Приложение Sequence Alignment объединяет множество функций последовательности и выравнивания на панели инструментов. Вместо ввода команд в окне команд MATLAB ® можно использовать это приложение для визуального осмотра нескольких трасс и внесения ручных корректировок.
Прочитайте файл выравнивания нескольких последовательностей полипротеина gag для нескольких штаммов ВИЧ.
gagaa = multialignread('aagag.aln')Просмотр выровненных последовательностей в приложении «Выравнивание последовательностей».
seqalignviewer(gagaa);
Алгоритмы выравнивания нескольких последовательностей не всегда дают оптимальный результат. Визуальный осмотр трассы позволяет определить области, выравнивание которых можно улучшить с помощью ручной регулировки.
Чтобы лучше визуализировать трассы последовательности, можно увеличить масштаб изображения, выбрав меню «Отображение» > «Увеличить». Выберите этот параметр несколько раз, пока не будет достигнут требуемый уровень масштабирования.
Определите область, в которой можно улучшить трассу.
Щелкните букву или область. Выбранная область является центральным блоком. Затем можно перетащить последовательность (последовательности) влево или вправо от центрального блока.
Чтобы переместить одну букву (T в этом примере), щелкните и перетащите букву T (центральный блок) вправо, чтобы вставить промежуток.
Закройте промежуток, перетащив письмо влево.
Можно также переместить несколько остатков (подпоследовательность). Предположим, что требуется переместить подпоследовательность в доступные промежутки. Сначала выберите область разрыва, которую необходимо заполнить.
Перетащите подпоследовательности справа или слева от области промежутка в область промежутка.
Предположим, что требуется удалить одну или несколько выровненных последовательностей. Сначала выберите удаляемые последовательности. Затем выберите меню «Редактирование» > «Удалить последовательности ».
Удалите пустые столбцы, выбрав меню «Редактирование» > «Удалить пустые столбцы».
После правки выровненные последовательности или консенсусную последовательность можно экспортировать в файл FASTA или рабочую область MATLAB из меню Файл (File).
Можно перемещать строки (последовательности) вверх или вниз на одну строку. Можно также переместить выбранные строки в верхнюю или нижнюю часть списка.
Выбранная последовательность перемещается в нижнюю часть списка.
Можно создать филогенетическое дерево с помощью выровненных последовательностей из приложения. Можно выбрать подмножество последовательностей или использовать все последовательности для создания дерева.
Выберите меню «Отображение» > «Показать дерево» > «Выбранные»... для создания дерева из выбранных последовательностей.
Филогенетическое дерево для последовательностей отображается в приложении Филогенетическое дерево. Дополнительные сведения см. в разделе Использование приложения филогенетическое дерево.
Браузер NGS | seqalignviewer | Выравнивание последовательности | Просмотр последовательности