Запишите в файл с помощью формата FASTQ
fastqwrite(
File
, FASTQStruct
)
fastqwrite(File
, Header
, Sequence
, Qual
)
fastqwrite(
пишут содержимое структуры MATLAB® или массив структур к FASTQ-отформатированному файлу. Если вы задаете существующий FASTQ-отформатированный файл, File
, FASTQStruct
)fastqwrite
добавляет данные к файлу, вместо того, чтобы перезаписать файл.
fastqwrite(
заголовок записей, последовательность и информация о качестве к FASTQ-отформатированному файлу.File
, Header
, Sequence
, Qual
)
Совет
Чтобы добавить FASTQ-отформатированные-данные к существующему файлу, просто задайте то имя файла. fastqwrite
добавляют данные в конец файла.
Если вы используете fastqwrite
в скрипте можно отключить добавлять предупреждающее сообщение путем ввода следующих командных строк перед fastqwrite
команда:
warnState = warning %Save the current warning state warning('off','Bioinfo:fastqwrite:AppendToFile');
fastqwrite
команда:warning(warnState) %Reset warning state to previous settings
|
Вектор символов или строка, задающая или имя файла или путь и имя файла для сохранения FASTQ-отформатированных-данных. Если вы задаете только имя файла, |
|
Структура MATLAB или массив структур, содержащих поля |
|
Вектор символов или информация о заголовке строки, содержащей о последовательности нуклеотида. Этот текст появляется в заголовке FASTQ-отформатированного файла, |
|
Вектор символов или строка, содержащая последовательность нуклеотида с помощью стандартной буквы IUB/IUPAC или целочисленных кодов. Для списка допустимых символов смотрите Поиск Поиска или Нуклеотида Аминокислоты. |
|
Вектор символов или представление ASCII строки, содержащей качественной музыки на основу к последовательности нуклеотида. |
Запишите несколько последовательностей в файл FASTQ от массива структур:
% Read the contents of a FASTQ-formatted file into % an array of structures reads = fastqread('SRR005164_1_50.fastq'); % Create another array of structures for the first five reads reads5 = reads(1:5); % Write the first five reads to a separate FASTQ-formatted file fastqwrite('fiveReads.fastq', reads5)
Запишите одну последовательность в файл FASTQ от отдельных переменных:
% Create separate variables for the header, sequence, and % quality information of a nucleotide sequence h = 'MYSEQ-000_1_1_1_953_493'; s = 'GTTACCATGATGTTATTTCTTCATTTGGAGGTAAAA'; q = ']]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]T]]]]RJRZTQLOA'; % Write the information to a FASTQ-formatted file fastqwrite('oneRead.fastq', h, s, q)
BioIndexedFile
| BioRead
| fastainfo
| fastaread
| fastawrite
| fastqinfo
| fastqread
| fastqwrite
| saminfo
| samread
| sffinfo
| sffread