующее:
|
Header | Вектор символов или информация о заголовке строки, содержащей о последовательности. Этот текст появляется в заголовке FASTA-отформатированного файла, File . |
Sequence | Вектор символов или строка, содержащая аминокислота или последовательность нуклеотида с помощью стандартной буквы IUB/IUPAC или целочисленных кодов. Для списка допустимых символов смотрите Поиск Поиска или Нуклеотида Аминокислоты. |
fastawrite(
пишет содержимое File
, Data
)Data
к File
, FASTA-отформатированный файл. Если вы задаете существующий FASTA-отформатированный файл,fastawrite
добавляет данные к файлу, вместо того, чтобы перезаписать файл. Для технических требований FASTA-формата посетите https://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/fasta.shtml.
fastawrite(
пишет заданная информация о заголовке и последовательности в File
, Header
, Sequence
)File
, FASTA-отформатированный файл.
Совет
Чтобы добавить FASTA-отформатированные-данные к существующему файлу, просто задайте то имя файла. fastawrite
добавляют данные в конец файла.
Если вы используете fastawrite
в скрипте можно отключить добавлять предупреждающее сообщение путем ввода следующих командных строк перед fastawrite
команда:
warnState = warning %Save the current warning state warning('off','Bioinfo:fastawrite:AppendToFile');
fastawrite
команда:warning(warnState) %Reset warning state to previous settings
Получите последовательность для человеческого p53 гена от базы данных GenBank.
seq = getgenbank('NM_000546');
Считайте координаты области кодирования в линии CDS.
start = seq.CDS.indices(1) start = 198 stop = seq.CDS.indices(2) stop = 1379
Извлеките область кодирования.
codingSeq = seq.Sequence(start:stop);
Запишите область кодирования в FASTA-отформатированный файл, задав Coding region for p53
для Заголовка в файле и p53coding.txt
для имени файла.
fastawrite('p53coding.txt','Coding region for p53',codingSeq);
Запишите две последовательности нуклеотида в структуру MATLAB, содержащую поля Header
и Sequence
.
data(1).Sequence = 'ACACAGGAAA'; data(1).Header = 'First sequence'; data(2).Sequence = 'ACGTCAGGTC'; data(2).Header = 'Second sequence';
Запишите последовательности в FASTA-отформатированный файл, задав my_sequences.txt
для имени файла.
fastawrite('my_sequences.txt', data)
Отобразите FASTA-отформатированный файл, my_sequences.txt
.
type('my_sequences.txt') >First sequence ACACAGGAAA >Second sequence ACGTCAGGTC
Если вы уже не сделали так, создайте FASTA-отформатированный файл, my_sequences.txt
, описанный ранее.
Добавьте третью последовательность к файлу.
fastawrite('my_sequences.txt','Third sequence','TACTGACTTC')
Отобразите FASTA-отформатированный файл, my_sequences.txt
.
type('my_sequences.txt') >First sequence ACACAGGAAA >Second sequence ACGTCAGGTC >Third sequence TACTGACTTC
fastainfo
| fastaread
| fastqinfo
| fastqread
| fastqwrite
| genbankread
| genpeptread
| getgenbank
| getgenpept
| multialignwrite
| saminfo
| samread
| seqviewer
| sffinfo
| sffread