Начало работы с инструментарием биоинформатики

Биоинформатика Toolbox™ предоставляет алгоритмы и приложения для секвенирования следующего поколения (NGS), анализа микрочипов, масс-спектрометрии и онтологии генов. Используя функции панели инструментов, можно считывать геномные и протеомные данные из стандартных форматов файлов, таких как SAM, FASTA, CEL и CDF, а также из онлайн-баз данных, таких как NCBI Gene Expression Omnibus и GenBank ®. Можно исследовать и визуализировать эти данные с помощью браузеров последовательностей, пространственных тепловых карт и кластерграмм. Панель инструментов также предоставляет статистические методы для обнаружения пиков, вычисления значений для отсутствующих данных и выбора элементов.

Можно комбинировать функции панели инструментов для поддержки общих рабочих процессов биоинформатики. Можно использовать данные ChIP-Seq для идентификации факторов транскрипции; анализировать данные RNA-Seq для идентификации дифференциально экспрессируемых генов; идентифицировать варианты номера копии и SNP в данных микрочипов; и классифицируют белковые профили с использованием данных масс-спектрометрии.

Обучающие программы

• Изучение нуклеотидной последовательности с помощью приложения Sequence Viewer
  

  Используйте графический интерфейс для функций последовательности.

• Изучение последовательности белков с помощью приложения Sequence Viewer
  

  Используйте средство просмотра биологических последовательностей для исследования последовательностей белков

• Сравнение последовательностей с использованием алгоритмов выравнивания последовательностей
  

  Определение сходства между двумя последовательностями является общей задачей в вычислительной биологии.

• Просмотр и выравнивание нескольких последовательностей
  

  Используйте приложение «Последовательное выравнивание» для визуального осмотра нескольких трасс и внесения изменений вручную.

• Получение информации из веб-базы данных
  

  Пример создания функции get

• Обмен данными биоинформатики между Excel и MATLAB
  

  Пример использования электронной таблицы Link™ с программным обеспечением для просмотра биоинформатических данных

Характерные примеры

Сравнение целых геномов

Сравните целые геномы для организмов, что позволяет сравнивать организмы с очень разным разрешением относительно сравнений отдельных генов. Вместо того, чтобы просто сосредоточиться на различиях между гомологичными генами, вы можете получить представление о крупномасштабных особенностях геномной эволюции.

Открыть сценарий

Работа с данными всего генома

Создайте сопоставленный файл памяти для данных последовательности и работайте с ним без загрузки всей геномной последовательности в память. Целые геномы доступны для человеческих, мышиных, крысиных, фугу и ряда других модельных организмов. Для многих из этих организмов одна хромосома может быть длиной в несколько сотен миллионов пар оснований. Работа с такими большими наборами данных может быть сложной задачей, поскольку вы можете столкнуться с ограничениями используемого оборудования и программного обеспечения. В этом примере показан один из способов устранения этих ограничений в MATLAB ®.

Открыть сценарий

Идентификация дифференциально экспрессируемых генов из данных RNA-Seq

Тест данных РНК-Seq для дифференциально экспрессируемых генов с использованием отрицательной биномиальной модели.

Открыть сценарий