Создайте набор индексных файлов для генома дрозофилы. Если при запуске функции не установлен интерфейс панели инструментов биоинформатики для пакета поддержки Bowtie Aligner, появится сообщение об ошибке. Щелкните предоставленную ссылку, чтобы загрузить пакет из меню Add-on.

В этом примере ссылочная последовательность Dmel_chr4.fa уже поставляется с панелью инструментов.

status = bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index');

Если построение индекса выполнено успешно, функция возвращает 0 и создает индексные файлы (*.bt2) в текущей папке. Файлы имеют префикс 'Dmel_chr4_index'.

Иногда файлы индекса существуют, и требуется знать последовательность ссылок, используемую для построения индекса. В этом случае используйте bowtie2inspect для получения дополнительной информации о ссылке.

bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_retrieved.fa');

По умолчанию выходной файл Dmel_chr4_retrieved.fa содержит последовательность ссылки. Вместо фактической последовательности можно также получить сводную информацию о ссылочном имени и длине. Дополнительные сведения о доступных параметрах см. в разделе Bowtie2InspectOptions.

Как только индекс готов, сопоставьте считанные последовательности со ссылкой с помощью bowtie2 функция. Файлы для чтения на парной стороне (SRR6008575_10k_1.fq и SRR6008575_10k_2.fq) уже обеспечены панелью инструментов.

bowtie2('Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4.sam');

Выходные данные представляют собой файл в формате SAM, содержащий результаты сопоставления.

Можно задать различные параметры выравнивания, передав синтаксическую строку Bowtie 2 или используя Bowtie2AlignOptions объект.

Предположим, что вы хотите обрезать некоторые остатки из 3' завершить перед выравниванием. Сначала создайте Bowtie2AlignOptions объект.

 alignOpt = Bowtie2AlignOptions;

Обрезать четыре остатка из 3' завершить перед выравниванием.

 alignOpt.Trim3 = 4;

Выполняется считывание ссылки с помощью указанной опции выравнивания.

flag = bowtie2('Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4_trimmed.sam',alignOpt);