Логический индикатор для построения только 3.bt2 и 4.bt2 файлы, которые соответствуют битовой версии ссылочных последовательностей, указанные как true или false.

Пример: 'BuildOnlyReference',true

Типы данных: logical

Логический индикатор для пропуска построения 3.bt2 и 4.bt2 файлы, которые соответствуют битовой версии ссылочных последовательностей, указанные как true или false.

Пример: 'BuildNoReference',true

Типы данных: logical

Дополнительные параметры, не включенные в свойства объекта, заданные как символьный вектор. Вектор символа должен быть в синтаксисе опции Bowtie 2 (с префиксом одного или двух тире). Значение по умолчанию - пустой символьный вектор ''.

Пример: 'ExtraBowtie2Command','--version'

Типы данных: char | string

Логический индикатор для создания большого индекса, даже если эталон имеет длину менее четырех миллиардов нуклеотидов, указанный как true или false.

Пример: 'ForceLargeIndex',true

Типы данных: logical

Число параллельных потоков для построения индексных файлов, указанное как положительное целое число. Потоки выполняются на отдельных процессорах или ядрах. Увеличение числа потоков обеспечивает значительное ускорение (близкое к линейному), но также увеличивает объем памяти.

Пример: 'NumThreads',4

Типы данных: double

Число строк Burrows (число строк Borrows) - число строк Wheeler, помеченных при построении файлов индекса, указанное как положительное целое число. Чтобы отобразить выравнивание обратно в позиции на опорных последовательностях, функция использует это число, чтобы отметить некоторые строки в алгоритме Берроуза-Уилера с их соответствующим расположением в геноме. Функция отмечает каждый 2n, где n - смещение.

Увеличение числа отмеченных строк ускоряет поиск ссылочной позиции, но требует больше памяти.

Пример: 'Offrate',6

Типы данных: double

Число для задания начального числа в генераторе псевдослучайных чисел, указанное как неотрицательное целое число.

Пример: 'Seed',3

Типы данных: double