Exponenta Banner
exponenta event banner

cuffgtf2sam

Преобразование файлов GTF в файлы SAM

свернуть все на странице

Синтаксис

cuffgtf2sam (вход, выход)
cuffgtf2sam (вход, выход, имя, значение)

Описание

пример

cuffgtf2sam(input,output) преобразует собранные стенограммы в файл GTF input в файл формата SAM output [1].

cuffgtf2sam требуется пакет поддержки «Запонки» для Toolbox™ биоинформатики. Если пакет поддержки не установлен, функция предоставляет ссылку для загрузки. Дополнительные сведения см. в разделе Пакеты поддержки ПО для панели инструментов биоинформатики.

Примечание

cuffgtf2sam поддерживается только на платформах Mac и UNIX ®.

cuffgtf2sam(input,output,Name,Value) использует дополнительные параметры, заданные одним или несколькими аргументами пары имя-значение. Например, gtf2sam('hum37_2_1M.gtf','hum37_2_1M.sam','UseFPKM',true) вставляет значение FPKM в записи SAM.

Примеры

свернуть все

Преобразование файла GTF в файл SAM.

cuffgtf2sam('hum37_2_1M.gtf','hum37_2_1M.sam')

Входные аргументы

свернуть все

Имена входных файлов, указанных как строка, символьный вектор, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов.

Пример: 'gyrAB.gtf'

Типы данных: cell | char | string

Имя выходного SAM-файла, указанное как строковый или символьный вектор.

Пример: 'gyrAB.sam'

Типы данных: char | string

Аргументы пары «имя-значение»

Укажите дополнительные пары, разделенные запятыми Name,Value аргументы. Name является именем аргумента и Value - соответствующее значение. Name должен отображаться внутри кавычек. Можно указать несколько аргументов пары имен и значений в любом порядке как Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

Пример: gtf2sam('hum37_2_1M.gtf','hum37_2_1M.sam','UseFPKM',true)

Имя ссылочного файла FASTA, указанного как строковый или символьный вектор. Если указан файл FASTA, функция повторно создает последовательности транскриптов, сравнивая их со ссылочными последовательностями в предоставленном файле FASTA. Если не указать 'ReferenceFASTA', функция пропускает информацию о последовательности из выходного SAM-файла.

Пример: 'ReferenceFASTA',"ref.fasta"

Типы данных: char | string

Флаг для вставки значения FPKM в записи SAM вместо доли изоформы, указанной как true или false.

Пример: 'UseFPKM',true

Типы данных: logical

Ссылки

[1] Трапнелл, Коул, Брайан А Уильямс, Гео Пертеа, Али Мортазави, Гордон Кван, Марике Дж. ван Барен, Стивен Л Зальцберг, Барбара Дж. Уолд и Лиор Пэхтер. «Сборка и количественная оценка транскриптов с помощью РНК-Seq выявляет необъявленные транскрипты и переключение изоформ во время дифференцировки клеток». Биотехнология природы 28, № 5 (май 2010 года): 511-15.

Li, H., B. Handsaker, A. Wysoker, T. Fennell, J. Ruan, N. Homer, G. Marth, G. Abecasis, R. Durbin и 1000 Подгруппа обработки данных проекта генома. «Формат выравнивания/сопоставления последовательностей и средства SAMtools». Биоинформатика 25, № 16 (15 августа 2009): 2078-79.

См. также

| | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Представлен в R2019a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка