Создайте набор индексных файлов для генома дрозофилы. Если при запуске функции не установлен интерфейс панели инструментов биоинформатики для пакета поддержки Bowtie Aligner, появится сообщение об ошибке. Щелкните предоставленную ссылку, чтобы загрузить пакет из меню Add-on.

В этом примере ссылочная последовательность Dmel_chr4.fa уже поставляется с панелью инструментов.

status = bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index');

Если построение индекса выполнено успешно, функция возвращает 0 и создает индексные файлы (*.bt2) в текущей папке. Файлы имеют префикс 'Dmel_chr4_index'.

Можно задать различные параметры с помощью Bowtie2BuildOptions или путем передачи синтаксической строки Bowtie 2. Например, можно указать, следует ли форсировать создание большого индекса, даже если ссылка составляет менее четырех миллиардов нуклеотидов, следующим образом.

buildOpt = Bowtie2BuildOptions;

Установите ForceLargeIndex значение true.

buildOpt.ForceLargeIndex = true;

Создайте файлы индекса с помощью указанного параметра.

bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index_large',buildOpt);

Кроме того, можно передать синтаксическую строку Bowtie 2.

flag = bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index_large2','--large-index');