Получение информации о ссылочной последовательности, используемой для построения соответствующих индексных файлов с помощью bowtie2inspect. Если при запуске функции не установлен интерфейс панели инструментов биоинформатики для пакета поддержки Bowtie Aligner, появится сообщение об ошибке. Щелкните предоставленную ссылку, чтобы загрузить пакет из меню Add-on.

bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_retrieved.fa');

По умолчанию выходной файл Dmel_chr4_retrieved.fa содержит фактическую последовательность ссылки, используемой для построения индекса.

Кроме того, вместо фактической последовательности можно получить сводную информацию об именах и длинах ссылок.

Создание объекта параметров.

inspectOpt = Bowtie2InspectOptions;

Установите Summary свойство для true.

inspectOpt.Summary = true;

Снова запустите функцию, используя указанный параметр.

flag = bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_summary.fa',inspectOpt);

Если проверка индекса выполнена успешно, функция возвращает значение 0и выходной файл теперь содержит сводную информацию о ссылочной последовательности.

Кроме того, вместо использования объекта option можно передать синтаксическую строку Bowtie 2.

flag = bowtie2inspect('Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_summary2.fa','-s');